Действительно, разложение правящего режима подбодрило китайских патриотов, и они подняли восстание против иностранного владычества. Их восстание началось в низовьях Янцзы и в кантонском районе. Восстание было спорадическим и спонтанным, возглавлялось множеством вождей, наполовину патриотов, наполовину бандитов, которые, ведя войну с монголами, одновременно воевали и между собой. Таким был, например, Сюй Шоухуэй, который отбил у монголов Ханьян и Вучан – крупные города-близнецы в Хубэе (1352), потом Сянъян (1356) и, наконец, стал властителем большей части двух Ху – Хубэя и Хунаня, а также Цзянси до того момента (1359), когда его сверг его же помощник и соратник Чэнь Юлин. Тогда Чэнь Юлин, сын простого рыбака, стал кандидатом на императорский трон с резиденцией в Цзэцзяне, к северу от озера Боян. Таков был и Лю Футун, авантюрист, от имени мифических наследников Сунов ставший на некоторое время правителем Кайфэна, но изгнанный оттуда монгольским принцем Чаган-Тэмуром (1359). Четвертый предводитель восставших, Чжан Шичен, овладел Янчжоу в устье Янцзы (1356). Отважный корсар Фан Гочжэн нападал на побережье Чжэцзяна и Фуцзяни.
Всех этих авантюристов затмил самый ловкий из них – Чжу Юаньчжан, будущий император Хунъу, основатель династии Мин. Сын бедного крестьянина из Аньхуэй, бывший буддистский монах, он взял в руки оружие в 1355 г., в окрестностях Тайбина, на берегах Нижней Янцзы. Хотя начинал он, как и его конкуренты, обычным главарем одной из многих банд, он скоро выделился из их среды своим умом политика и гуманностью по отношению к мирному населению, которое он старался привлечь на свою сторону, вместо того чтобы применять к нему силу. В 1256 г. он отбил у монголов Нанкин, ставший его столицей, и в нем посреди царившей всюду анархии очень быстро сформировал государственный аппарат. В 1363 г. он возле Жаочжоу, на восточном берегу озера Боян, разгромил и убил своего соперника Чэнь Юлина и забрал себе его владения: Хубэй, Хунань и Цзянси. Так он стал властителем всего бассейна Нижней Янцзы. В 1367 г. он отобрал Чжэцзян у другого своего конкурента – Чжан Шичена, а в 1368 г. – порты Фуцзяни у корсара Фан Гочжэна. Кантон и оба Гуана признали его без сопротивления (1368): Мины стали хозяевами всего юга.
Похоже, монгольский двор остался относительно равнодушным к потере Южного Китая, бывшей империи Сун, завоеванной веком ранее Хубилаем и потерянной из-за пассивности его бездарного потомка. В первую очередь Чингизиды интересовались Северным Китаем, бывшим царством Цзинь, их первой добычей, еще не тронутой. Но чтобы ее защитить, им надо было хоть как-то объединиться, а в ту пору монгольские принцы были разобщены, как никогда прежде. С 1360 г. двое самых энергичных из них, два лучших военачальника императорских армий Чаган-Тэмур, отвоевавший Кайфэн, и Болод-Тэмур, губернатор пограничной области Датун в Шаньси, едва не пошли друг на друга врукопашную, борясь за губернаторство Тайюаня (тогда Цзинин). Потом один угэдэидский принц из Монголии попытался воспользоваться обстоятельствами, чтобы свергнуть дом Хубилая; он подошел к Великой стене, разбил императорскую армию возле Шанту (Долоннор), но был предательски убит (ноябрь 1361 г.). В императорском лагере шла гражданская война. В 1363 г., когда императорская армия потеряла Южный Китай, Болод-Тэмур попытался с оружием в руках отобрать губернаторство Тайюань, то есть Шаньси, у Кеке-Тэмура, наследника Чаган-Тэмура. Наследный принц Аюширидара присоединился к противникам Болода и приказал Кеке-Тэмуру отобрать у него его губернаторство Датун. Болод во главе своей армии вступил в Пекин (9 сентября 1364 г.) и заставил императора Тогона назначить его главнокомандующим, а наследный принц тем временем бежал в армию Кеке-Тэмура в Тайюань. Болоду не удалось уничтожить этих двух своих противников, и в сентябре 1365 г. он был убит в Пекине в результате дворцового заговора, в котором участвовал сам император. Тогда Кеке-Тэмур вернулся в Пекин вместе с наследным принцем и в свою очередь был назначен главнокомандующим, каковым и оставался до того дня, когда сам впал в опалу (1367). Неудивительно, что, пока двор и монгольская знать были поглощены этими гражданскими войнами, китайские повстанцы стали хозяевами всего Южного Китая. Тогда вождь империи Мин предпринял отвоевание у деморализованного противника Северного Китая.
Это было триумфальное шествие. Чжу Юаньчжан выступил из Нанкина в августе 1368 г. и вошел в Хубэй через Гуанпин и Шуньдэ. Монгольский военачальник Буян-Тэмур попытался защитить подступы к Пекину, но при Тунчжоу был разбит лучшим полководцем Минов Сюй Да и погиб. Наследный принц Аюширидара бежал в Монголию, прихватив «таблицы» своих предков. Сам император Тогон-Тэмур в ночь на 10 сентября оставил Пекин и перебрался в Шанту (Долоннор). Один из монгольских принцев, Тэмур-буга, геройски погиб, пытаясь защитить столицу.
Войска Минов вступили в Пекин.