Умирая (1242), Чагатай оставил трон своему внуку Кара-Хулагу, сыну своего старшего сына Мутугэна, убитого в 1221 г. на осаде Бамиана, чья смерть причинила столько горя его семье. С 1242 по 1246 г. Кара-Хулагу царствовал при регентстве вдовствующей хатун Эбускун. В 1246 г. новый великий хан Гуюк сместил его и заменил младшим сыном Чагатая, принцем Йису-Менгу, который был его другом. Впрочем, этот принц, отупевший от пьянства, передал бразды правления своей жене и своему министру – мусульманину Беха ад-Дину Маргинани, которого Джувейни славит как мецената. Но Йису-Менгу процарствовал тоже не долго (1246–1252), и по тем же причинам. Во время борьбы за наследование императорского трона, разделившей в 1249–1250 гг. все ветви дома Чингизидов, он открыто выступил на стороне дома Угэдэя против кандидатуры Менгу. Став великим ханом, Менгу объявил о низложении Йису-Менгу и назначил на его место ханом Чагатайского улуса того же Кара-Хулагу, которого пятью годами ранее (август 1252 г.) низложил Йису-Менгу. Кара-Хулагу даже получил поручение казнить Йису-Менгу – своего родного дядю – после того, как отберет у него власть. В этой серии дворцовых переворотов ясно видно, что в ту пору Чагатайский улус не был полностью автономен, что его зависимость от каракорумского двора сохранялась и сказывалась при всех верхушечных семейных революциях; в целом это было вице-королевство, тесно связанное с центральной властью, управляемое боковой ветвью, воспринимаемой как младшая, невзирая на ее генеалогическое старшинство по отношению к домам Угэдэя и Тулуя.
Хотя Кара-Хулагу умер по дороге (1252), когда ехал вновь принимать власть над родовым уделом, его вдова Эргене выполнила императорский приказ и отправила на смерть Йису-Менгу. Старый министр Хабаш-Амид, со своей стороны, отомстил Беха ад-Дину Маргинани, добившись его казни. Эргене взяла в свои руки управление Чагатайским ханством и удерживала его на протяжении девяти лет (1252–1261).
Давние дочингизидские династии, сохранившиеся под сюзеренитетом дома Чагатая, как и он, переживали последствия дворцовых переворотов каракорумского двора. Так было в уйгурском Бешбалыкском (Гучэнском) царстве, в Турфане и Куче. Мы уже знаем, что уйгурский царь Барчук всю жизнь оставался верным вассалом Чингисхана, которому помогал в его борьбе против Кучлука, против хорезмшаха и Си Ся. В награду Чингисхан намеревался выдать за него одну из своих дочерей – свою любимую дочь, как сообщают источники, – Алатун-баки, или Алтун-беки, впрочем, брак не состоялся из-за смерти сначала Чингисхана, а потом и принцессы. Сам Барчук тоже вскоре умер, и ему в качестве идикута, то есть царя уйгуров, наследовал его сын Кичмаин. После смерти Кичмаина монгольская регентша Туракина передала власть над уйгурами брату покойного, Саленди. Саленди, будучи буддистом, видимо, проявлял враждебность к мусульманам, которые жаловались на его строгости. Во время борьбы за верховную власть в Монголии между Угэдэидами и Менгу в 1252 г. по крайней мере часть окружения Саленди стала на сторону Угэдэидов. Один из его главных советников, по имени Бала или Бела, был приговорен победившим Менгу к смерти в числе сообщников Огул-Каймиш и сохранил жизнь лишь благодаря случайности. Саленди, чья совесть в этом деле, возможно, была нечиста, поспешил ко двору Менгу (1252) и возвращался из императорского орду, когда грянула гроза. Уйгурские мусульмане обвинили его в желании их истребить. Они уточняли: резня должна была состояться «в одну из пятниц, в мечети, во время молитвы», в Бешбалыке и по всей стране. Представитель Менгу – как раз мусульманин – по имени Сеиф ад-Дин, находившийся в Бешбалыке, получил донос и отправил Саленди обратно в Каракорум, чтобы держать ответ лично перед великим ханом. Несчастного уйгурского принца допросили с применением пытки и в конце концов услышали от него то, что хотели услышать. Менгу отправил его в Бешбалык, чтобы именно там он понес наказание. «Он, – пишет д’Охсон, – в присутствии огромной толпы был обезглавлен в пятницу собственноручно собственным братом Укенджем, к вящей радости мусульман, которые, по всей видимости, подстроили гибель этого принца, последователя Будды». В действительности Саленди был казнен как сторонник дома Угэдэя, тогда как его брат поддержал Менгу, но эта семейная распря помогла мусульманскому меньшинству в Уйгурии отомстить буддистам, составлявшим большинство населения страны (1252).
Царствование Алгу. Попытка Чагатаидов отделиться