Эргене, которую описывают как принцессу красивую, мудрую и осмотрительную, управляла Чагатайским ханством с 1252 по 1261 г., когда ханство ощутило следствия развернувшейся в Монголии борьбы за трон великого хана между великим ханом Хубилаем и его братом Ариг-бугой. Ариг-буга, бывший в это время властителем Монголии, назначил ханом Чагатая внука Чагатая, принца Алугу или Алгу, сына Байдара, поручив ему следить за границей по Амударье, чтобы помешать персидскому хану Хулагу прислать подкрепления Хубилаю. Алгу отправился в Бешбалык, принял власть из рук Эргене и без осложнений был признан от Алмалыка до Амударьи. Его царствование продлится с 1261 по 1266 г., но пойдет оно совсем не тем курсом, на который рассчитывал Ариг-буга.
Действительно, пользуясь борьбой между Хубилаем и Ариг-бугой, Алгу, впервые в истории своего дома, повел себя как автономный правитель. Его сюзерен Ариг-буга направил к нему своих комиссаров для сбора налогов, оружия и скота. Алгу, жалея отдавать добро, собранные ценности присвоил, а посланцев Аригбуги казнил, объявив, что поддерживает Хубилая (ок. 1262 г.). Ариг-буга, взбешенный таким предательством, выступил против него. Алгу одержал победу, разбив авангард неприятеля возле Пулада или Болода, между Сайрамом и Эби-нуром, но, сочтя себя после этой победы в безопасности, допустил ошибку – распустил свое войско и спокойно вернулся на Или в свою резиденцию. В это время другой военачальник Ариг-буги подошел со свежим войском, вторгся в Илийский бассейн, оккупировал Алмалык и заставил Алгу бежать в направлении Кашгара и Хотана. Ариг-буга собственной персоной прибыл провести зиму в Алмалыке, сердце Чагатайского улуса, тогда как Алгу бежал до Самарканда (ок. 1262–1263 гг.). Впрочем, Ариг-буга так жестоко хозяйничал в прекрасном Илийском крае, опустошая страну и убивая всех сторонников своего врага, что там начался голод, и многие командиры его же армии оставили его вместе со своими отрядами. Видя, как армия утекает сквозь пальцы, он решил заключить мир с Алгу. Рядом с Ариг-бугой как раз находилась принцесса Эргене, приехавшая выразить протест против своего отстранения от управления Чагатайским ханством. Он поручил ей и Масуду Ялавачу доставить его мирные предложения в Самарканд Алгу. Но тут произошла внезапная, прямо театральная развязка. Едва Эргене приехала к Алгу, как тот женился на ней, а Масуда Ялавача назначил своим министром финансов. Переход на его сторону Масуда был ценным приобретением. Этот мудрый администратор сумел собрать крупные контрибуции с Бухары и Самарканда, позволившие Алгу и Эргене набрать хорошую армию. Благодаря ей Алгу сумел отразить вторжение пришедшего с Эмеля, из его родового владения, угэдэидского принца Хайду и разбить его. После этого Аригбуга, лишенный ресурсов, атакованный с запада Алгу, а с востока великим ханом Хубилаем, был вынужден, как мы уже знаем, сдаться этому последнему (1264).
Результатом этих событий стало освобождение Чагатайского ханства – если не де-юре, то де-факто – от тесной опеки, в которой его до сих пор держали великие ханы. Масуд Ялавач (ум. в 1289), до того управлявший Бухарой и Самаркандом в интересах великого хана, теперь собирал там налоги в пользу Алгу. Алгу территориально расширил Чагатайское ханство, отвоевав у кипчакского хана Берке Отрар, который разрушил, и Хорезм.
После смерти Алгу (1265–1266) его вдова Эргене посадила на трон (в мае 1266 г., по сведениям Джемаля Кураши) своего сына от первого брака с Кара-Хулагу, Мубарек-шаха, ставшего первым Чагатаидом, перешедшим в ислам под трансоксианским влиянием. Но другой Чагатаид, Барак, внук Мутугэна, получил от великого хана Хубилая ярлык, назначающий его соправителем его кузена Мубарека. Прибыв на Или, Барак сумел привлечь на свою сторону войска, захватил в Ходженте Мубарека (сентябрь 1266 г., по данным Джемаля Кураши), сверг с престола и низвел до роли главного ловчего. Хотя Барак был обязан своим троном великому хану Хубилаю, он очень скоро поссорился с ним, когда Хубилай назначил своего представителя Моголтая губернатором китайского Туркестана. Барак выгнал этого чиновника и заменил своим представителем. Хубилай послал шеститысячный конный отряд восстановить в должности изгнанного губернатора, но Барак двинул против него войско в 30 000 воинов, которое заставило эту конницу убраться без боя. Помимо этого Барак приказал своим войскам разграбить город Хотан, подчинявшийся Хубилаю.
Чагатайское ханство под сюзеренитетом Хайду