В начале 1940 года Карл Неф был назначен секретарем известного швейцарского совета по культуре Pro Helvetia, и его обязанности в Союзе стал выполнять Армин Эгли, видевший свою задачу в том, чтобы обеспечивать подработкой хотя бы на полставки местных писателей (он даже договорился с фабрикантом Бюрле о создании соответствующего фонда) и ограждать членов Союза от конкуренции со стороны эмигрантов; с этой целью он предложил внести в устав защищавшую местных писателей «оговорку о конкуренции», которую правление отвергло как аморальную. Собравшемуся в отставку Мёшлину пришлось задуматься не только о своем преемнике, но и о новом секретаре, который в большей мере соответствовал бы задачам и стилю работы Союза. На объявления в газетах
На посту президента правления Мёшлина вскоре сменил Анри де Циглер, и облик Союза стал меняться на глазах. К тому времени возникло множество стремившихся влиться в Союз региональных писательских организаций, и новый президент всячески поддерживал эту тенденцию. Теперь Байдлер активно занялся переработкой устава Союза и организацией взаимодействия правления с местными отделениями. Результатом стали утверждение нового устава на чрезвычайном собрании в ноябре 1943 года и выборы правления, состоявшего теперь наполовину из представителей региональных организаций. При этом работа правления, как ни странно, упростилась, поскольку его члены общались главным образом по переписке и значительно реже собирались на совещания. Вполне естественно, что одновременно возрастали требования к деловым качествам секретаря и заметно усилилось его влияние.
У него появились более широкие возможности для оказания помощи писателям, искавшим убежища в Швейцарии, и он с гордостью писал об этом Томасу Манну: «Что касается моей секретарской деятельности, то мне удалось по крайней мере получить небольшое удовлетворение от того, что в сотрудничестве с единомышленниками были достигнуты две вещи. Во-первых, существенно улучшилась забота о писателях-беженцах и эмигрантах – у нас налажено дружеское взаимодействие, а между Союзом и ими достигнута даже настоящая солидарность, и я сам с удовольствием вникаю в их дела и бываю рад им помочь. Во-вторых, удается предотвращать пропагандистские поездки „неполитически-художественного“ характера фуртвенглеров через нашу область».
Отказавшийся от всех официальных должностей Фуртвенглер давал теперь концерты и дирижировал оперными представлениями в качестве независимого музыканта, однако все знали, что за свою свободу ему приходилось расплачиваться участием в официальных мероприятиях, пропагандистских гастролях и таких угодных властям музыкальных форумах, как Байройтские фестивали военного времени. Он охотно дирижировал и в Швейцарии, получая за свои выступления твердую валюту, однако с некоторых пор ему там стали оказывать прохладный прием. Когда он прибыл туда в феврале 1945 года, его выступление в цюрихском Тонхалле было сорвано в результате громких общественных протестов. Байдлер называл фуртвенглерами тех представителей музыкальной элиты, которых нацистское руководство использовало для создания за рубежом благостного образа Германии как цивилизованной, культурной страны, хотя во время войны уже никого нельзя было в этом убедить.