Горбачев не замедлил использовать этот скандальный случай в своих интересах. В субботу, 30 мая, он созвал внеочередное заседание политбюро. Открывая заседание, он заявил об абсолютной беспомощности Министерства обороны, которое «должно еще объяснить народу и партии» этот из ряда вон выходящий случай. Он потребовал немедленных объяснений от руководителей министерства.
Заместитель министра обороны генерал Лушев признал чрезвычайный характер происшествия. Он пытался оправдать бездеятельность системы ПВО тем, что она была рассчитана лишь на современные военные самолеты и не смогла обнаружить спортивный самолет, летевший со скоростью 150–170 км в час на высоте 300–400 метров. Впрочем, все эти оправдания прозвучали весьма неубедительно, и Лушев сам вынужден был сказать, что вся ответственность полностью лежит на Министерстве обороны.
Министр обороны Соколов заявил, что все это дело передается в военную прокуратуру, которая рассмотрит ответственность конкретных высших военных должностных лиц, начиная с командующего ПВО страны генерала Колдунова (последний уже на самом заседании политбюро был снят с занимаемого им поста). Соколов признал, что министерством не была отработана тактика борьбы с подобными низколетающими одиночными целями. Признал он и отсутствие четкого взаимодействия во всех звеньях ПВО.
После этого развернулась жесткая дискуссия. Премьер Рыжков заявил, что наступила пора спросить и с армии, которая до сих пор была запретной для критики зоной. Громыко высказал предположение, что указанный полет, судя по всему, не случайность, а является результатом заранее разработанного сценария немецких и американских спецслужб, чтобы дискредитировать советское руководство, показав его неумение защитить границы своего государства. Лигачев (по предварительному сговору с Горбачевым) призвал решительно обновить руководство Министерства обороны и усилить партийный контроль над армией. Шеварднадзе обвинил военных в том, что перестройка как процесс совсем не затронула армию. Он говорил о девальвации авторитета армии, падении ее боеспособности, ее стремлении к неоправданно раздутому военному бюджету и нежелании участвовать в процессе переговоров по ограничению вооружений. Вообще он постарался отыграться на Соколове.
В заключение с резкой речью выступил Горбачев. Он говорил о серьезности положения в армии, о том, что руководство Министерства обороны болезненно воспринимает поворот партии в сторону перестройки и нового мышления и что это положение надо решительно исправить. Он поставил вопрос не только об усилении политической ответственности военных, но и необходимости срочного укрепления руководства Министерства обороны.
Затем, обращаясь к министру обороны Соколову, он сказал: «Сергей Леонидович, я не сомневаюсь в Вашей личной честности. Однако в сложившейся ситуации я, на Вашем месте, подал бы в отставку». Потрясенный Соколов тут же заявил, что он просит принять его отставку.
Горбачев от имени политбюро, не мешкая, принял эту отставку, добавив, что она будет оформлена как уход на пенсию.
Затем, после 15-минутного перерыва, Горбачев предложил вместо Соколова назначить на этот пост генерала Язова, который был заранее предусмотрительно вызван Горбачевым и затем представлен политбюро.
Надо сказать, что Язов в этот момент занимался в Министерстве обороны кадровыми вопросами и был, естественно, тесно связан с аппаратом ЦК КПСС. Вопросами переговоров с американцами по разоруженческим проблемам он не занимался и вообще был далек от этого. Во всяком случае, при Язове Шеварднадзе чувствовал себя на этих переговорах вольготнее и спокойнее, не встречая столь сильной оппозиции со стороны военных, хотя недовольство в их рядах оставалось и время от времени давало о себе знать. Сам Язов вообще был гораздо более податлив и послушен, чем Соколов.
Так совершился «тихий переворот» в руководстве Вооруженных Сил СССР, поскольку вместе с Соколовым были вынуждены уйти в отставку и наиболее видные консервативные военачальники, противники реформы Горбачева и его «больших уступок» американцам на переговорах.