Возможность возрождения духовного образования появилась после 1943 года в связи с возникшими в СССР переменами в отношении государства к Церкви. Новая духовная школа началась в форме пастырско-богословских курсов и богословского института. Вскоре под руководством митрополита Ленинградского Григория (Чукова) был разработан план перехода на традиционную систему духовного образования. Предполагалось преобразовать богословский институт в духовную академию, а богословско-пастырские курсы в духовную семинарию. При этом академия по своим учебным планам, программам и продолжительности обучения должна была в целом повторить старую академию. В отличие от дореволюционной семинарии, соединявшей в себе общеобразовательную среднюю школу с богословско-пастырской, новая не ставила цели давать своим воспитанникам полное среднее образование. Обучение в духовной семинарии и академии было рассчитано на четыре года. 15 июля 1946 года пастырско-богословские курсы в Москве, Саратове, Ленинграде, Киеве, Львове, Одессе, Минске, Луцке и Ставрополе были преобразованы в духовные семинарии. 31 августа 1946 года Московские духовные школы были преобразованы в Московские Духовную академию и семинарию. В этом же году открылась Ленинградская Духовная академия.