Однако во время проведения антицерковных репрессий Н.С. Хрущевым в 1958–1964 гг. было проведено закрытие большинства духовных учебных заведений. К 1965 году у Русской Православной Церкви с ее 100-миллионной паствой осталось три семинарии: Московская, Ленинградская и Одесская, которую власти планировали закрыть в ближайшее время, и две духовных академии: Московская и Ленинградская. Уровень поступавших абитуриентов в основном был невысоким. Очень ярко вспоминает об этом Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл: «хорошо помню, что происходило в семинарии в 60-х годах, и меня не покидала тогда мысль, что программа, которая существовала в семинариях и академиях, была приспособлена к достаточно невысокому уровню абитуриентов, которые поступали в советскую семинарию. Известно, почему у студентов был невысокий уровень — потому что людям образованным, подготовленным вход в семинарию был закрыт. Я поступал еще в то время, когда лучшим пропуском в семинарию был диагноз „шизофрения“. Если у вас шизофрения, вас могли без экзаменов взять, потому что никакие власти не сопротивлялись этому. А если у вас аттестат с золотой медалью или диплом о высшем образовании — это была уже совершенно другая ситуация, когда поступить в духовную школу было невозможно. Слава Богу, все равно были в семинариях и здоровые, разумные люди, однако общий уровень был невысоким».
С каждым годом в Церкви все острее стала ощущаться нехватка священнослужителей. Умирали последние представители дореволюционного духовенства. Архиереи были вынуждены рукополагать лиц не только без духовного образования, но часто просто малограмотных. К худшему изменилась ситуация и в уцелевших духовных школах. Не сумев до конца их ликвидировать, государство пошло по пути жесточайшего контроля над ними. Запрещалось издавать учебные пособия, преподавать общеобразовательные дисциплины (психологию, логику, историю философии, историю литературы), необходимые для усвоения богословия. Власти опасались всесторонне подготовленных священнослужителей.
Глубокую озабоченность вызывало состояние отечественной богословской науки. Не хватало высококвалифицированных профессиональных богословов, стоящих на высоте современных требований. Многие богословские диссертации и публикации были написаны на невысоком научном уровне. В духовных учебных заведениях не было своих печатных научных изданий, проведение научных конференций было редким событием.