Магистерская работа являлась уже достаточно объемным трудом; порой состояла из нескольких томов, но не всегда ее научное качество соответствовало объему. Защита была открытой, назначались два оппонента. Магистр богословия мог получить ученое звание профессора.
Что касается защиты докторских диссертаций, то заслуженный профессор Московской Духовной Академии К. Е. Скурат, защитивший ее в 1978 году, так вспоминал об этом: «В отношении защиты докторской диссертации следует отметить, что в те годы в Московской Духовной Академии существовала практика присваивать степень доктора только на основании отзывов официальных оппонентов и в результате дискуссии между членами Ученого Совета — без вызова на защиту соискателя. Защита могла проводиться только по желанию диссертанта».
Таким образом, практика присуждения ученых степеней в духовных учебных заведениях существенно расходилась с принятой в государственной системе образования.
Нужно отметить, что многие из священнослужителей, заканчивавших духовные академии и получавших ученые богословские степени, считали, что превосходят имеющих аналогичное советское государственное образование или, по крайней мере, не уступают им.
Протоиерей Николай Винокуров вспоминал: «Внешние, я бы сказал, к нам хорошо относились. Они говорили: „Вот у вас труднее учиться, чем в светском вузе“». Протоиерей Алексей Тумин писал об этом так: «отношение к академистам было лояльное и, можно сказать, почтительное. И в церковном и в светском мире академическое образование считалось высшим».
В то же время государственные чиновники были иного мнения. Так, например, бывший заместитель председателя Совета по делам религий при СМ СССР Г.А. Михайлов в своих воспоминаниях о скончавшемся в 2001 году протоиерее Николае Винокурове (получил степень кандидата богословия в 1969 году) пишет: «Сегодня принимают священнический сан молодые люди, подчас всесторонне образованные, за плечами у иных светские вузы, а то и аспирантура. В сравнении с ними, казалось бы, меркнет образ отца Николая, имевшего лишь степень кандидата богословия». И это притом, что в своих воспоминаниях Генрих Александрович ставит задачу писать об отце Николае и всем, что с ним связано, только хорошее.