Однако когда в правящих кругах стало преобладать течение охранительное, консервативное и в Государственном Совете был поставлен на обсуждение вопрос «о современных идеях», проводимых в журналах и газетах, святитель 27 августа 1858 года в посланной им в Совет записке вступился за современность: «Многие недоразумения нынешнего времени происходят от того, что частное превращают в общее… Воюют против современных идей. Но разве идеи Православия и нравственности уже не суть современные? Разве они остались только в прошедших временах? Разве уже все мы язычники до одного? Не время виновато, а мысли неправославные и безнравственные, распространяемые некоторыми людьми. Итак, надобно воевать против мыслей неправославных и безнравственных, а не против современных».
Обсуждение реформы закипело в Петербурге и в созданных по воле государя дворянских комитетах. К концу 1860 года были определены основные условия освобождения крестьян, наделения их землей и их новые отношения с помещиком. В январе 1861 года в Москву со срочной и тайной миссией прибыл чиновник министерства внутренних дел М.И. Топильский. Он явился на Троицкое Подворье и изложил митрополиту Филарету настоятельную просьбу государя: написать высочайший манифест об освобождении крестьян.
Митрополит был отчасти обижен: могли бы и раньше к нему обратиться за советом, отчасти польщен, но все же отказался написать манифест по «несочувствию к тому, как намереваются провести преобразование». Пораженный Топильский отправился за помощью к Московскому генерал-губернатору П. А. Тучкову, который адресовал его к Лаврскому наместнику – единственному человеку, способному повлиять на митрополита. И старец-митрополит сдался на уговоры. В несколько дней им был написан текст манифеста, который 19 февраля подписал государь Александр Николаевич, а спустя неделю огласили с церковных амвонов по всей России.
В этом программном государственном документе, одном из важнейших за тысячелетнюю историю России, торжественным, но ясным слогом от имени Императора излагается история вопроса: «Призвав Бога в помощь, Мы решились дать сему делу исполнительное движение. В силу означенных новых положений крепостные люди получат в свое время полные права свободных сельских обывателей…». По просьбе государя митрополит вставил фразу о «ревности благородного дворянского сословия» в деле освобождения, хотя он, как и вся Россия, знал о яростном сопротивлении этому со стороны большинства помещиков, предвидел, что от этого проистекут немалые трудности в будущем. От себя митрополит Филарет вставил такую фразу: «Полагаемся и на здравый смысл нашего народа». Незабываемы заключительные строки манифеста: «Осени себя крестным знамением, православный народ, и призови с нами Божие благословение на твой свободный труд – залог твоего домашнего благополучия и блага общественного».
В конце мая из Петербурга прислали на Троицкое Подворье специальную золотую медаль «За труды по крестьянскому делу» с профилем Императора Александра II и одним словом: «Благодарю».
В мае Император приехал в Москву, и митрополит встречал его на крыльце Успенского собора Кремля: «У древнего народа Божия седьмое лето было летом законного отпущения из рабства. У нас не было рабства в полном значении сего слова, была, однако, крепкая наследственная зависимость части народа от частных владельцев. С наступлением твоего седьмого лета ты изрек отпущение. Обыкновеннее сильные земли любят искать удовольствия и славы в том, чтобы покорить и наложить иго. Твое желание и утешение – облегчить твоему народу древние бремена и возвысить меру свободы, огражденной законом… Молим Бога, чтобы добрый дар был разумно употреблен, чтобы ревность к общему благу, справедливость и доброжелательство готовы были всюду для разрешения затруднений, иногда неизбежных при новости дела…».
Авторитет Московского митрополита поднялся на еще более высокую ступень. Со стороны Императора он ощущал постоянное внимание и искреннее почитание. В том же году митрополит Филарет и использовал царскую благосклонность для решения одного важного дела.
Из рассказа архимандрита Антония владыка Филарет узнал о смуте, возникшей в Дивеевской женской обители, основанной преподобным Серафимом Саровским. Подробности рассказал специально приехавший в Лавру Н.А. Мотовилов. Самочинно объявивший себя духовным наставником обители лжеученик Серафимов Саровский монах Иоасаф стал там насаждать свои порядки, добился замены настоятельницы общины, хотя его поддержали всего сорок сестер, а четыреста были против. Его неожиданно стал поддерживать назначенный в Нижегородскую епархию преосвященный Нектарий (Надеждин), раздраженный непонятной «странностью» этой обители. Отец Антоний поведал митрополиту Филарету и о пророчествах преподобного Серафима, предупреждавшего дивеевских сестер:
– Мой источник-то возмутится грязью, от кого он возмутится, тот человек всю обитель возмутит у вас!
Вспомнил отец Антоний и просьбу преподобного, адресованную ему лично в 1831 году:
– Сестер моих дивеевских не оставляй!