У преосвященного Амвросия, в конце жизни написавшего воспоминания, были все основания для следующего вывода: «В великой душе митрополита Филарета было два человека: человек ума, закона, долга, правды, порядка и – человек глубоко затаенной любви, кротости и милости. Только тот, кто имел счастье заглянуть в эту внутреннюю сторону жизни великого святителя, может иметь о нем цельное и верное понятие».
Самым сокровенным оставалось для святителя его монашеское делание. То была важнейшая и тайная часть его внутренней жизни, и трудно сказать, в какой мере владыка допускал к ней даже отца Антония. Но нельзя не обратить внимания на ревностную защиту митрополитом Филаретом монастырей и монашествующих перед внешним миром.
Нельзя не отметить его особенное внимание к иноку Филарету (Пуляшкину), с 1794 года пребывавшему в Новоспасском монастыре и своей праведной жизнью и глубокой мудростью стяжавшему славу прозорливого старца.
Его духовным чадом была Наталия Киреевская. Все знали, что святитель всякий раз при посещении монастыря навещал уже престарелого отца Филарета. 16 августа 1842 года он совершил литургию в Спасо-Андрониковом монастыре, после чего заехал в Новоспасский и посетил старца Филарета. А спустя две недели митрополит сам совершил заупокойную литургию по усопшему старцу, причем во время пения антифонов на погребение иноков не удержался от слез. Вот эти слезы, вырвавшиеся у строгого владыки, дают основания полагать, что в тот день он печалился о потере не просто блаженного старца, а, быть может, своей духовной опоры. Кто знает…
Гениальный человек всегда одинок в своей внутренней жизни, но это одиночество может скрашиваться внешними условиями: поддержкой близких, солидарностью с ним коллег, сочувствием публики. Лишь в малой степени доставалось это Московскому архипастырю. Строго было николаевское время, велика была инерция покорного, безропотного служения архиереев, а общество терпело гнет государственного надзора «с каким-то трогательным умилением», по выражению Чаадаева. Менее стойкий человек, обладавший меньшей верой в Бога, чем святитель Филарет, давно сломался бы или согнулся, пребывая на Московской кафедре.
Москвичи в шутку говорили, что в Москве три великие достопримечательности: Царь-колокол, Царь-пушка и митрополит Филарет. Сравнение это следовало бы уточнить: владыка был столь же велик и крепок, как эти памятники старины, но в отличие от них не пребывал в покое, а энергично действовал, шел в ногу с временем, не отрываясь ни на шаг.
12 января 1855 года, в день столетнего юбилея Московского университета, в церкви святой мученицы Татианы святитель Филарет произнес в честь этого слово. Отметим прежде, что университеты в России переживали тогда не лучшие времена, в Зимнем дворце даже возникло намерение вовсе закрыть эти «рассадники вольнодумства», но ограничились сокращением числа студентов и повышением платы за обучение. И вот митрополит в юбилей Императорского университета даже не упоминает об императорах («царский» – для него лишь синоним «превосходнейшего», «истинного»), нет, он говорит о предмете куда более высоком – об истине.