Самые лучшие из этих доверенных лиц упорно боролись, чтобы сохранить для наследника их господина его итальянские владения. На Сицилии борьба была более тяжелой, так как Констанция выступила против них и договорилась с папским престолом, чей сюзеренитет она признавала, и согласилась сделать папу законным опекуном ее сына. Однако немцев не полностью оттеснили. Маркварду Анвейлерскому удалось даже отвоевать после смерти Констанцы в 1198 г. Палермо, в котором Фридрих-Роджер на протяжении нескольких лет находился под суровой властью матери. Он не смог воспрепятствовать курии провести «возврат имущества», которое, как она утверждала, было неправомерно узурпировано императором. Эта операция была проведена твердой рукой папы Иннокентия III, который взошел на святой престол 8 января 1198 г. Он был в расцвете сил, ему не было и сорока лет, никакие усилия его не отталкивали. «Человек создан, чтобы трудиться, как птица создана, чтобы летать», — говорил он. Благодаря обучению в Париже, а потом и в Болонье он стал отличным теологом и почти таким же отличным знатоком права, чего долгое время не замечали. Ему удавалось избежать ригидности, которая замыкала некоторых интеллектуалов в не подлежащей изменению схематичности. Проницательный наблюдатель за реальностью, он без колебаний лавировал, чтобы достичь своей цели, вопреки ветрам, дующим навстречу, невзирая на средства их достижения. «Окунув руку в смолу, нельзя достать ее чистой», — признавал он. Политика не была его первоочередным заданием. Он хотел вывести церковь из тени на свет, переделать ее под единственно достойную модель, Христа. В этом отношении речь, которую он произнес по поводу Пасхи в 1215 г. на открытии IV Лютеранского собора, очень четко демонстрирует его позицию. Церковь для выполнения своей миссии нуждается в свободе; недопустимо, чтобы Рим попал в окружение империей; ей необходимы простор и гарантия независимости через восстановление ее государств. В конечном счете светская власть, даже имея некоторую автономию в своих владениях, не имеет права пользоваться ею по своей прихоти. Эта власть получает свою миссию от папы, который в случае необходимости должен проверять, достойна ли она такой передачи полномочий. Личность Иннокентия III была на целую голову выше двух принцев, оспаривавших право на корону. Равновесие между империей и папством, с таким трудом установленное Фридрихом I, было нарушено.
Иннокентий III заявил в 1198 г., что ему полагается судить соперничество между Филиппом и Оттоном. Князья, как духовные, так и светские, бессмысленно пытались протестовать в Шпейере в 1199 г. против этого вмешательства папы в дела империи, в 1120 г. был оглашен вердикт, сформулированный в «Решении проблемы империи». Как того и следовало ожидать, он высказался в пользу Оттона, который уступил императорские права в Центральной Италии и признал сюзеренитет святого престола над нормандским государством. С кандидатом-Вельфом окружения можно было избежать. Но Иннокентий III по-другому аргументировал свое решение. Его размышления, дополненные в 1202 г. декреталией