Впоследствии, когда стали открывать и другие монастыри, к моменту передачи Церкви Покровского монастыря у Покровской заставы в Москве уже действовали четыре мужских и три женских монастыря, и Святейший Патриарх Алексий II благословил возобновить здесь женский монастырь.
Начало возрождению монастыря было положено синодальным постановлением от 24 ноября 1994 года, в соответствии с которым был учрежден Свято-Покровский монастырь, четвертый женский монастырь в Москве.
Настоятельницей монастыря 22 февраля 1995 года была назначена инокиня Ольга (Мискина), насельница Свято-Троицкой Дивеевской обители. 14 апреля того же года она приняла монашеский постриг, совершенный Святейшим Патриархом Алексием, с наречением имени в честь святой блаженной царицы Феофании.
В конце марта 1995 года был зарегистрирован юридический устав монастыря; в начале сентября 1996 года вышло постановление правительства Москвы о передаче монастырю сохранившихся зданий и сооружений бывшего Покровского монастыря. Еще в 1996 году почти все здания были заняты арендаторами – различными учреждениями и организациями, а на его территории, включая кладбище, находился Таганский парк с развлекательными и спортивными сооружениями. Но уже к весне 1997 года, с Божией помощью, по ходатайству Святейшего Патриарха, правительство Москвы передало монастырю здания храмов и другие постройки, а потом и землю в бессрочное и безвозмездное пользование.
Велико было значение молитвы в возрождении обители. В октябре 1995 года, пос ле 65 лет запустения, в стенах полуразрушенной Покровской церкви немногочисленные сестры и прихожане возносили свои молитвы ко Господу во время престольного праздника Покрова Пресвятой Богородицы. Торжественный молебен совершался на нижнем этаже Покровской церкви в приделе преподобного Нила Столобенского, который едва успели наскоро отремонтировать к этому дню.
Святейший Патриарх Алексий по-отечески заботится о своих многочисленных чадах в возрождающейся обители. По его благословению неоднократно выделялись необходимые финансовые и материальные средства на ремонтно-реставрационные работы; многодетные семьи и особо нуждающиеся прихожане получали пасхальные и рождественские подарки.
По благословению Святейшего Патриарха восстанавливались и святыни монастыря. В 1996 году из Ниловой пустыни с озера Селигер была привезена частичка мощей преподобного Нила Столобенского, в честь которого освящен один из престолов Покровского храма. А в 1997 году обитель получила в подарок икону святителя Иннокентия, митрополита Московского, с частичкой его мощей. Обретение этих святынь стало большой духовной поддержкой для сестер и великой радостью для богомольцев. Святая обитель удостаивалась нескольких посещений Святейшего Патриарха, который не только совершал богослужения, но и лично проверял, как идут восстановительные работы, на месте изучал нужды монастыря. Каждый приезд Святейшего Патриарха в обитель был радостным событием и для сестер и для прихожан обители.
Так, в 1996 году при большом стечении народа Святейший Патриарх Алексий отслужил молебен на престольный праздник Покрова Пресвятой Богородицы и наградил настоятельницу монастыря монахиню Феофанию наперстным крестом. Осмотрел территорию и принадлежащие монастырю здания и сооружения, включая Воскресенский храм, где в то время еще были спортивные залы. Это памятное событие стало знаменательной вехой на пути возрождения обители, так как арендаторы начали освобождать монастырские строения, а спортзалы прекратили свое существование уже через неделю.
В 1998 году 4 апреля на праздник Похвалы Божией Матери Святейший Патриарх Алексий II впервые отслужил Литургию в монастыре. Во время богослужения великим чином были освящены три престола нижнего этажа Покровской церкви. На Великом Входе матушка-настоятельница была возведена в сан игуменьи. По окончании Литургии Святейший Владыка освятил кресты, которые вслед за этим были установлены на куполах Покровского и Воскресенского храмов. Эти события явились большим утешением для сестер обители и прихожан, ярким праздником среди трудовых будней. В память о нем по первосвятительскому благословению обитель получила в дар образ Владимирской иконы Божией Матери.
Весной 1998 года обитель обрела еще одну святыню – после освидетельствования в Покровский монастырь были перенесены останки блаженной старицы Матроны. Обретение мощей блаженной Матроны стало большой радостью для матушки-настоятельницы и сестер Покровской обители, которые неоднократно посещали ее могилу на Даниловском кладбище и получали помощь. На следующий день архиепископ Истринский Арсений, викарий Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси, совершил заупокойное богослужение.
Через год после перенесения останков блаженной Матроны в Покровский монастырь – 2 мая состоялось ее торжественное прославление. Богослужение в Покровской обители возглавил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий. Это событие собрало тысячи богомольцев, почитающих блаженную старицу Матрону.