Впоследствии, в 1825 г., о. Иона был возведен в игумены, а в 1831 г., уже при приемнике императора Александра, императоре Николае I, также по достоинству оценившем подвиги Покровского настоятеля — в сан архимандрита. Архимандрит Иона скончался в 1833 г., и был погребен за алтарем Покровской церкви. На медной доске его надгробного памятника была выгравирована надпись: «Против сего места погребено тело Московского Покровского монастыря отца Архимандрита Ионы в Бозе почившего 25 января 1833 года, в глубокой старости, на 78 году от рождения своего. Сей ревностный муж от всех, кто только знал его приобрел любовь и почтение, обратил на себя внимание Государя Императора Александра I, который при посещении мирныя обители сей, в 1818 году, удостоил его высочайшего посещения в смиренной его келии. Господи! прими дух его с миром! В управлении монастырем находился более 26 лет».
Приемники архимандрита Ионы — архимандриты Амвросий, Иоанафан и Паисий также отличались строгим благочестием. При них обитель достигла вершины процветания и благоустроения.
Впоследствии, уже в конце XIX — начале XX, из настоятелей Покровской обители стали избирать архиереев — известны три Покровских настоятеля, рукоположенных на различные кафедры. Из них наиболее известен подвижник благочестия XX столетия владыка Вениамин (Милов) — последний перед закрытием настоятель Покровской обители.
Можно без преувеличения говорить о том, что пастырское служение Епископа Вениамина — все, от рукоположения до кончины — пришлось на один из самых страшных периодов в истории России и Русской Православной Церкви. Виктор Дмитриевич Милов — будущий владыка Вениамин — родился в городе Оренбурге 8 июля 1887 г., в семье священника. Ни в начальной школе, ни в Яранском духовном училище, ни в Вятской духовной семинарии юноше почти не встретилось ни преподавателей, ни товарищей с живой верой. Обещание Богу стать монахом Виктор Милов дал после своего чудесного спасения, когда он с товарищем, катаясь на ялике, чуть не утонул в половодье на реке Вятке. Монашеский постриг будущий владыка принял в Московском Даниловом монастыре на Благовещение 1920 го да. В Москве отец Вениамин получил возможность продолжить образование в Духовной Академии. В продолжение 1920 года он был рукоположен во иеродиакона, затем во иеромонаха. Епископ Гурий, бывший в то время настоятелем монастыря, назначил в 1921 году иеромонаха Вениамина своим помощником по управлению обителью. После ареста епископа Гурия в 1923 году в день Благовещения, о. Вениамин возведен в сан архимандрита и назначен наместником Покровского мужского монастыря.
По словам самого владыки Вениамина: «Скорби жгучие посетили меня в первый же год пребывания в Покровском монастыре. Слиться душевно с покровскими иноками мне было трудно. Слишком уж разными людьми были мы в смысле интересов и жизненных задач. Много безотрадных минут связано с моими неуравновешенностью, обидчивостью, нетерпением, раздражительностью. На пример, у меня заходилось сердце, когда пре освященный Гурий просил добавить в ектению какие-либо слова, а иеродиакон с раздражением рвал бумажку и бросал ее мне чуть ли не в лицо. Нелегко было бороться с распущенностью иноков в ношении иноческой одежды — хождение без ремней, с непокрытой головой, без священнических крестов, — а также с опозданием к началу служб, колкостью и грубыми выпадами». В Покровском монастыре владыка Вениамин ежедневно служил и проповедовал, управлял народным хором, лично обучал прихожан церковному пению. Уже здесь между молодым наместником и паствой возникли самые добрые отношения: «С богомольцами у меня была близкая связь и любовь. Она выражалась в соборной молитве, сострадании и сорадовании. Любил я всех очень, но никого не выделял, относился к прихожанам ровно, от души желал спасения, прилепления ко Господу». Источником же постоянной тревоги было для отца наместника наблюдение, что монастырь приближается к своему концу: «Сначала отняли колокольню и снесли ее, церкви отгородили забором от жилых зданий. Потом закрыли Покровский собор, снесли часовни на кладбище, закопали могильные памятники в землю при расчистке площади кладбища под парк. Последним ликвидировали Воскресенский обительский храм. Как болезненно встречало сердце всякую такую утрату! Какая тревога и мука сжимали душу при каждой неудачной попытке отстоять закрываемые монастырские здания!»