Александр мягко отстраняет его: «Отче мой, да послушаешь совета моего. Возвращайся домой один; раздай имущество и уходи в монастырь». И прибавляет: «Если не сотворишь сего, уже лица моего не увидишь».
Стефан в гневе идет прочь. Александр встает на молитву. Что делалось ночью в душах отца и сына? Наутро Стефан приходит к Александру с изменившимся лицом. «Все сделаю, как ты велел, ― говорит он юноше. ― Не сын ты мне, но отец и учитель».
Вскоре Стефан постригся в Островский Богородицкий монастырь с именем Сергий. Мать Александра Васса также облеклась в монашеский чин, приняв имя Варвары.
Списатель жития ― ученик преподобного инок Иродион ― рассказывает, что на Валааме Александр был послан в пекарню, где «пребывал смиренно, всех превосходя трудом; носил воду и таскал на себе из леса дрова, утомляя тело свое». Ночью он выходил из кельи и, «обнажив свое тело до пояса, стоял так до утреннего пения; так что все тело его бывало покрыто множеством комаров и мошки». Раньше всех являлся он в монастырскую церковь, всегда стоял на одном месте, сосредоточась на молитве, не позволяя себе даже переступать ногами. И в пост, и не в пост он употреблял только хлеб и воду, и то в малом количестве. Одежду носил такую, что, по выражению списателя жития, «едва прикрывала его наготу».
В монастыре не могли не замечать этих подвигов; об Александре уже шла молва как о великом подвижнике. Но грустно было молодому монаху видеть, что его начинает окружать человеческая слава, ― не к ней он стремился. И вот однажды, стоя ночью на молитве, преподобный увидел в окне своей кельи необыкновенный свет, просиявший на востоке. Получив благословение настоятеля на подвиг пустынножительства, Александр ушел из монастыря. Он отправился на восток, в необитаемые тогда места на берегу реки Свири. Там в красивом бору, изобиловавшем озерами, он узрел над одним из пригорков сияние. Здесь он и поселился. Было ему тогда тридцать шесть лет.
Он пел псалмы и трудился. Едой ему служила трава. Не сразу Александр привык к этой пище: поначалу он испытывал такие боли, что целыми днями лежал на земле, не имея сил подняться. Многие годы он не видел ни одного человеческого лица. Но «не может укрыться город, стоящий на верху горы, и, зажегши свечу, не ставят ее под спудом» (Мф. 5, 14-15). Однажды к хижине Александра вышел охотник, дворянин Андрей Завалишин. Постепенно слух о великом подвижнике распространился по Новгородской земле. Молва достигла Иоанна, другого сына Стефана. Он много лет разыскивал брата, и вот теперь пришел к Александру. Пустынник с радостью принял его. Постепенно вокруг преподобного собралась братия и отстроилась обитель.
Но, даже став игуменом монастыря, преподобный принимал на себя больше трудов, чем кто-либо другой в обители. Он рубил лес и строил кельи для братии, месил тесто и пек хлебы, заготавливал дрова, носил воду. По ночам, когда другие спали, он обходил обитель. Часто бывало, что в помещении, где обыкновенно мололось жито, игумен заставал монахов спящими. Тогда он «брал приготовленную каждым для молотья часть жита и, измолов, ставил на прежнее место, а сам уходил в свою келию».
О нем говорили уже далеко за пределами Олонецкого края, народ шел к Александру со всей Руси. Приводили бесноватых, привозили больных. У него просили совета, приходили за поучением и благословением. Маленький монастырь рос.
Однажды иноки решили прокопать ров от одного озера, расположенного на возвышенности, к другому, чтобы образовался проток и можно было построить мельницу. Внезапно вода с огромной силой устремилась в протоку, грозя затопить и сам монастырь. Игумен, как свидетельствует летопись, сотворил молитву и, призвав Имя Иисуса Христа, «правою рукою изобразил крест против устремления воды». И тотчас течение ее остановилось.
Об Александре говорили, что он провидит тайное и говорит о будущем, как о настоящем. Великий князь Василий Иоаннович просил благословения Александра и его молитв, дабы получить «мир, здравие, спасение, благоденствие и чадородие». Между тем Александр по-прежнему ходил в старом, залатанном подряснике ― круглый год, даже «когда от лютого мороза трескалась земля».
В 1507 году смиренный игумен удостоился удивительного видения. Однажды ночью, когда преподобный Александр, по своему обычаю, стоял на молитве в отходной пустыни, явившийся внезапно свет осиял келью, где он молился. В тот же миг он увидел трех мужей, вошедших к нему, одетых в белые одежды. Видом они были «благообразны и прекрасны, сияя светлее солнца невыразимо славным пресветлым светом, и каждый из них имел в руке своей посох». Александру было поведано, что на этом месте ему надлежит заложить церковь во имя Единосущной Троицы.