Несколько работниц 15 (2) июля устроили в доме генеральную уборку. Алексей Николаевич за ними с интересом наблюдал. Но самое удивительное произошло во вторник 16 (3) июля. Комендант Юровский неожиданно принес корзину куриных яиц, целых пятьдесят штук. Александре Федоровне он сказал, что это монахини их принесли для цесаревича, она же просила улучшить питание для больного сына. На обед повар приготовил омлет, каким же вкусным он показался Алексею Николаевичу, в Екатеринбурге давно не из чего было его готовить. Однако в этот день случилась одна неприятность, которая очень расстроила цесаревича. Неожиданно куда-то увели единственного приятеля Алексея Николаевича – поваренка Леонида Седнёва. Невнятные объяснения коменданта, дескать, мальчика увели, чтобы он мог встретиться с дядей, а потом он снова вернется в дом Ипатьева, никого не убедили. Ни один человек, кого в Екатеринбурге увели охранники, назад к Царской семье не вернулся. Александра Федоровна вслух сказала то, о чем подумали все: поваренка они больше не увидят.
В начале третьего ночи 17 июля 1918 года Государь вошел в комнату к спавшему цесаревичу. Самого Николая Александровича разбудил доктор Боткин со словами, что комендант объявил: их срочно должны увезти, всем необходимо собраться в прихожей, так как на дом Ипатьева готовится нападение.
Алексей Николаевич сладко спал, наконец-то измучивший его тяжелый приступ гемофилии прошел окончательно, боли больше не повторялись. Государь стал медленно одевать спящего сына, тот так глубоко был погружен в сон, что не реагировал на нежные, осторожные прикосновения отца. Так спящего он и поднял на руки своего дорогого мальчика. Не проснулся цесаревич, и когда вся Царская семья с немногочисленными слугами собралась в прихожей, и когда они вслед за Юровским вышли на улицу, а потом по ступеням спустились в полуподвальное помещение. Алексей Николаевич сладко спал на руках отца. В большой пустой комнате комендант попросил их ждать отъезда. Александра Федоровна, которая из-за болезни ног с трудом стояла, попросила его принести хотя бы два стула: для себя и спящего сына, Государю тяжело было долго держать цесаревича на руках. Стулья принесли.
Государь посадил спящего сына на один из стульев. Алексей Николаевич до конца проснуться не смог, в полусне дремал, не открывая глаз. Возможно, он четко и не слышал слова коменданта о принятом решении расстрелять всю Царскую семью и прозвучавшее в ответ на страшный приказ изумленное: «Что?!» – отца.
В цесаревича стрелял лично Юровский, руководивший расправой. Первый выстрел не убил мальчика. Цесаревич стонал в луже собственной крови, упав со стула на пол. Юровский подошел вплотную и наклонился над раненым, быстро, не целясь, еще несколько раз выстрелил из револьвера ему в голову. Все было кончено, Алексей Николаевич перестал стонать, затих. Больше в России не осталось наследника.
Эпилог. Посмертная судьба Царской семьи
Через 8 дней после расстрела Царской семьи войска адмирала А.В. Колчака заняли Екатеринбург. По приказу Верховного правителя было начато следствие по факту исчезновения царя и его семьи. Вначале дело вел судебный следователь по важнейшим делам Екатеринбургского окружного суда А.П. Наметкин, затем его коллега И.А. Сергеев, потом подключился к расследованию начальник уголовного розыска А.Ф. Кирста. Однако по-настоящему профессионально и результативно организовал работу следователь по особо важным делам Омского окружного суда Николай Алексеевич Соколов. Он практически сделал целью своей жизни поведать миру обстоятельства гибели Царской семьи: кто принимал решение о ее расстреле, кто убивал и что случилось с останками казненных. Протоколы допросов всех свидетелей, даже случайных, изучение вещественных доказательств и места преступления – Соколов скрупулезно изучал факты. Собранные материалы он увез с собой в эмиграцию, где в Париже издал книгу «Убийство Царской семьи».
По версии следователя Соколова, после расстрела тела членов Царской семьи, доктора и трех слуг на грузовиках были вывезены за город в район Ганиной Ямы, где они были расчленены, облиты серной кислотой и сожжены. Однако уже в период начала следствия появились данные, что трупы не были полностью уничтожены в Ганиной Яме, а их захоронили в другом месте.
В 1920-е годы появлялась самая разная информация о судьбе Царской семьи: большевики, сначала вроде даже сообщившие о расстреле царя, категорически отказались признать казнь всей семьи, в том числе детей. А через время они стали вообще отрицать и сам факт массового убийства. Но начиная с 1930-х годов члены расстрельной команды уже открыто говорили об убийстве Царской семьи: они давали интервью, писали мемуары, выступали с рассказами об уничтожении трупов, выставляя свои действия чуть ли не героическим поступком.