В воскресенье 17 марта 1918 года Пьер Жильяр с печалью писал: «Сегодня воскресенье на масленице. Все в полном веселье. Под нашими окнами проезжают туда и обратно сани. Звон колокольцов, бубенчиков, звуки гармоник, песни… Дети грустно смотрят на всех этих веселящихся людей. С некоторого времени они начинают скучать, и их тяготит их заключение. Они ходят кругом двора, окруженного высоким сплошным забором. С тех пор, как их гора разрушена, их единственное развлечение – пилить и рубить дрова».
В эти дни в дневнике цесаревича часто появляются одни и те же слова: «холодно и скучно», «как же тяжело и скучно», «скучно». Алексей Николаевич в печальные дни в конце тобольского периода ссылки становится взрослее и серьезнее. Несчастья, обрушившиеся на семью, враждебность революционных солдат, жизнь под арестом заставляли его задуматься и о себе, и о своем месте в мире. И если еще недавно он мечтал стать таким, как все мальчики, и часто тяготился своим положением наследника престола, то теперь цесаревич говорил, что если бы он стал царем, то никому бы не позволил обманывать себя и сделал бы так, чтобы все его подданные были счастливы.
Обстановка вокруг арестованных накалялась, из Омска прибыл отряд из ста красноармейцев во главе с большевицким комиссаром, который имел полномочия на случай, если охрана Царской семьи не станет выполнять его приказы, расстрелять любого. Противостояние между отрядом из Омска и охраной губернаторского дома нарастало. 9 апреля 1918 года Жильяр писал в дневнике: «Полковник Кобылинский очень встревожен и боится столкновения. Меры предосторожности, патрули, усиленные караулы. Мы проводим очень тревожную ночь».
Однако самое страшное случилось 12 апреля (30 марта). У цесаревича начался приступ гемофилии, Жильяр писал: «Со вчерашнего дня он ощущает сильную боль в паху вследствие сделанного им усилия. Он так хорошо чувствовал себя эту зиму! Лишь бы это не было что-нибудь серьезное!» Сначала Алексей Николаевич просто почувствовал себя плохо, и доктор назначил ему постельный режим. Но вскоре ситуация стала быстро ухудшаться. И уже 15 (2) апреля Пьер Жильяр с тревогой писал в своем дневнике: «Алексей Николаевич очень страдал вчера и сегодня. Это один из его сильных припадков гемофилии». По воспоминаниям одной из фрейлин, цесаревич не спал ни днем ни ночью, когда боль становилась нестерпимой, он начинал кричать. Его громкие крики разносились по всему дому. У постели больного постоянно кто-то дежурил: матрос Нагорный, учителя Пьер Жильяр или Сидней Гиббс, одна из старших цесаревен или сама Государыня. По общему мнению, приступ был таким же тяжелым, как и в Спале.
Солдатский комитет не верил в болезнь цесаревича, революционные стрелки считали, что он претворяется, чтобы семья могла получить какие-то послабления в режиме содержания. Поэтому обыски стали проводить даже чаще. У докторов Е.С. Боткина и В.Н. Деревенко лекарства были на исходе, а новых взять было негде – в революционном Тобольске аптеки закрылись. Лечить больного цесаревича оказалось нечем.
В тот же день, 15 (2) апреля, из Москвы прибыл большевицкий комиссар В.В. Яковлев и вскоре выяснилось, что у него есть приказ увезти Государя, однако он не сообщил куда именно. Алексея Николаевича оставляли на попечении старших цесаревен, доктора Деревенко, учителей и фрейлин. Для цесаревича отъезд родителей стал большим ударом. Особенно тяжело ему было остаться во время болезни без матери. Она всегда в самые сложные моменты приступов оставалась рядом с ним, ее нежность, казалось, не хуже лекарств успокаивала цесаревичу боль. Впервые в сложнейшей ситуации, когда сама жизнь Алексея Николаевича висела на волоске, он оставался без родителей. И это стало для него трагедией. Пьер Жильяр писал, что во время отъезда родителей цесаревич горько плакал в своей кровати. Только через неделю Алексей Николаевич наконец-то почувствовал себя немного лучше. Вскоре он, к радости сестер и свиты, смог сидеть. Матрос Нагорный перенес его из постели на кресло-каталку и стал вывозить его во двор, чтобы больной смог подышать свежим воздухом. После Пасхи – 5 мая (22 апреля) – наконец стало известно, где находится императорская чета, полковник Кобылинский получил телеграмму из Екатеринбурга, цесаревны с цесаревичем сразу начали просить отвезти их к родителям. Однако цесаревич по-прежнему чувствовал себя плохо, доктора решили, что ему пускаться в дорогу в таком состоянии не стоит. В результате остававшихся в Тобольске царских детей, свиту и слуг отправили в Екатеринбург только 20 (7) мая.
В порту арестованных посадили на тот же пароход «Русь», который девять месяцев назад привез их в Тобольск. На пристани собралась большая толпа народа. Остались воспоминания, что когда матрос Нагорный с цесаревичем на руках приблизился к пароходу, многие из стоявших на пристани людей опустились на колени. Мужчины сняли шапки. Женщины запричитали, заплакали. Раздались голоса: «На кого ты нас покидаешь?!» И цесаревич перекрестил провожавших его людей.