Наконец 6 августа Царская семья прибыла в Тобольск. Цесаревич записал: «В 10 ч. пришли в Тобольск. Солдаты таскали вещи на пристань; сказали нам, что выехать нельзя, потому что дом, в котором мы должны жить, еще не вычищен. Мы спали в наших каютах на пароходе». Однако жизнь на пароходе цесаревичу быстро наскучила, отчасти потому, что у пристани постоянно собиралась толпа зевак, неотрывно глазевшая на то, что происходило на судне. Спокойно гулять на палубе под взглядами любопытной публики было неуютно. Алексей Николаевич в дневнике возмущался: «Толпа все время стоит и смотрит». И был очень рад, когда их перевели с парохода в губернаторский дом. 14 августа он с облегчением записал: «Утром гулял на палубе и играл с Машей. В 1/2 11-го Папа, О[льга], М[ария] и А[настасия] и я пошли пешком по улице в губернаторский дом жить. Мама и Т[атьяна] уехали на извозчике за нами. За мама шли офицеры, а по бокам стояли солдаты. Мы все смотрели весь дом, сад, кухню, караульное помещение».
Первое время жизнь Царской семьи в Тобольске протекала достаточно спокойно. Конечно, по-прежнему арестованным не разрешали покидать дом, но для сопровождающих сделали исключение – они могли изредка выходить на прогулки в город, сначала под охраной, а вскоре и вовсе без нее. В провинции легче было купить продукты, поэтому питание стало разнообразнее. В конце концов, Царской семье разрешили в церковные праздники посещать службы в расположенной недалеко от губернаторского дома Благовещенской церкви. Первый раз они оказались в храме в сентябре по случаю праздника Рождества Богородицы. И это стало большой радостью для всех арестованных.
Снова начались занятия у младших цесаревен и цесаревича. Пьер Жильяр так описывал жизнь в Тобольске в первые три месяца: «Наша жизнь понемногу налаживалась, и нам удалось общими силами возобновить обучение цесаревича и двух младших великих княжон. Уроки начинались в 9 часов и от 11 до часа прерывались для прогулки, в которой всегда принимал участие Государь. Ввиду того, что не было классной комнаты, ученье происходило либо в большой зале верхнего этажа, либо у Алексея Николаевича, или в моей комнате: я жил внизу, в прежнем кабинете губернатора. В час все собирались к завтраку. Однако Государыня, когда бывала нездорова, завтракала у себя с Алексеем Николаевичем. Около 2 часов мы снова выходили на прогулку и гуляли, и играли до 4 часов.
Государь очень страдал от недостатка физических упражнений. Полковник Кобылинский, которому он жаловался на этот счет, приказал привезти березовые бревна и купить пилы и топоры, и мы получили возможность заготовлять дрова, необходимые для кухни печей. Это сделалось одним из больших наших развлечений на чистом воздухе в продолжение нашего заключения в Тобольске, и даже великие княжны пристрастились к этому новому спорту.
После чая уроки возобновлялись и оканчивались около шести с половиною. Обедали часом позже, после чего шли наверх в большую залу пить кофе. Мы все были приглашены проводить вечер с Царской семьей, и для некоторых из нас это сделалось вскоре привычкой. Мы устроили игры и всячески изощрялись найти забавы, способные внести разнообразие в монотонность нашего заключения. Когда начало становиться очень холодно и большая зала сделалась необитаемой, мы нашли себе приют в соседней, единственной действительно уютной комнате дома, служившей гостиной Ее Величеству. Государь часто читал вслух, а великие княжны занимались рукодельем или играли с нами. Государыня обыкновенно играла одну или две партии в безик с генералом Татищевым, а затем также брала какую-нибудь работу или лежала на своей кушетке. В этой мирной семейной обстановке мы проводили долгие зимние вечера, как бы затерянные в беспредельности далекой Сибири».
Вскоре в Тобольск приехала опытная учительница – Клавдия Михайловна Битнер. Ее пригласили преподавателем к царским детям, и она стала давать уроки русского языка, математики и географии цесаревичу, а истории и русской литературы – младшим великим княжнам. В своих воспоминаниях Клавдия Михайловна писала, что из всех царских детей особенно привязалась к Алексею Николаевичу: «Я любила его больше, чем других». И хотя она считала, что цесаревич отставал в знаниях от гимназического курса, по ее мнению, он был «хороший, добрый мальчик… умный, наблюдательный, восприимчивый, очень вежливый, веселый, кипучий», «очень способный, но немного ленивый». Однако учительница отмечала, что он быстро усваивал материал. Нравились ей и черты характера Алексея Николаевича – его простота и прямота, что он никогда не лгал, не изворачивался. Ее восхищало терпение, с которым он переносил свою болезнь. Клавдия Михайловна отмечала: «Ему хотелось быть здоровым, и он надеялся, что так и будет». Говоря о своей болезни, цесаревич спрашивал у нее: «Как вы думаете, так и будет продолжаться?»