В начале июля в дом Ипатьева назначили нового коменданта – чекиста Я.М. Юровского; старого главу охраны А.Д. Авдеева с позором уволили, оказалось, что часовые постоянно обворовывали Царскую семью. Государь перед этими событиями писал в дневнике: «В сарае, где находятся наши сундуки, постоянно открывают ящики и вынимают разные предметы и провизию из Тобольска. И при этом без всякого объяснения причин. Все это наводит на мысль, что понравившиеся вещи очень легко могут увозиться по домам и, стало быть, пропасть для нас! Омерзительно! Внешние отношения также за последние недели изменились: тюремщики стараются не говорить с нами, как будто им не по себе, и чувствуется как бы тревога или опасение чего-то у них! Непонятно!»
Вновь назначенный комендант пересчитал все ценности у Царской семьи и осмотрел их вещи, которые хранились в сарае, после приезда из Тобольска. Драгоценности сложил в шкатулку и унес с собой. Новая охрана, состоявшая в основном из бывших военнопленных, полностью ему подчинялась и с арестованными не общалась. В доме Ипатьева стало совсем тихо, казалось, новые часовые и между собой тоже не разговаривали. Комендант строго запретил насельницам Ново-Тихвинского женского монастыря Екатеринбурга помогать Царской семье, которой монахини передавали продукты из своего хозяйства. Александра Федоровна несколько раз просила Юровского разрешить принимать продукты из монастыря хотя бы для больного Алексея Николаевича, объясняя, что после приступа он сильно похудел и очень слаб. Комендант, в конце концов, разрешил монахиням приносить для цесаревича только одну бутылку молока и тогда, когда он позволит.
Алексей Николаевич действительно плохо себя чувствовал, не мог даже сам вставать на ноги, близкие из постели переносили его на кресло с колесами и потом катали на нем цесаревича по дому. После ареста дядьки Нагорного и лакея Седнёва некому стало ухаживать за больным цесаревичем, все заботы, с этим связанные, упали на плечи его сестер. Каждый раз возникала особая проблема, когда нужно было вынести Алексея Николаевича на прогулку. А он так рвался на свежий воздух, в сад! Больному Государю доктор Боткин запретил поднимать тяжести, боясь, что у того начнется кровотечение. Николай Александрович о своем здоровье в те дни писал в дневнике: «Весь день страдал болями от гемм[орроидальных] шишек, поэтому ложился на кровать, пот [ому] что удобнее прикладывать компрессы». В итоге на прогулки Алексея Николаевича на руках выносила сестра великая княжна Мария Николаевна. А кресло с трудом по лестнице спускали, а потом поднимали Ольга Николаевна с Татьяной Николаевной, им это, в общем-то, оказалось не по силам, слишком они обе были хрупкими. Кресло переворачивалось, падало, но помощников рядом не осталось.
Алексей Николаевич скучал, тосковал, сестры ему читали вслух, играли с ним в карты, но это ему быстро надоедало. Единственным другом в эти дни для него оставался помощник повара – Леонид Седнёв, мальчишка, на пару лет младше самого цесаревича. Мальчики часто играли с солдатиками, которых Алексей Николаевич взял с собой из Тобольска. Вместе они гуляли в саду – Леня катал цесаревича в кресле с колесами по дорожкам. Колю Деревенко больше к цесаревичу не пускали, а он очень скучал по своему старому другу. И переписываться с Колей тоже не было никакой возможности, потому что его отец – доктор Деревенко больше не навещал Царскую семью. Причина этого до конца не известна. Возможно, что эти посещения запретили большевицкие власти. Но может быть, это стало решением самого врача. Потому что судьбы у двух самых близких врачей Царской семьи, «взрослого доктора» – Боткина и «детского» – Деревенко, были диаметрально противоположными. Когда доктору Боткину в Екатеринбурге предложили оставить своих подопечных, работать в госпитале и лечить красноармейцев, намекнув, что Царская семья все равно обречена, а новым властям нужны хорошие врачи, тот отказался предать своих арестованных пациентов. А доктор Деревенко стал работать на новые власти, он в военных госпиталях лечил красноармейцев.
Долгое время Царской семье отказывали в просьбе пригласить священника, чтобы отслужить обедню. И вдруг неожиданно утром в воскресенье 14 (1) июля 1918 года Юровский сам, без предварительного разговора, сказал, что вскоре придет священник и состоится служба. Цесаревны в гостиной приготовили все необходимое, накрыли стол красивой вязаной скатертью, принесли иконы. Служба прошла на одном дыхании, только священнику показалось, что очень уж печальной была Царская семья. Он даже подумал, что у них что-то случилось. В конце на прощание он дал каждому, кто был на службе, по просфоре. Алексей Николаевич всю службу сидел в кресле, священник, покосившись на Юровского, сам подошел к нему и вручил просфору.