Для того чтобы подготовить достойных служителей алтаря Божия, святитель принимал деятельные меры к развитию и правильной постановке духовного образования. Сперва предписано было открыть по всем городам славянские школы, училища в Острогожске и Ельце. Затем, когда назначена была сумма на содержание училищ, открылась Семинария в Воронеже. Для нее вызваны были наставники из Киева и Харькова, начертан порядок преподавания наук, дана инструкция воспитанникам и учителям. Преосвященный часто сам посещал классы, рекомендовал лучшие произведения духовной литературы для толкования юношеству, давал собственные предписания относительно поведения учеников.
Святитель внимательно следил за тем, чтобы в Консистории не притесняли духовных лиц. Он строго запретил чиновникам Консистории грубо и дерзко обращаться со священниками. Для скорейшего и более верного решения дел он назначил для уездных правлений второго члена, предоставив выбор его духовенству. В судебных определениях Святителя видели не столько суд, карающий грех, сколько пастырскую заботу об исправлении виновного. «Хотя и следовало бы, – писал он в ноябре 1764 года, – священника (за тяжкую ссору) перевесть (в другое место), однако же оставляется на прежнем месте, чтобы дом не разорился... Отпустить с подпискою, чтобы крайне берегся ссоры, в которой не следует приступать и к алтарю, по слову Христову».
В обычае тогда было подвергать и духовных лиц телесному наказанию в Консистории. «Не чинить на теле никакого наказания», – писал Святитель о священниках в Консисторию в сентябре 1764 г.