Митрополиты твердо отстаивали неприкосновенность церковного имущества, где бы оно ни находилось. Самой крупной епархией на Руси было новгородское архиепископство. Когда местное боярство сломило княжескую власть и основало республику, новгородские архиепископы стали осуществлять некоторые функции по управлению землей, ранее принадлежавшие князю. Софийский дом располагал огромными земельными богатствами, содержал полк. Чрезмерное обогащение духовенства побудило новгородские власти искать пути к тому, чтобы воспрепятствовать стремительному росту церковного землевладения. В Москве стало известно, что «некоторые посадницы и тысяцкии, да и от новгородцев мнози, въставляют некаа тщетнаа словеса, мудрствующе… да хотят грубость чинити святей божией церкви и грабити святыа церкви и монастыри». Проект, обсуждавшийся боярами и народом, предусматривал конфискацию вотчин, пожертвованных землевладельцами в пользу церкви. Митрополит Филипп в 1467 году обратился к Новгороду с грамотой, грозя карами небесными новгородцам, которые «имения церковные и села данаа (пожертвованные. —
В 1471 году московские рати и их союзники псковичи напали на Новгород. Архиепископ Феофил отправил на войну свой полк, приказав ему действовать исключительно против псковичей. В решающей битве на реке Шелони новгородское ополчение потерпело сокрушительное поражение. Архиепископский полк не принял участия в сражении, следуя приказу владыки. Поведение Феофила вызвало негодование в Новгороде.
В январе 1478 года Иван III окончательно подчинил Новгород и упразднил там вече. Сокрушив республику, он потребовал себе волостей и сёл в Новгороде, без которых ему нельзя «государьство свое дръжати на своей отчине». После длительного торга новгородские бояре предложили государю десять крупнейших церковных волостей. Как видно, с почином выступили те самые посадники и новгородцы, которые уже давно покушались на земельные богатства церкви. Теперь они решили пожертвовать церковными землями, чтобы сохранить свои вотчины. Иван III, добивавшийся присяги от бояр, принял их предложение, хотя и проявил некоторые колебания. Сначала он потребовал себе половину всех церковных земель в Новгороде, а когда новгородские бояре принесли ему списки подлежащих отчуждению волостей, государь смилостивился — «у владыки половины волостей не взял, а взял десять волостей». Зато крупнейшим монастырям пришлось расстаться с половиной своих сел. Неожиданная милость Ивана III была связана, вероятно, с тем, что за архиепископа заступилось московское духовенство. Что касается новгородских бояр, то они в большинстве сохранили вотчины и принесли присягу на верность великому князю. Проводя конфискацию церковных земель, Иван III опирался на помощь новгородцев — своих сторонников из числа бояр и духовных лиц. Некоторых из них князь взял затем к себе в столицу и ввел в круг придворного духовенства.
Покушение на церковное имущество всегда считалось святотатством. Церковное руководство имело случай выразить свое отношение к покушениям мирян на земли святой Софии. С тех пор ничего не изменилось. Иван III не мог рассчитывать на сочувствие высших иерархов и монахов. Противниками его начинаний выступили митрополит Геронтий и многие старцы, среди них Иосиф Санин. Среди сторонников великого князя выделялись ростовский епископ Вассиан Рыло, старцы Кирилло-Белозерского монастыря Паисий Ярославов и Нил Сорский.
Иосифу Санину и Нилу Сорскому суждено было сыграть выдающуюся роль в истории русской церкви, и их история заслуживает особого внимания. Оба они родились в годы феодальной войны, залившей кровью Московское государство. Нил появился на свет приблизительно в 1433–1434 годах, а Иосиф — шесть лет спустя.
Нил, в миру Николай Федорович, происходил из московской семьи, достаточно близкой к великокняжеской фамилии. Старший брат Нила Андрей Федорович Майко успел послужить дьяком у несчастного Василия II Темного. Аппарат управления Московским государством был невелик, и князь лично знал всех своих дьяков. Николай шел по стопам брата и начал с того, что «бе… скорописец, рекше подьячий». Служба сулила почести и богатство, но все это не прельщало юношу. Он отказался от мирской карьеры. Служил богу, писал инок позднее, «от юности моея». В монашестве Николай принял имя Нил. Учителем его стал знаменитый Паисий Ярославов — старец Кирилло-Белозерского монастыря. Прожив в монашестве никак не меньше двадцати лет, Нил отправился в паломничество к святым местам. Примерно в то же время пустился в странствия Иосиф Санин. Он избрал для паломничества не православный Восток, а российские монастыри.