Осифляне отстаивали церковные стяжания, противясь реформам, и власти вынуждены были провести перестановку лиц на высших ступенях иерархии. Одним из ближайших сподвижников Макария считался игумен Хутынского монастыря Феодосий, поставленный из иноков Иосифо-Волоколамского монастыря. Он получил игуменский сан от Макария и едва не был избран митрополитом при жеребьевке трех игуменов в 1539 году. Три года спустя Феодосий в качестве преемника Макария возглавил Софийский дом. После окончания собора власти не дали Феодосию возможности вернуться в Новгород и низложили его.
Решения Стоглавого собора были направлены в Троицу на одобрение бывшему митрополиту Иоасафу. В переговорах с Иоасафом участвовал придворный священник Сильвестр. Иоасаф высказал мнение, что деньги на выкуп православных из плена у неверных («полоняничные деньги») должны идти из митрополичьей казны и от монастырей, что вполне соответствовало видам правительства.
Послание Артемия помогло властям осуществить, по крайней мере частично, планы ограничения монастырского землевладения и доходов, что имело важное значение. По приказу царя Артемий был вызван из заволжской пустыни в Москву и поселен в Чудовом монастыре. Иван IV просил Сильвестра «смотрити в нем всякого нрава и духовныя пользы». Сильвестр похвалил Артемия и в итоге «по государеву велению» и прошению троицких старцев Артемий был поставлен игуменом Троице-Сергиева монастыря.
В годы реформ нестяжательство дало о себе знать в последний раз, чтобы затем исчезнуть навсегда. Не следует считать, будто гонения осифлян явились исключительной причиной крушения этого течения церковной мысли. Даже в период кратковременного расцвета нестяжательства в начале XVI века число последователей Нила Сорского было совсем невелико. Среди пустынников преобладали экзальтированные натуры, преданные аскетизму. Ученик Максима Грека Зиновий Отенский так описывал монахов-отшельников, предававшихся подвигам аскетизма: «Руки у них скорчены от тяжких страданий, кожа подобна воловьей и истрескалась, лица осунувшиеся, волосы растрепаны, ноги и руки посинели и опухли. Иные хромают, другие валяются. А имения так много у них, что и нищие, выпрашивающие подаяние, более их имеют. Обыкновенная пища их — овсяный невеяный хлеб, ржаные толченые колосья, и такой хлеб еще без соли. Питье их — вода; вареное — листья капусты; если есть овощи, так это рябина и калина. А об одежде что и говорить». С расцветом монастырей и превращением их в крупных феодальных землевладельцев призывы к аскетизму и умерщвлению плоти находили все меньший отклик в монашеской среде.
Показательна история старцев Феодорита и Артемия — двух наиболее ярких фигур среди нестяжателей середины XVI века. Феодорит принял пострижение в Кирилло-Белозерском монастыре и некоторое время провел с Артемием в заволжских пустынях, после чего отправился к лопарям на Кольский полуостров для проповеди слова божия. Миссионерская деятельность старца имела успех. Он основал первый монастырь в Лапландии, где добился строгого выполнения устава, запретил принимать какие бы то ни было вклады в виде недвижимого имущества. Строгости вызвали недовольство среди монахов, и они выгнали игумена из обители. Феодорит должен был уехать в Новгород, но вскоре благодаря покровительству Артемия его пригласили в Суздаль и назначили игуменом Спасо-Ефимьева монастыря. Эта обитель была одной из богатейших в крае, поэтому и там Феодорит восстановил против себя монастырскую братию, а также местного епископа. Феодорит и его покровитель Артемий недолго управляли монастырями, переданными под их власть по воле царя. Артемий учил, что иноки должны жить «своим рукоделием», а не владеть селами. Его слова далеко расходились с практикой богатейшего монастыря России. А потому Артемий провел в Троице-Сергиевом монастыре только шесть с половиной месяцев. Как отметил Андрей Курбский, игумен покинул пост «многаго ради мятежу» монахов, из-за их «любостяжательности».
В Новгороде низложенного осифлянина Феодосия сменил Серапион, вскоре умерший, а затем Пимен Черный — инок Кирилло-Белозерского монастыря, постриженник заволжской Адриановой пустыни, сочувствовавший нестяжателям. Он был человеком практичным и цепким, умевшим приспособиться к любым политическим переменам, благодаря чему и сохранил свой сан на протяжении почти двадцати лет.
Среди духовных лиц наибольшим влиянием на царя пользовался Сильвестр — его учитель жизни. Фанатизм и экзальтация были самыми яркими чертами этого церковного деятеля. Придворному священнику являлись божественные видения, он слышал «небесные голоса». Свои видения, истинные и выдуманные, Сильвестр (по словам очевидцев) умело использовал, чтобы укротить «нечестивые нравы и буйство» питомца. Именно Сильвестр заронил в душу Ивана Грозного искру религиозного фанатизма, приучил к «молитвам прилежным к богу».