Андрей Курбский, свидетель болезни Ивана IV в 1553 году, писал, что тот разболелся «зело тяжким огненым недугом так, иже никто же уже ему жити надеялся». Составляя летописную повесть, Грозный вспоминал, что «бысть болезнь его тяжка зело, мало и людей знаше, и тако бяше болен, яко многим чаяти, х концу приближися». В представлении людей того времени душа покидала тело, когда умирающий терял разум и сознание. Как видно, во время горячки Иван надолго терял сознание. В такой ситуации сторонникам вновь возникшей традиции нельзя было терять время. Регенты Захарьины были настолько уверены, что царская душа уже разлучилась с телом, что без промедления организовали присягу на имя нового государя младенца Дмитрия, от имени которого они собирались править государством. По давнему обычаю бояре приносили присягу новому монарху уже после кончины старого, — Василий III умер в ночь, и лишь на следующее утро бояре присягнули на верность Ивану IV. Действия Захарьиных показывают, что они нимало не сомневались в кончине царя. Не лишено вероятности предположение, что митрополит и близкие ко двору старцы с одобрения регентов Захарьиных возложили на полумертвого Ивана чернеческое платье. Конечно, это предположение не является доказанным. Но в его пользу можно привести дополнительные данные. В годы опричнины царь подолгу носил иноческое платье, что для мирянина считалось величайшим святотатством, и усердно разыгрывал роль игумена в Александровской слободе. Иван IV знал, что отец его готовился постричься в Кирилло-Белозерском монастыре, и сам готовился постричься в той же обители. Однажды он прямо сказал кирилловским старцам, что придет время — и он примет схиму в их монастыре. По просьбе самодержца власти отвели ему келью в стенах монастыря.
В дни династического кризиса Захарьины и другие верные бояре не пускали Владимира Старицкого к постели умирающего царя. Возможно, одним из пунктов разногласия Старицких и Захарьиных и был вопрос о пострижении умирающего монарха.
Благовещенский священник Сильвестр, пользовавшийся большим влиянием при дворе, предпринял осторожную попытку заступиться за Старицких и заявил Захарьиным: «Про что вы ко государю князя Володимера не пущаете? Брат вас, бояр, государю доброхотнее!» Но его вмешательство не имело последствий. Работая над летописью, царь Иван упомянул о том, что Сильвестр был в великой любви у Старицких, а ради царского к нему «жалованья» все его слушали — «указываше бо и митрополиту». В чем именно состояли «указания» Сильвестра Макарию, мы узнаем из записок Андрея Курбского.
Через год после болезни царя участник боярского заговора князь Семен Ростовский пытался бежать в Литву, но был арестован. На допросе он выдал всех участников заговора. Бояре Захарьины, участвовавшие в дознании, потребовали сурово наказать виновных. Князь Семен был приговорен к смертной казни. Заговорщика спас от топора митрополит Макарий. Он же убедил царя предать дело забвению, что вызвало негодование Захарьиных. Тогда-то, по словам Курбского, наставник Ивана Сильвестр, призвав на помощь митрополита Московского, отогнал от царя его «ласкателей» Захарьиных.
При Грозном функции митрополита чрезвычайно расширились. Он вел дипломатические переговоры с Литвой, посылал гонцов с грамотами к тамошним властям и православным иерархам. Церковь играла значительную роль также и в сношениях с мусульманским миром.
В первый момент после крушения Золотой Орды казалось, что татарская сила никогда более не соберется воедино. Однако после того, как турки-османы покорили Крымское ханство, возникла реальная опасность объединения татарских юртов под эгидой Османской империи.
Из татарских орд ближе всего к русским границам располагалось Казанское ханство. Основав свое государство на развалинах древнего Булгарского царства, казанские феодалы подчинили себе разноязычные народы Среднего Поволжья. Их отряды разоряли не только пограничные уезды, но и выходили к Владимиру, Костроме и далекой Вологде.
Церковное руководство старалось придать войне с казанцами характер священной борьбы против неверных «агарян». Среди дворян, планы завоевания Казани приобрели широкую популярность — «подрайская» казанская землица давно привлекала к себе их взоры. Выражая настроения служилых людей, современник Грозного Иван Пересветов писал: «Мы много дивимся тому, что великий сильный царь долго терпит под пазухой такую землицу и кручину от нее великую принимает… Хотя бы таковая землица угодная и в дружбе была, ино было ей не мочно терпети за такое угодие».