Православным какое-то время еще удавалось дышать вольно, поскольку, согласно дарованному королем городу Магдебургскому праву, им посменно руководили избранные местной радой бургомистры, представлявшие православную и католическую общины. Но постепенно все дававшиеся «схизматикам» права сводились на нет. Им было запрещено ставить новые храмы и подновлять имеющиеся, многие церкви были переданы униатам, а к XVII веку население Вильны сильно полонизировалось, город все чаще именовали на польский манер — Вильно, хотя его жители по-прежнему в основном использовали западный диалект русского языка, который ныне принято называть белорусским. Такова была «сила» их веры — никто силой не заставлял жителей Вильны менять православие на католичество, но они шли в русле конъюнктуры, и к XVII веку город стал, по сути, польским — православные составляли только 20 процентов его населения.
И тут довольно символично выглядит история Виленского кафедрального митрополичьего собора во имя Успения Пречистой Божией Матери, сооруженного в первой половине XIV века. В XVII веке его передали униатам, собор горел, был заброшен, а в XIX веке польские власти передали его университету. Впрочем, помимо аудиторий, в его стенах расположились конюшни, кузницы, жилые помещения и торговые лавки… Эта мерзость запустения прекратилась в тот момент, когда в Вильно второй раз вернулись русские, но это будет спустя почти два столетия, а пока…
В 1655 году, сломив сопротивление гетмана Януша Радзивилла, русская армия под предводительством самого государя Алексея Михайловича, руководимая князем Яковом Черкасским и атаманом запорожских казаков Иваном Золоторенко, овладела Вильной. За всю войну с польско-литовскими врагами Православия, накопив к ним достаточно ненависти, русские ратники не стали сдерживать себя: город подвергся жестокому разграблению, католические костелы пылали как факелы, побежденное население истреблялось.
Однако вскоре в покоренную литовскую столицу вошел сам царь, которого ужаснула картина увиденного. Алексей Михайлович велел предать земле все тела, а также обратиться с воззваниями к успевшим убежать горожанам, гарантируя им неприкосновенность в случае возвращения домой. Именно после покорения некогда столицы вероотступников самодержец принял титул государя Полоцкого и Мстиславского. И что характерно, православное русское уже меньшинство Вильны встречало своего защитника хлебом и солью.
Шесть лет стоял русский гарнизон в городе. И нужно отметить, что эти годы выдались тяжелыми: Вильну два раза накрывала эпидемия чумы. А затем заметно поредевший гарнизон попал в осаду польских войск. Восемь месяцев воевода князь Даниил Мышецкий оборонял город, отказываясь сдаваться, пока не был выдан врагам предателями, после чего отказался принять милость короля — гонителя православия, поклониться ему, и был обезглавлен.
Снова вернется в город русская армия только в 1795 году. Вильна к тому времени переживет погром православного Свято-Духова монастыря, инициированный студентами местного университета и ревнителями католицизма из числа горожан, и, как мы уже говорили, передачу православного Пречистенского собора университету. Но городу повезло: под сенью русской монархии его губернатором стал знаменитый усмиритель польской крамолы — граф Михаил Николаевич Муравьев, который возродил подвергшиеся поруганию многочисленные древние православные храмы города и, собственно, сам кафедральный собор. А его брат — православный писатель и мыслитель Андрей Николаевич Муравьев — издаст труд «Русская Вильна», где подробнейшим образом опишет именно русскую и православную историю этого города.
Так эмоционально и точно опишет православный ренессанс столицы, по сути, Черной Руси русский поэт и дипломат Федор Тютчев. В XIX — начале XX века Вильна вновь приобретала черты классического русского города, над которым разливался малиновый звон колоколов, сияли золотом восьмиконечные православные кресты, улицы пестрели вывесками и объявлениями на русском языке, повсюду слышалась русская речь.
Но и эта замечательная эпоха, к сожалению, закончилась. К власти на территории поверженной империи пришли одержимые, одной из целей которых была борьба с русскими и русскостью руками самих же одураченных русских. На окраинах же они делали ставку на этнические меньшинства.