В бытность владыки Иоанна епископом Брюссельским и Западноевропейским было восстановлено почитание западных святых неразделенной Церкви (то есть живших до отделения Католической Церкви от Православной) – в православных храмах стали поминать покровительницу Парижа святую Женевьеву (Геновефу), просветителя Ирландии святого Патрика (Патрикия) и других западных святых.
Владыка Иоанн с необычайным благоговением служил Божественную литургию. Во время богослужения он не произносил в алтаре ни одного лишнего слова и не разрешал другим, а после службы сам долго омывал священные сосуды, еще раз прикладывался ко всем иконам – ему нужно было «остыть» от того внутреннего горения, которое он всякий раз испытывал во время литургии.
Все эти годы владыка Иоанн продолжал вести жизнь аскета: обычно он ничего не ел в течение дня и лишь за полночь обедал каким-нибудь простым овощным блюдом, по-прежнему никогда не ложился в постель и немного дремал, сидя в кресле. В четыре утра принимал холодную ванну и становился на утреннюю молитву.
Отец Герман (Подмошенский), тогда семинарист, рассказал, каким увидел владыку Иоанна в 1959 году, во время его приезда в Америку: «Его подрясник был ярко-голубого цвета, сделанный из тонкой, дешевой китайской «ткани для бедняков». Наружное его облачение – саккос – также выглядел своеобразно. Хотя это было и епископское облачение, сделано оно было из белой парусины, на которой были вышиты маленькие крестики пурпурного и оранжевых цветов – руками детей из его шанхайского приюта… Его митра вместо того, чтобы быть блестящим, шарообразным и пышным украшением, демонстрирующим епископальное величие и роскошь (хотя, по сути должна быть образом тернового венца), представляла собой помятый, слегка болтающийся колпачок, который скорее походил на большую скуфью странной формы, со всех четырех сторон на нее были нашиты маленькие дешевые бумажные иконки. Все его облачение было больше его собственного роста, и, казалось, будто он подвешен на нем. Волосы его были растрепаны, выражение лица – весьма сердитое, нижняя губа свисала, а маленькие черные глаза часто закрывались. Но хуже всего была его речь. Воистину, я не мог разобрать даже и одной фразы из его проповеди. Но на молебне, когда он кропил святой водой, весь его образ преобразился – глаза загорелись каким-то внутренним светом, и казалось мне, что его душа ликовала с детьми, которых он обильно поливал только что освященной водой».
Семинаристы быстро убедились, что за «суровым видом» владыки скрывалась любящая, по-детски простая душа. Да и некоторые особенности его внешнего облика объяснились, когда владыку переоблачали перед службой: то, что выглядело как большой живот, в действительности оказалось сумкой с мощами святых, которую он всегда носил на себе. В ней находилась и икона, завернутая в пурпурного цвета бархат, с мощами святого Иоанна Тобольского (Максимовича).
Осенью 1962 года владыка Иоанн прибыл в Сан-Франциско в помощь престарелому архиепископу Тихону, а после его кончины стал правящим архиереем Западно-Американским и Сан-Францисским. В Америке было много его духовных чад – эмигрантов из Шанхая. Русская община в Сан-Франциско в те годы переживала раскол, и владыка сумел внести мир в дела русской колонии, возобновив работы по строительству кафедрального собора в честь иконы Пресвятой Богородицы «Всех скорбящих Радость». За время стройки ему пришлось претерпеть много клеветы и несправедливых обвинений, даже предстать перед американским судом по обвинению в финансовых нарушениях. Но, в конце концов, все обвинения были сняты, рассмотрение дела в суде в 1963 году закончилось полным оправданием владыки Иоанна. Кафедральный собор в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» был успешно достроен в 1965 году, еще при жизни архиепископа, и он успел послужить в нем несколько месяцев.
В Сан-Франциско на улице Болбоа владыка Иоанн открыл приют во имя святителя Тихона Задонского для детей-сирот. Среди детей он выглядел веселым и счастливым, но прихожане знали, каким строгим и даже грозным мог быть владыка Иоанн. Особенно всем запомнился случай в ноябре 1964 года, когда владыка обратил внимание на полупустой собор во время всенощного бдения – оказалось, что многие прихожане в этот день отмечали модный в Америке праздник Хэллоуин. После вечерней службы владыка велел своему шоферу вести его на бал в Русский центр Сан-Франциско.
«С гневом владыка посохом распахнул дверь, вошел и увидел, что его паства, разряженная во всякие соответствующие костюмы, танцует, справляя Хэллоуин. С гневом, громко стуча посохом о пол, он обошел кругом все помещение. Музыка прекратилась. Некоторые дамы в смущении бросились к нему за благословением, но он гневно отталкивал их посохом и при полном смятении наряженной толпы, не проронив ни одного слова, ушел, сопровожденный всхлипами дам».
Кафедральный собор в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость», Сан-Франциско. Современный вид