Старец рассказывал: «Я думал тогда, что воля Божия была в том, чтобы я возродил обитель в Конице. Так я исполнял и обет, данный мной Божией Матери, когда был на войне. „Матерь Божия, – попросил я Ее тогда, – помоги мне стать монахом, а я буду три года работать и приведу в порядок Твою сгоревшую обитель“. Но, как стало ясно впоследствии, главной причиной того, что Пресвятая Богородица послала меня туда, была необходимость помочь восьмидесяти семьям, совратившимся в протестантство, вернуться в Православие».
Через три года, исполнив обет и передав все дела поселившейся в Стомионе братии, отец Паисий всем сказал, что уезжает на лечение, и отправился в пустыню, на святую гору Синай. Сначала он поселился на Синае в монастыре святой Екатерины. Художники-реставраторы, занимавшиеся восстановлением древнего монастыря, хорошо запомнили молодого афонского монаха Паисия (ему не было и сорока лет), который помогал им в столярных работах, умел делать иконостасы и искусно вырезать из дерева небольшие иконки пророка Моисея, получающего скрижали с заповедями. Иконы ручной работы монах отдавал в монастырь на продажу, их охотно покупали туристы, и получал за это немного денег. Монах Паисий часто просил знакомых таксистов, которые привозили в монастырь паломников, купить ему в Каире продукты, теплую одежду, лекарства, и относил все это в станы бедных бедуинов-кочевников, как он их называл – своим «бедуинчикам».
Старец рассказывал: «На Синае на меня произвело впечатление вот что: бедуины не имеют, несчастные, ничего для приношения Богу. И что же они делают: подбирают камушек, который чуть-чуть отличается от других – во-о-от такой малюсенький или, если найдут где-нибудь в расселине два-три листочка, кладут это на тот камень, в который Моисей ударил жезлом и истекла вода, и оставляют свое приношение там. А матери, кормящие грудью, идут туда и выдавливают на этот камень несколько капель, помышляя: „Да даст мне Бог молоко для кормления моих детей…“ Что, Богу все это нужно? Нет, не нужно, но Бог помогает, видя благое сердце, благое произволение».
Взяв благословение вести жизнь пустынника, отец Паисий ушел выше в горы и поселился в пещере святых Галактиона и Епистимии, состоящей из маленького храма и при нем крошечной кельи. Все хозяйство монаха-аскета составляла одна консервная банка, в которой он варил и кашу, и чай, одна ложка и одна майка. Чтобы избавиться от назойливых туристов, отец Паисий масляной краской нарисовал по дороге в пещеру на скалах знак опасности – череп и кости, а вход в свое жилище завалил колючими ветками.
По воскресеньям он спускался на службу в монастырь, где за ним осталась келья в башне, а затем снова шел в пещеру, чтобы в уединении творить Иисусову молитву и в полном безмолвии заниматься рукоделием.
Старец рассказывал: «На Синае, в келье святой Епистимии, где я жил, воды было совсем чуть-чуть. В одной пещере, примерно в двадцати метрах от кельи, из расселины в скале по капле сочилась вода. Я сделал маленький водосборник и набирал по три литра воды в сутки. Приходя за водой, я подставлял железную банку и, пока она наполнялась, читал акафист Пресвятой Богородице. Я немножко смачивал голову, только лоб, это помогало мне, так посоветовал один врач, набирал немного воды для питья, в отдельную баночку набирал немного воды для мышек и птичек, живших при моей келье. Для стирки и прочих нужд я использовал ту же самую воду из пещеры. Какую же радость, какое благодарение испытывал я за ту немногую воду, которую имел!»
Паисий хотел бы до конца своих дней жить такой жизнью, но помешало состояние здоровья. Поселившись высоко в горах, он стал не только задыхаться, но еще и мучиться постоянными головными болями.
«Однако вижу, что Бог спускает меня все ниже и ниже. Сейчас, уже целую неделю я нахожусь в монастыре, потому что у меня открылась астма. Исихастирий святых Галактиона и Епистимии расположен на высоте 2000 метров, и поэтому там я страшно мучился, – писал отец Паисий в письме от 1 марта 1964 года. – Несмотря на то, что я принуждал себя остаться там, наверху, это оказалось невозможным: у меня останавливалось дыхание». Он вернулся на Святую Гору Афон и поселился в каливе в Иверском скиту, где имелось все необходимое для монашеской жизни: маленькая церковь, посвященная святым Архангелам, участок с несколькими масличными деревьями, колодец, огород.
Отцу Паисию все-таки пришлось пройти медицинское обследование, и врачи диагностировали серьезную болезнь легких – бронхоэктаз, которая потребовала операции. Его прооперировали в Центре легочных заболеваний Северной Греции, удалили почти все левое легкое и два ребра. Именно здесь в 1966 году отец Паисий познакомился с девушками-христианками, которые навещали его в больнице, сдали кровь, необходимую во время операции, и поделились желанием найти какое-то подходящее место для монашеской жизни. Благодаря этой встрече появился монастырь святого Иоанна Богослова в Суроти, недалеко от Салоник.