Несмотря на запрещение пьесы театральной цензурой, Островский после выхода «Москвитянина» решил вновь попытаться провести комедию на сцену и обратился за разрешением к генерал-губернатору Москвы. Тот послал запрос министру императорского двора П. М. Волконскому, от которого получил ответ: «Возвращаемая у сего, сочиненная чиновником московского коммерческого суда Островским комедия под заглавием „Свои люди — сочтемся“ была уже рассматриваема в цензуре III Отделения собственной его императорского величества канцелярии, но оною к представлению на театре не одобрена».
Опубликование комедии в «Москвитянине» привлекло к ней внимание негласного «Комитета 2-го апреля 1848 г.», созданного для контроля за уже вышедшими произведениями и стоявшего над цензурой. Комитет, признав комедию «талантливой» и не находя в ней «ничего прямо противного правилам общей цензуры», тем не менее счел необходимым поручить попечителю московского учебного округа вызвать к себе автора и «вразумить его, что благородная и полезная цель таланта должна состоять не только в живом изображении смешного и дурного, но и в справедливом его порицании <…> в утверждении того <…> что злодеяние находит достойную кару еще и на земле». Заключение Комитета было одобрено Николаем I, наложившим резолюцию: «Совершенно справедливо, напрасно печатано, играть же запретить…»
Выполняя предписание Комитета, попечитель пригласил к себе автора «для вразумления». После разговора с ним Островский написал ему письмо, в котором с большим достоинством отстаивал свои позиции художника и гражданина: «Главным основанием моего труда, главною мыслью, меня побудившею, было: добросовестное обличение порока, лежащее долгом на всяком члене благоустроенного христианского общества, тем более на человеке, чувствующем в себе прямое к тому призвание <…> И мои надежды сбылись сверх моих ожиданий: труд мой, еще не оконченный, возбудил одинаковое сочувствие и производил самые отрадные впечатления во всех слоях московского общества, более же всего между купечеством, о чем не безызвестно и Вашему превосходительству <…> Согласно понятиям моим об изящном, считая комедию лучшею формою к достижению нравственных целей и признавая в себе способность воспроизводить жизнь преимущественно в этой форме, я должен был написать комедию или ничего не написать».
Одновременно личностью автора заинтересовалось и III Отделение, где завели дело «О литераторе Островском». Несмотря на положительные отзывы о молодом драматурге его прямого начальника — председателя Московского коммерческого суда и московского обер-полицмейстера, Николай I по докладу III Отделения повелел: «Иметь под присмотром».
Таков был первый этап истории создания и публикации комедии.
В 1858 г. Островский задумал первое собрание своих сочинений. Имея в виду требования цензуры, он создал новую редакцию, в тексте которой на этот раз учел почти все отчеркивания, вычерки и поправки, сделанные красным карандашом цензора в том экземпляре пьесы, по которому она была запрещена для сцены в 1849 г., а чтобы удовлетворить требованиям «Комитета 2-го апреля 1848 г.»: покарать злодеяние «еще и на земле», изменил заключительную сцену комедии, введя новый персонаж — квартального, который является «по предписанию начальства» и должен доставить Подхалюзина «к следственному приставу по делу о сокрытии имущества несостоятельного купца Большова». В связи с этими изменениями автор дал комедии и новое заглавие — «За чем пойдешь, то и найдешь».
Позже Островский с большой горечью говорил: «Чувство, которое я испытывал, перекраивая „Своих людей“ по указанной мерке, <…> можно сравнить разве только с тем, если бы мне велели самому себе отрубить руку или ногу».
Отправляя вторую редакцию в Петербург для театральной цензуры, Островский писал П. С. Федорову — заведующему репертуарной частью петербургских театров: «Посылаю Вам изуродованное, но все-таки дорогое сердцу детище». Одновременно для цензуры была составлена специальная записка, в которой Островский писал о своей работе над текстом для второй редакции.
Цензурный комитет одобрил новую редакцию и передал ее в Главное управление цензуры для решения вопроса об издании. Член этого управления А. Г. Тройницкий в своем отзыве отметил, что, хотя теперь Подхалюзин и наказан, все же «вновь прибавленная сцена по неопределительности своей мало изменяет эту кажущуюся безнаказанность»; кроме того, он нашел, что не следует давать пьесе новое заглавие: «…перемена могла бы вызвать какие-нибудь превратные толки о стеснениях цензурных там, где их нет на самом деле».
В результате вторая редакция пьесы была разрешена к изданию под старым заглавием, но автору было предложено дополнительно «изменить выражения и места не совсем приличные».
В этом «изуродованном» виде комедия перепечатывалась в последующих изданиях произведений Островского.