На наш взгляд, в значительно большей степени, чем высшие власти, к погромам были причастны местные административные органы и полиция. Дело в том, что обстановка секретности, в которой готовился манифест, привела к непредсказуемым последствиям. Губернские власти пребывали в полной растерянности. Громадные пространства страны не позволяли оперативно довести информацию по официальным каналам, тем более что железнодорожное сообщение и телеграф были скованы всеобщей забастовкой. На окраинах империи власти просто не поверили известию о резкой смене правительственного курса. Наместник на Кавказе И.И. Воронцов-Дашков просил подтвердить шифрованной телеграммой, действительно ли дарована свобода. Иркутский генерал-губернатор граф П.И. Кутайсов называл сообщения о манифесте «распространившимися по городу слухами». В течение нескольких дней Трепов не имел связи с большинством городов. Жандармские управления и охранные отделения не контролировали ситуацию. Типичной была телеграмма, которую направил в Департамент полиции начальник Одесского охранного отделения: «Нормальная жизнь прекратилась… Сношение с агентурой приостановлено, филеры не наблюдают».
Во время революционных демонстраций, последовавших за опубликованием манифеста, полицейские чины стали объектами словесных и физических нападений. В Вильно группа евреев попыталась освободить соплеменника, стрелявшего в полицейского пристава. Подоспевшие к месту происшествия войска убили и ранили 40 человек. В некоторых городах, не входивших в черту оседлости, вопрос о полиции послужил непосредственным поводом для погрома. После манифеста Казанская городская дума приняла решение прекратить финансирование полиции. Вместо нее была создана народная милиция из числа студентов и членов нелегальных партий. В полицейских участках было конфисковано оружие. 21 октября произошло столкновение милиции с «патриотической» манифестацией. Милиционеры укрылись в здании городской думы, которое было окружено войсками. Прибыл губернатор. «Оставшимся в думском зале он заявил, что если они через четверть часа не выйдут из здания с поднятыми руками, то он прикажет пустить в ход артиллерию». В ходе столкновений 8 милиционеров были убиты, остальные сдались.
Похожие события разыгрались за тысячи верст от Поволжья — в сибирском городе Томске. В судебных документах о томском погроме говорилось: «К губернатору Азанчееву-Азанчевскому явились депутаты во главе с городским головой Макушиным, которые предъявили постановление думы об удалении с должности полицмейстера, прекращении выдачи жалованья полиции и об организации милиции. Губернатор согласился на удаление полицмейстера, но вопрос об организации милиции предложил внести в губернское правление».
Однако городская дума незамедлительно организовала милицию, что вызвало волнение в городе. 20 октября толпа горожан пришла к полицейской управе, потребовала царский портрет и отправилась сводить счеты с милиционерами. Здание управления Сибирской железной дороги, где укрылся отряд милиции, было осаждено толпой и войсками. Само здание подожгли, а «многих, показавшихся в окнах, вылезавших на крышу и спускавшихся по водосточным трубам, солдаты, принявшие сторону толпы, пристреливали из винтовок». Большинство погребенных под руинами оказались железнодорожными служащими, на свое несчастье зашедшими в этот роковой день в управление за получением денежного жалованья.
В большинстве случаев в разных городах полиция не скрывала своего отрицательного отношения к манифесту. У житомирского полицейского чиновника Андерсона спросили: «Вы знаете, что объявлена свобода совести, слова, собраний, неприкосновенность личности?» На это последовал ответ: «Я еще перережу вас всех, как собак, пока вы добьетесь вашей свободы!» Полицейских можно было заметить в первых рядах погромщиков. На иркутских улицах обращал на себя внимание урядник-итальянец, невесть какой судьбой заброшенный в Сибирь. Приняв театральную позу, он взывал: «Кто за русский народ, переходи на нашу сторону!» В Симферополе старший городовой С.Н. Ермоленко зарубил шашкой нескольких евреев, доставленных в полицейский участок.
Дело не ограничивалось участием в беспорядках отдельных полицейских чинов. В ряде случаев на сторону погромщиков перешел практически весь состав полиции. Примером подобного рода служили события в Киеве. Вице-губернатор Рафальский докладывал Трепову об обстановке в городе: «Повсеместный открытый грабеж еврейских магазинов, изредка встречаются чины полиции, безучастные и равнодушные к происходящему».