Сам Комиссаров изображал всю историю как интригу товарища министра внутренних дел князя С.Д. Урусова, его шурина Лопухина и заведующего Особым отделом Департамента полиции Макарова против министра П.Н. Дурново, который, кстати говоря, был совершенно непричастен к затее с типографией. Макаров якобы распорядился установить станок, написал воззвание к солдатам, а потом вся троица разоблачила погромную типографию. Комиссаров утверждал, что ему цинично разъяснили: «Видите ли, у нас игра, но в игре и маленькая пичка (уменьшительное от пики) подчас пригодится». Эта версия выглядит весьма сомнительно, хотя граф Витте был склонен видеть во всем эпизоде обычную министерскую склоку.
Лопухин советовал премьер-министру внезапно нагрянуть на Фонтанку и застать печатников на месте преступления. Граф Витте предпочел другой путь. Он вызвал жандармского ротмистра и приказал немедленно уничтожить станок. «При первом докладе я дело рассказал его величеству, — вспоминал граф Витте, — государь молчал, и, по-видимому, все то, что я ему докладывал, ему уже было известно. В заключение я просил государя не наказывать Комиссарова, на что его величество мне заметил, что он во всяком случае его не наказал бы ввиду заслуг Комиссарова по тайному добыванию военных документов во время японской войны».
Значительно труднее стало утаивать подобные дела после того, как приступили к работе законодательные учреждения. Когда скандальные сведения о погромной типографии всплыли в печати, депутаты I Государственной думы внесли запрос правительству. 8 июня 1906 г. на него отвечал министр внутренних дел Столыпин. Он пытался обелить своих предшественников, представив дело как незначительный эпизод, возникший по вине чересчур усердного жандармского ротмистра, который на изъятом при обыске маломощном станке отпечатал 2–3 сотни воззваний. Выступление Столыпина было крайне неудачным и потонуло в криках: «Погромщики!», «В отставку!» галя
Князь Урусов, оставивший пост товарища министра ради депутатского кресла, рассказал Думе, что на Фонтанке были напечатаны сотни тысяч воззваний, которые распространялись по всей стране «одним из самых патриотических собраний». (Впоследствии Лопухин направил Столыпину открытое письмо, в котором расшифровал этот намек — речь шла о «Союзе русского народа».) В заключение своей речи князь Урусов заявил, что опасность погромов сохранится до тех пор, «пока на дела управления, а следовательно, на судьбы страны будут оказывать влияние люди, по воспитанию вахмистры и городовые, а по убеждениям погромщики». Князь имел в виду своих коллег по Министерству внутренних дел, а также Трепова. Эти слова были произнесены в полемическом задоре. Когда Трепов руководил полицией, обвинения в его адрес, хотя бы не подтвержденные фактами, имели правдоподобный вид. Но дворцовый комендант не ведал Департаментом полиции, да и типография была оборудована уже после его ухода. Накал страстей в Думе объяснялся тем, что буквально за неделю до обсуждения запроса произошел погром в Белостоке.
Погрому в этом многострадальном городе черты оседлости предшествовало убийство полицмейстера Деркачева. В преступлении обвиняли евреев, хотя имелись серьезные основания считать, что гибель полицмейстера лежала на совести его коллег. Деркачев был редким исключением, его отличало лояльное отношение к еврейскому населению. В мае 1906 г. его усилиями был предотвращен погром, что вызвало недовольство как в рядах полиции, так и в националистически настроенных кругах общества. Молва приписывала убийство приставу Шереметьеву, у которого были крайне неприязненные отношения с полицмейстером. Так или иначе, но гибель Деркачева была использована для нагнетания антисемитских настроений.
31 мая 1906 г. полицмейстер Радецкий собрал совещание, на котором заявил, что, по достоверным сведениям, евреи собираются произвести массовое избиение полиции. 1 июня по случаю церковного праздника состоялся крестный ход. Неизвестные лица бросили в участников процессии разрывной снаряд. Очевидцы утверждали, что крестный ход обстреливали сами полицейские. Армейский подпоручик Петров заметил в толпе жандарма, намеревавшегося сделать выстрел. «Свидетель приказал этому жандарму спрятать револьвер, но тот ответил дерзостью и оказался до такой степени пьян, что свидетель даже предположил, не был ли это переодетый в жандармскую форму хулиган».
За три дня в Белостоке были убиты 84 (73 еврея и 11 христиан, в их числе те, кого по ошибке приняли за евреев), ранены 105 человек. Солдаты и полиция принимали деятельное участие в погроме. Установлены случаи, когда арестованных убивали непосредственно в полицейских участках. Депутаты I Государственной думы внесли запрос о белостокских событиях. Кадеты намеревались подвергнуть должностных лиц столь же тщательному допросу, как во время обсуждения запроса о тайной типографии Департамента полиции. Представители правительства проявили своеобразный юмор, попросив поставить обсуждение на 9 июля 1906 г. В этот день был опубликован императорский указ о роспуске Думы.