Вступив в XX в., Россия осталась, пожалуй, единственной цивилизованной страной, чьи судебные органы принимали для рассмотрения ритуальные дела. В конце XIX — начале XX в. число подобных процессов даже увеличилось: Владимирское (1897 г.), Виленское (1902 г.), Дубоссарское (1903 г.), Смоленское (1910 г.) дела. Следует отметить, что кровавый ритуал приписывали не только евреям. Например, в 1892 г. возникло Мултанское дело по обвинению вотяков (удмуртов) в человеческом жертвоприношении.
Вне всякого сомнения, возникновение этих дел было связано не только с национальными разногласиями, религиозной нетерпимостью, невежеством, но и с политическими интересами. Хотя ни в одном из перечисленных случаев не удалось доказать вину подозреваемых, ритуальные дела стали привычными для России.
С юридической точки зрения дело Бейлиса имело прецеденты, однако с политической точки зрения у него не было аналогов в истории России. По своему значению его справедливо сопоставляют с делом Дрейфуса, тоже взбудоражившим весь мир. Разумеется, не скромная личность обвиняемого приковала к Киеву внимание половины мира. Защитники Бейлиса рассматривали свои действия как протест против национальной и даже больше — всей внутренней политики самодержавия. В свою очередь, защитники режима считали, что «идет не суд над безвестным евреем, а генеральное сражение между всемирным еврейством и русским правительством». Впоследствии эту же самую оценку дела Бейлиса повторит официальный орган национал-социалистической партии Германии.
В 1913 г. антисемитская кампания была полностью проиграна. Присутствовавший на процессе полицейский чиновник П.И. Любимов в заключительном докладе директору Департамента полиции С.П. Белецкому назвал дело Бейлиса «полицейской Цусимой», используя печально знаменитое название острова, у берегов которого в мае 1905 г. погибла эскадра адмирала Рожественского — последняя надежда русских в войне с Японией. Однако следует разобраться, какую долю ответственности нес Департамент полиции и его местные органы за постановку провалившегося ритуального спектакля.
20 марта 1911 г. в пещере на малонаселенной окраине Киева было обнаружено тело 12-летнего ученика духовного училища Андрея Ющинского. Мальчик погиб мучительной смертью: на его груди, шее, виске насчитывалось 45–47 колотых ран. Таинственная смерть мальчика в канун Пасхи породила множество слухов, встревоживших местные власти. Рядового следователя сменил следователь по особо важным делам В.И. Фененко, результаты первого вскрытия тела были сочтены неудовлетворительными, и была назначена повторная экспертиза.
Следователю Фененко пришлось столкнуться с большими трудностями, так как полицейские действовали на месте происшествия вопреки требованиям инструкции. Они сдвинули труп с места, брали в руки вещи убитого. Городовые даже расчистили снег у входа в пещеру, чтобы в нее смог пролезть дородный пристав. Все это объяснялось не злым умыслом, а скорее неподготовленностью и некомпетентностью. Так или иначе, но полиция фактически уничтожила все следы и сделала бесполезными фото- и микроскопические исследования.
Еще сложнее оказалась задача экспертов — декана медицинского факультета университета Н.А. Оболенского и прозектора кафедры судебной медицины Н.Н. Труфанова, которым пришлось обследовать тело с удаленными органами и даже замененной черепной коробкой. Эксперты пришли к выводу, что раны нанесены при жизни мальчика: убийц было несколько, и они стремились причинить своей жертве сильные мучения. Тело Ющинского было почти полностью обескровлено. Впоследствии светила медицины из русских и европейских университетов подвергли резкой критике эти выводы, отмечая, что у профессора Оболенского не имелось достаточных оснований утверждать о прижизненном характере ранений и полной потере крови.
Официальное заключение еще не было подписано, но черносотенцы уже подхватили и истолковали в антисемитском духе выводы экспертов. Киевская охранка сообщила Департаменту полиции, что 28 марта во время похорон Андрея Ющинского разбрасывались листовки следующего содержания: «Жиды ежегодно перед своей Пасхой замучивают несколько десятков христианских мальчиков, чтобы их кровь лить в мацу… Судебные доктора нашли, что Андрея Ющинского перед страданиями связали, раздели и голого кололи, причем кололи в главные жилы, чтобы побольше добыть крови».
Убийство мальчика вышло за рамки уголовного дела. Наблюдение из Петербурга подхлестнуло местную полицию. Необходимо отметить, что, согласно российским законам, полиция имела право проводить дознание только до прибытия судебного следователя и в пределах одних суток. После этого полиция должна была выполнять поручения следователя, согласуя с ним каждый свой шаг. Между тем киевская уголовная и тайная полиции в течение многих месяцев фактически самостоятельно расследовали преступление. Начальник сыскной полиции Е.Ф. Мищук отличался большим честолюбием, но убийство Ющинского оказалось самым сложным в его практике.