Отобранные письма вскрывались при помощи тонкой палочки, которую просовывали в конверт и наматывали на нее письмо. Конверты также расклеивались на сухом пару. Не вызывали затруднения и пакеты с сургучными печатями. Русская полиция издавна использовала особый состав, позволявший скопировать любой штамп или печать. В царствование Николая I австрийское правительство попросило поделиться секретом, и когда царь выполнил просьбу союзников, в благодарность было прислано описание перлюстрационной службы в Вене.
Обычно чиновники тщательно заделывали вскрытые письма, но из-за большого объема работы и усталости случались огрехи. На просмотренной корреспонденции ставился значок — «муха», на жаргоне перлюстраторов, чтобы письма не были вскрыты вторично на другом пункте. Если содержание письма вызывало интерес, оно копировалось. Зашифрованные тексты направлялись на Фонтанку, где трудился талантливый криптограф И.А. Зыбин. «Для Зыбина, — писал бывший полицейский чиновник М.Е. Бакай, — важно уловить систему ключа, тогда для него не составляет труда подобрать соответствующее значение для букв или цифр». Зыбин уверял, что за многолетнюю службу он не сумел расшифровать только одно письмо.
Криптография была для него страстью. Начальник одного из провинциальных охранных отделений Заварзин вспоминал, как к нему для дешифровки трудного письма командировали из столицы Зыбина. Он схватил текст как помешанный и углубился в лихорадочные расчеты, не обращая внимания на окружающих и даже вряд ли отдавая себе отчет в том, где он находится. Когда Зыбина пригласили за обеденный стол, он пытался записать цифры на гладком дне тарелки, а потом начал делать заметки на собственных манжетах. Только справившись со своей задачей, он словно очнулся от сомнамбулического сна.
В Департаменте полиции проявляли невидимые чернила. Поскольку химически обработанное письмо уже нельзя было послать по адресу, то приходилось писать заново видимый и невидимый текст. Виртуозным специалистом, способным подделать любой почерк, был В.Н. Зверев, которого С.В. Зубатов привез с собой из Москвы. Это была кропотливая работа, при которой учитывались качество бумаги, глянец, водяные знаки. Иногда приходилось посылать в другие города за тем сортом бумаги, на котором было написано письмо.
Объем перлюстрации постоянно возрастал. В 1882 г. было вскрыто 38 тыс. писем и сделано 3600 выписок. В 1900 г. выписок было 5431, в 1904 г. — 8642, в 1905 г. — 10 182, в 1907 г. — 14 221. Все выписки направлялись в Департамент полиции, где с ними знакомились чиновники Особого отдела. При отделе существовал «архив секретных сведений, добытых цензурой». В случае необходимости Особый отдел сообщал сведения жандармским управлениям и охранным отделениям, не указывая источника или применяя завуалированную формулу: «По агентурным данным».
Считалось, что местные розыскные органы не должны соприкасаться с перлюстрацией. На практике это правило сплошь и рядом нарушалось. В Москве старший цензор помещал выписки в конверт с надписью: «Анненкову» — и опускал в ящик градоначальства. Письма с этой фамилией-кодом попадали в охранное отделение. В других городах жандармские офицеры доплачивали почтовым чиновникам из агентурных сумм и регулярно получали доступ к частной переписке.
Перлюстраторы признавались, что «не стесняются никакими лицами, как бы оно ни было высоко поставлено и как бы оно ни было близко к особе его величества». Только два человека в империи — царь и министр внутренних дел — могли быть уверены в том, что их переписка скрыта от любопытных глаз. Парадоксально, что перехватывались письма товарищей министра, заведовавших полицией, и директоров Департамента полиции. Командир корпуса жандармов П.Г. Курлов с сарказмом писал старшему цензору Фомину, что он вынужден, «если письма его подвергаются перлюстрации, просить распоряжения вашего превосходительства о том, чтобы они не носили явных признаков вскрытия».
Уходя в отставку, министры внутренних дел уничтожали доказательства слежки за коллегами и подчиненными. Тайна раскрывалась в том случае, если министров настигала внезапная смерть в результате покушения террористов. Когда директор Департамента полиции А.А. Лопухин вошел в кабинет только что убитого Плеве, он обнаружил пакет своих собственных писем. Большинство их было перлюстрировано, но имелось и два оригинала, которые так и не дошли до адресата. Лопухин предположил, что Плеве задержал эти письма, «по всей вероятности, потому, что в них я, как потом оказалось, безошибочно и в отношении сущности и характера, и в отношении срока доказывал близость революции и неизбежность свержения самодержавия».