Азеф великолепно чувствовал эти колебания и не боялся, что его схватят внезапно, без предупреждения. 24 декабря 1908 г. (5 января 1909 г.) к нему домой пришли уполномоченные партии и дали срок до утра для чистосердечного признания. Ночью Азеф выскользнул из дома и уехал первым поездом. Сразу после его бегства ЦК известил членов партии, что Азеф объявляется провокатором.
Разоблачение Азефа нанесло сильнейший удар по престижу партии эсеров. Его удачный побег породил недоуменные вопросы. Рядовые эсеры высказывали мнение, что бегство Азефа подстроено его сообщниками в партийном руководстве. В сношениях с полицией заподозрили даже идейного вождя партии В.М. Чернова.
Вслед за эсеровским извещением последовало официальное правительственное сообщение и разбирательство в III Государственной думе. Фракции социал-демократов и кадетов подготовили запрос об Азефе. Согласно правилам, после одобрения запроса большинством депутатов правительство имело целый месяц для подготовки ответа. Однако П.А. Столыпин счел нужным вмешаться еще до начала голосования и выступил в Государственной думе 11 февраля 1909 г. Откровенно изложив все перипетии биографии Азефа, Столыпин подчеркнул, что не сомневается в его верной службе. Он иронически заметил, что если один из главарей революции оказался сотрудником полиции, то это весьма печальное явление, но никак не для правительства, а для революционной партии. Министр подытожил свою речь: «…покуда существует революционный террор, должен существовать и полицейский розыск».
Оппозиция хорошо подготовила своих ораторов. Трудовик В. Булат получил из рук эсеровских лидеров письмо Азефа к Борису Савинкову. С думской трибуны были зачитаны» строки, в которых руководитель Боевой организации откровенно говорил о своем участии в политических убийствах. На это возражали, что в общении с революционерами Азеф был заинтересован в том, чтобы преувеличить свою роль в терроре.
Правоцентристское большинство Думы признало разъяснение правительства вполне удовлетворительным и проголосовало против запроса. Октябристский «Голос Москвы» констатировал: «Все здание грандиозных и сенсационных обвинений, рассчитанных на европейский скандал, было построено на песке». Вместе с тем правая пресса указывала на неэффективность политического розыска. Черносотенцы в свойственном им резком стиле писали: «Кого надо было революции укокошить, тех всех она укокошила, так что и понять нельзя, за каким рожном потрачена уйма денег на содержание Азефа…»
Время от времени в газетах появлялись «самые достоверные» сообщения о том, что Азеф скрывается в Сан-Франциско или что его видели в Японии. На самом деле Азеф, сбежав из Парижа, совершил длительный вояж по Средиземноморью и наконец осел на постоянное жительство в Берлине. После разоблачения он лишился всего: положения в обществе, репутации революционера, секретной службы в полиции. Он потерял семью, потому что его жена, фанатичка-революционерка Любовь Менкина, отреклась от него, узнав неприглядную правду.
С другой стороны, не в характере Азефа было смириться с судьбой изгоя. Он энергично принялся устраивать свои дела. Деньги из кассы Боевой организации были пущены в оборот; бывший социалист-революционер играл на бирже, потом завел ремесленную мастерскую. Азеф не афишировал себя, но и не собирался отказываться от радостей жизни. Он ездил на курорты и ловил фортуну за карточным столом. Ему сопутствовала бывшая шансонетка, давняя подруга Азефа еще по Петербургу.
Еще один штрих в психологический портрет Азефа внесла его борьба за восстановление своей репутации. Он писал жене, что живет только ею и детьми и только их носит в своем сердце: «В глазах всего мира я какой-то изверг, вероятно, человек холодный и действующий только с расчетом. На самом же деле, мне кажется, нет более мягких людей, чем я. Я не могу видеть или читать людское несчастье — у меня навертываются слезы, когда читаю, в театре или на лице вижу страдания». Азеф с пафосом вопрошал: можно ли обвинить его в том, что он послал на виселицу хотя бы одного человека? Как раз в это время был опубликован «Рассказ о семи повешенных», Леонида Андреева об одной из террористических групп, выданных Азефом.
«Да, я совершил непростительную ошибку, — размышлял Азеф в другом письме, — и, собственно, я мог давно снять с себя это позорное пятно, если бы в известное время пришел к товарищам и сказал: вот то-то есть — я загладил моей работой такой-то и такой-то, судите меня». В 1912 г. он решил исправить эту ошибку, согласившись встретиться со своим разоблачителем Владимиром Бурцевым во Франкфурте-на-Майне. Азеф попросил устроить над ним суд из старых товарищей и, если этот суд вынесет смертный приговор, обещал сам привести его в исполнение в течение 24 часов.