В этот период были организованы и стали функционировать секции спортивной гимнастики, стрельбы, спортивных игр, самбо, легкой атлетики, шахмат и шашек, а также секция для охотников и рыболовов. Спортсмены коллектива физической культуры ВШ МГБ СССР принимали активное участие в различных соревнованиях, проводимых в системе общества «Динамо». Так, например, за успешную подготовку значкистов комплекса ГТО, спортсменов-разрядников спортивный коллектив Высшей школы в 1950-х гг. был награжден переходящим Красным знаменем и грамотой.
Новый толчок развитию системы физической подготовки в Высшей школе, в частности, явился выход в свет «Наставления по физической подготовке СА и ВМС». В соответствии с его требованиями все военнослужащие в процессе обучения должны были овладеть одним из основных способов плавания, прыжками в воду, нырянием в глубину и длину, умением оказывать помощь в воде. Учебные занятия по рукопашному бою, преодолению полосы препятствий, силовой гимнастике рекомендовалось проводить комплексно.
В конце 1950-х гг. были введены занятия по физической подготовке с военнослужащими постоянного состава Высшей школы.
С начала 1960-х гг. на физическую подготовку со слушателями отводилось до четырёх часов в неделю. Практические занятия организовывались и проводились по следующим разделам подготовки: легкая атлетика, самбо (боевой раздел), гимнастика, лыжная подготовка, плавание, спортивные игры. На старших курсах они проводились в форме инструкторско-методических и преследовали цель привить выпускникам навыки самостоятельных тренировок по боевому разделу самбо. Только в 1960–1961 учебном году было подготовлено 14 спортсменов 3-го разряда, 2 спортсмена 2-го разряда, 1 мастер спорта СССР по самбо.
Команда Высшей школы в соревнованиях на первенство Центрального аппарата КГБ СССР в этот период занимала, как правило, первое место. В эти же годы провели значительную работу по подготовке «значкистов» комплекса ГТО, спортсменов-разрядников и инструкторов-общественников.
В связи с созданием в 1960-х гг. в Высшей школе факультета военной контрразведки и необходимостью максимально приблизить подготовку военных контрразведчиков к требованиям службы по надежному обеспечению безопасности Вооруженных Сил СССР в учебную программу были включены комплексные учения. Занятия проводились на базе 2-й гвардейской мотострелковой Таманской дивизии, началась воздушно-десантная подготовка первокурсников. В основу физической подготовки были положены требования к подготовке воздушно-десантных войск, изложенные в «НФП-1959». В дальнейшем (в середине 1960-х гг.) из-за отсутствия соответствующей материальной базы от парашютной подготовки пришлось отказаться.
Много позитивного внес в совершенствование военно-физической закалки слушателей Высшей школы ее начальник генерал-лейтенант П.Г. Гришин (1965–1970 гг.). Опираясь на опыт Великой Отечественной войны и опыт подготовки слушателей в высших военных учебных заведениях страны, он способствовал внедрению в учебную практику таких занятий, которые помогали чекистам успешно действовать в экстремальных ситуациях.
Повысился уровень морально-психологической закалки слушателей, особенно когда совместно с кафедрой оперативно-тактической подготовки (конец 1960-х гг.) стали проводиться лагерные сборы, учения. Некоторые элементы подготовки стали отрабатываться совместно с другими кафедрами на полигонах Советской армии. Слушатели осваивали преодоление огненно-штурмовой полосы, выполняли приемы рукопашного боя, совершали марш-броски с полной выкладкой, метание гранат и пр.
В этот же период проводились педагогические эксперименты по комплексному обучению слушателей различным разделам физической подготовки.
Активно продолжалась работа по подготовке значкистов комплекса ГТО, спортсменов-разрядников, сборных команд Высшей школы.
С середины 1960-х гг. развитие физической культуры и спорта в стране стало приобретать всё более плановый и организованный характер. Основные положения государственной политики в этой области были определены в постановлении ЦК КПСС и Правительства СССР от 11 августа 1966 г. «О мерах по дальнейшему развитию физической культуры и спорта». Начался процесс формирования научных школ в сфере физической культуры и спорта, в том числе включающих вопросы воинского воспитания. Приказом министра обороны СССР от 20 июля 1966 г. в действие вводится «НФП-1966». Оно определяет систему физической подготовки и спорта в Вооруженных Силах и дублируется в КГБ при СМ СССР.