В период подготовки и проведения реорганизации органов госбезопасности 1922 г. сложная оперативная обстановка сложилась на транспорте. Даже самые радикальные меры в условиях глубочайшей разрухи, выхода из строя половины подвижного состава и нехватки топлива не в состоянии были обеспечить нормальную его работу. Небывалые метели, прошедшие зимой1920–1922 гг., снежные заносы окончательно парализовали его работу.
Способствовали крушению транспорта и многочисленные пожары конца 1921–начала 1922 г. Так, в ночь с 11-го на 12 ноября 1921 г. произошел большой пожар в Омских главных мастерских, который до основания уничтожил механический, котельный, паровозо-сборный цеха и силовую станцию. Для ликвидации катастрофического положения в январе 1922 г. в Сибирь был направлен уполномоченный ВЦИК, СТО и НКПС, председатель ВЧК Ф.Э. Дзержинский. На сибирских железных дорогах было введено военное положение, на помощь транспорту мобилизованы силы местных партийных, советских и хозяйственных органов. Бывший начальник следственного отдела ПП ВЧК по Сибири В. Чайванов вспоминал: «Прибыв в г. Омск, Феликс Эдмундович привлек к этому делу… много чекистов… То были дни героического труда сибиряков. Вместе с населением работали и чекисты, показывая пример самоотверженности и революционного энтузиазма».
Нашел время Ф.Э. Дзержинский и для того, чтобы вникнуть в работу чрезвычайных комиссий Сибири. Сразу же по приезду в Омск он сообщил в ВЧК: «Состав сотрудников ТЧК чрезвычайно слабый — полупартизанский, большой процент больных тифом». В отчете о работе своей экспедиции он указывал: «Срочность работы по вывозу продуктов, массовое хищение грузов и топлива, отдельные контрреволюционные попытки разрушить транспорт поставили перед экспедицией вопрос о необходимости в срочном порядке усилить деятельность сибирских ТЧК. Для этого, прежде всего, был усилен личный состав ТЧК. Прибывшие из Европейской России работники направлены на наиболее важные линии, участки» …
В эти годы в Омске существовало также районное отделение водной транспортной ЧК на реке Иртыше (РОВТЧК), преобразованное в линейную водную ТЧК (ЛВТЧК). Оно обслуживало органы управления водным транспортом, Омский, Павлодарский и Семипалатинский участки, многочисленные пристани и затоны на Иртыше, специализированное учебное заведение — Омскую профтехническую школу водников, а также прилегающие к Иртышу населенные пункты, вело наблюдение за имеющимися в непосредственной близости к реке военными частями, охраной важных объектов. ЛВТЧК вела общечекистскую работу по информированию центра и местных партийных и советских органов, ее сотрудники следили за аварийной безопасностью судов в затонах, состоянием средств пожаротушения и материальной части плавсредств и т. д.
Докладывало руководство водной ЧК и о трудностях, очень характерных для работы всех чекистских аппаратов того времени: «Комиссары затонов не имеют теплой одежды, некоторые совсем раздеты и не могут выполнять своей работы ввиду наступивших морозов. Некоторые сотрудники не посещают занятия за неимением одежды, нет канцелярских принадлежностей: бумаги, лент, перьев. Запрошено неоднократно СибОКТЧК о получении аванса, но ответ таков, что денег в СибОКТЧК нет. По получении из Москвы аванс будет выдан и нам».
В 1922 г. в ходе общей реорганизации органов госбезопасности водный и железнодорожный аппараты были вновь объединены, и на их базе создано Омское линейное отделение Сибирского окружного транспортного отдела ГПУ (ЛООКТОГПУ). В основном оно осуществляло задачи, уже сформировавшиеся в деятельности чекистских аппаратов на транспорте. Так, в мае 1922 г. ЛООКТОГПУ сообщало об уличении командира парохода «Европа» и двух его помощников в соучастии в хищении 23 мешков пшеницы — на одной из пристаней матросами был взломан замок на дверях склада. Часть виновных были задержаны, похищенное обнаружено на пристани Усть-Каменогорска, были установлены личности скрывшихся. В июле 1922 г. отделением были выявлены рабочие — инициаторы забастовки в депо станции Омск.
Продолжалась оперативная работа и в отношении бандформирований. Так, в мае 1922 г. ЛООКТОГПУ в Славгородском уезде были внедрены в повстанческую группу секретные сотрудники. В июле на стыке Семипалатинской, Омской и Новониколаевской губерний была обнаружена банда под руководством Славченко численностью до 200 штыков. «Для ликвидации Славгородским начальником гарнизона, — сообщали чекисты-транспортники, — выслан эскадрон кавалерии. С нашей стороны выслан разведчик, который в случае появления банды должен выявить таковую».