Традиционно активную разведывательную деятельность вела в Сибири и японская разведка. В общей сводке по Сибири ПП ГПУ отмечало в 1922 г., что в связи с выводом своих оккупационных войск из Приморья Япония усиливает разведывательные органы в полосе отчуждения Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД), увеличивает штаты военных миссий, организует шпионские базы под видом пушнинных и других коммерческих фирм, которые, в свою очередь, создают на русском Дальнем Востоке и в Сибири свои отделения. Большинство японских коммерческих фирм действовало себе в убыток. Кроме того, японские разведывательные органы в массовом количестве посылали свою агентуру под видом перебежчиков и репатриантов из числа бывших белогвардейцев. Широкое распространение получили также подставы японской агентуры под видом коммунистов, желающих служить «революции и партии».
В марте 1923 г. Омский ГОГПУ предписывал своему уполномоченному по Тарскому уезду «обратить серьезное внимание на подозрительные торговые фирмы и отдельных представителей, прибывающих с востока. Вести разработку на проживающих в уезде китайских и корейских подданных, так как под их маской скрываются японцы, а также эти национальности определенно ведут шпионскую работу в пользу Японии». Во второй половине 1920-х гг. чекистскими органами Сибири были зафиксированы многочисленные случаи сбора разведсведений японскими дипломатами. Причем им удавалось получать не только устные сведения от официальных лиц, но и знакомиться с технической документацией. Так было, например, в случае с получением японскими разведчиками исчерпывающих сведений о построенном через Иртыш в районе Турксиба мосте.
В апреле 1928 г. ПП ОГПУ Сибирского края отмечало, что имеющиеся данные КРО ОГПУ «свидетельствуют о значительной активности японской разведки. Редкое серьезное политико-экономическое событие в жизни Сибири остается без соответствующего внимания с ее стороны». Японский Генеральный штаб по-прежнему интересовали сведения о дислокации войск в Сибири, личном составе и вооружении, порядке проведения мобилизации, количестве паровозов, требующихся для перевозки войск, и т. д. Анализ полученных данных свидетельствовал об агентурном характере ряда сведений. Было установлено, что для сбора разведывательных данных японцы использовали китайцев и корейцев, проживающих в Сибири. Китайская торговля, как это было и до революции, обосновывалась в районе железной дороги, кроме того, различные военные части нередко заключали с китайцами договоры на поставку овощей, стирку белья и другие услуги. Местным чекистским аппаратам предлагалось взять на персональный учет всех японцев. На оперативный учет брались также бывшие белые офицеры, связанные с Маньчжурией, возвратившиеся в СССР служащие КВЖД, специалисты-востоковеды.
Особой страницей в летописи сибирских органов государственной безопасности стала разработка действовавших на территории СССР Союзов китайских и корейских рабочих и возникавших в их среде нелегальных «тайных братств».
Еще в первой половине 1920-х гг. руководство «Союза китайских рабочих», используя свои связи с Коминтерном (многие китайские лидеры участвовали в Гражданской войне на стороне красных), предпринимало неоднократные попытки формирования вооруженных отрядов, целью которых было ведение партизанской войны в Маньчжурии. В 1923 г. после ряда провокаций Коминтерн отказался от деятельности в этом направлении, руководство Китайского союза в Москве было арестовано органами ОГПУ. По сведениям органов госбезопасности эта работа, однако, не прекратилась. Так, ПП ОГПУ по Сибири сообщало окружным отделам в августе 1925 г., что бывшим председателем Союза китайских рабочих Ти Ши Шеном проводится военно-организационная работа в китайских колониях, для чего в Сибирь и Туркестан им направлены специальные агенты-вербовщики.
С конца 1926 г. задачу организации вооруженных отрядов поставил перед своими людьми и некий Пан Фун Мин, бывший хунхуз и командир красного китайского отряда в составе 5-й армии. В своей деятельности они использовали в качестве прикрытия еще действовавшие на местах Союзы китайских рабочих, китайские школы, профсоюзы, международные организации помощи борцам революции. После отказа Коминтерна санкционировать эту работу специфика китайских общин позволила перевести ее на нелегальные позиции. Связные действовали под видом торговцев наркотиками, деньги на вооружение отрядов приобретались из средств, вырученных от контрабандной торговли, игорных притонов. Советскими органами госбезопасности неоднократно отмечались связи китайцев с японскими разведывательными центрами.