С образованием в 1923 г. ОГПУ претерпели изменения и транспортные аппараты. Омскую железную дорогу обслуживал Дорожно-транспортный отдел (ДТО) ОГПУ с подчиненными ему отделениями (ОДТО) на станциях Тюмень, Купино, Ишим, Курган, Петропавловск и уполномоченными ОГПУ на водном транспорте. В Омске дислоцировался и окружной транспортный отдел ОГПУ Сибири и Дальнего Востока. В 1923–1925 гг. при нем существовала Сибирская школа по подготовке агентов ТООГПУ, готовившая оперативных сотрудников для работы на транспорте.
После окончания Гражданской войны тактика иностранных государств в части ведения подрывной деятельности против Советской России несколько изменилась. Не отказываясь на протяжении всех двадцатых годов от использования непосредственной военной угрозы, иностранные правительства через свои разведывательные службы усилили работу по агентурному проникновению в страну. Используя тот факт, что многочисленные белоэмигрантские организации были настроены на активную борьбу с советской властью, иностранные разведки нацелили их на осуществление диверсий, террористических актов на территории СССР, организацию военного, политического и экономического шпионажа, вербовку агентуры в государственных органах. Создание явок агентов-нелегалов шло в основном по пути использования ими родственных или дружеских связей. Исходя из этого, контрразведывательные отделения органов ГПУ — ОГПУ на местах осуществляли систему сложившихся в этом направлении мероприятий. В их число входили розыскные мероприятия, обыски гостиниц, общежитий, ночлежных домов, установка родственников и близких знакомых лиц, находившихся в эмиграции. Известно, например, что в 1927 г. Тарский окротдел ОГПУ осуществлял мероприятия по выявлению нелегалов по подложным документам среди эстонцев, латышей и поляков, живущих на территории округа.
В феврале 1925 г. тарскими чекистами был задержан бывший житель Муромцевского района Г., бежавший в Китай с колчаковцами и вновь появившийся дома с документами на другое имя.
Во второй половине 1920-х гг. в поле зрения сибирских чекистов попала германская организация «Аусланддойче», которая вела активную работу в местах компактного проживания лиц немецкой национальности. Кроме того, «Аусланддойче» вербовала корреспондентов «для немецких газет» из числа немцев-специалистов, причем было замечено, что гонорар этих газет «сплошь и рядом превышает обычную сумму вознаграждения за газетные статьи». Зарегистрированы были также случаи группировки корреспондентов вокруг отдельных лиц, выполняющих роль резидентов. В конце 1929 г. в Омском округе началось сильное эмиграционное движение немцев-меннонитов, за два месяца выехали более ста семей.
Омским окружным отделом ОГПУ были арестованы девять агитаторов-проповедников и приняты меры к пресечению выезда: прекращена выдача билетов на поезда, для проверки в поездах создавались летучие бригады, снимавшие выезжающих с поездов и водворявшие их к месту жительства.
В 1924–1928 годах КРО ОГПУ были получены сведения об усиливающейся разведывательной деятельности 2-го отдела польского Генерального штаба, отмечалось, что имеющиеся в СССР польские патриотические и религиозные организации превращаются в его ячейки. Значительное количество своей агентуры забрасывал на территорию СССР польский Генштаб и среди перебежчиков — лиц белорусской и польской национальностей, по разным причинам нелегально бежавших из Польши в СССР. В ноябре 1925 г. Полномочное представительство (ПП) ОГПУ по Сибири сообщало, что были зарегистрированы случаи, когда некоторые перебежчики, направленные сюда на жительство, посещают национальные секции местных партийных органов и «выпытывают фамилии партийных работников, заводят несомненно провокационные разговоры о посылке их на закордонную работу».
В июне 1928 г. ПП ОГПУ направило в окротделы письмо, в котором требовало «принять меры через соответствующие партийные и советские инстанции к недопущению возникновений на местах каких-либо организаций и замкнутых групп перебежчиков, не препятствуя, однако, им поступать на службу и заниматься трудом, не входящим в список запрещенных для перебежчиков производств и занятий».
В 1922–1925 годах объектами контрразведывательной деятельности Омского ГООГПУ являлись также расположенные в Омске различные иностранные представительства. Среди них были датское, эстонское и латвийское консульства, эстонская контрольно-оптационная комиссия в Сибири и т. д.