Восемь дней мощи пролежали в Успенском соборе, доступные всеобщему обозрению. Молебны, колокольный звон и ежедневная радость по поводу излечения нового хворого или инвалида в течение целой недели будоражили воображение народа разных чинов и званий. На царя поголовное преклонение перед Филиппом Колычевым произвело неизгладимое впечатление. Отныне замученный «прадедом» митрополит для него — патриарх, никак не меньше, о чем он нет-нет да и обмолвится устно или письменно. 17 (27) июля останки святого торжественно переложили в серебряную гробницу и установили у придела Дмитрия Салунского. Наступал черед главного политического события — избрания патриарха. И тут имелась одна загвоздка.
Первые пять патриархов — Иов в 1589 г., Игнатий в 1605 г., Гермоген в 1606 г., Филарет в 1619 г., Иоасаф в 1634 г. демократически или не очень избирались Священными соборами. Шестой же удостоился высокого сана иным порядком. Не вполне ясно, зачем И.Б. Черкасский упразднил традиционную так называемую выборную форму и ввел жребий. Почти полтора года духовного верховенства блюстителя патриаршего престола митрополита Крутицкого Серапиона (ноябрь 1640 — март 1642) свидетельствуют либо о серьезном межклановом соперничестве внутри архиерейства, либо об отсутствии предпочтительной для князя кандидатуры. В итоге возникло новое правило — жеребьевка «посредством получения 3 раз имени патриарха среди 40 или 50 духовных лиц», чьи прозвания «смешаны во многих закрытых записках или же запечены в хлебе». Хотя для Родеса оно — «обычное», реально применялось лишь раз — 20 (30) марта 1642 г. Не сорок и не пятьдесят, а шесть «жребиев», спрятанных в запеченном хлебе, разбили на две части, после чего вынули по одному из каждой, а затем из двух финалистов архиепископ Суздальский Серапион вытащил победителя — Иосифа, архимандрита Спасо-Симонова монастыря.
В 1652 г. предстояло выявлять патриарха аналогично. Кстати, на жеребьевке могли настаивать Ванифатьев с Нероновым, рассчитывая на промах «заклятого друга». Но до конца мая, когда Алексей Михайлович расставил все точки над «i» в вопросе о том, кто будет патриархом. А закон Черкасского, естественно, отменили. Новый «чин избрания» возродил прежнюю норму: собор выдвигает несколько персон, из которых потом утверждает угодную государю. Именно так 22 июля (1 августа) 1652 г. в Успенском соборе российское духовенство избрало Никона. В список внесли двенадцать претендентов — митрополитов Никона, Корнилия, архиепископов Маркела (Вологодского), Мисаила (Рязанского и Муромского), Макария (Псковского и Изборского), архимандритов Ферапонта (Изборский Чудов монастырь), Сильвестра (Московский Андрониев), Гсрмогена (Звенигородский Савво-Сторожевский), Стефана (Нижегородский Печерский), Иону (Ростовский Богоявленский), Иосифа (Суздальский Спасский), игумена Павла (Боровский Пафнутьев). «И от тех избранных в Соборней и Апостольстей церкви Успения пречистые Богородицы с молебным пением… великий государь… Алексей Михайлович… с… богомолцы своими с митрополиты и архиепископы и со всем освященным собором избраша в московское государство… на патриаршество Никона, митрополита Великого Новаграда и Великих Лук».