Царь Василий пытался остановить измену. Он предложил служилым людям либо оставаться в Москве и целовать крест в знак своей верности, либо честно оставить осажденный город и перейти в Тушино, но не бежать обманом. Многие изъявили желание умереть за царя, но уже на другой день некоторые из клявшихся быть верными Шуйскому отъехали в Тушино. Попытка сплотить служилое сословие оказалась неудачной. В то же время на стороне Шуйского активно выступал патриарх Гермоген, рассылавший по городам грамоты с призывами служить истинному царю и не уклоняться на вражескую прелесть. Пока Тушинский Вор стоял под Москвой, его войска грабили страну, совершая дальние походы на северо-восток. На сторону самозванца перешли или были взяты города Переславль, Ярославль, Кострома, Вологда, Владимир, Суздаль, Муром, Касимов, Арзамас и другие.
Василий Шуйский обратился за помощью к шведскому королю Карлу IX. В Новгород для переговоров со шведами был послан родственник царя – молодой князь Михаил Васильевич Скопин-Шуйский (сын князя Василия Федоровича, руководившего псковской обороной наряду с князем И. П. Шуйским), успевший к тому времени проявить себя как талантливый воевода. Ему удалось привлечь на русскую службу наемную армию в 15 тысяч шведов, немцев, шотландцев и других выходцев из Западной Европы и собрать в северных областях русское ополчение в 3 тысячи человек.
10 мая 1609 г. он двинулся из Новгорода «на очищение Московского государства». Но перед этим посланные Скопиным-Шуйским воеводы сумели отбить у тушинцев Вологду, Ярославль и некоторые другие северные города. В нескольких боях Скопин-Шуйский разбил главные силы Тушинского Вора. По пути следования Скопина-Шуйского к Москве его армия пополнялась отрядами из освобожденных городов. Тушинский гетман Ян Петр Сапега, опасаясь наступающего русского войска, снял осаду с Троице-Сергиевого монастыря, в жестоких боях и штурмах длившуюся почти четыре месяца.
12 марта 1610 г. князь М. В. Скопин-Шуйский вступил в Москву и был встречен ликующим народом. Но среди торжествующей толпы сердце одного человека наполнялось злобой и ненавистью. Это был князь Дмитрий Иванович Шуйский – брат царя и бесталанный воевода, проигравший множество сражений. Он обоснованно опасался молодого воеводы – в случае смерти бездетного царя Василия князь Дмитрий должен был занять трон, но огромная популярность Скопина-Шуйского внушала царскому брату опасение, что народ провозгласит его наследником, а затем и царем. Некоторые источники свидетельствуют, что и сам царь Василий опасался Скопина-Шуйского.
Подробно излагает дальнейшие трагические события «Писание о преставлении и погребении князя Скопина-Шуйского», согласно которому, на крестинах княжича Алексея Воротынского крестная мать – «злодеянница» княгиня Екатерина Шуйская (как уже говорилось выше, она была дочерью Малюты Скуратова) – поднесла своему куму – князю М. В. Скопину-Шуйскому – чашу с ядом. Молодой полководец проболел несколько дней и скончался 23 апреля 1610 г. С плачем и криками толпы народа проводили тело князя на погребение в царскую усыпальницу – Архангельский собор. Царя, и прежде не пользовавшегося особой любовью, со смертью Скопина-Шуйского стали ненавидеть как виновника его гибели.
Тушинский стан со смертью Скопина-Шуйского ободрился. Но Лжедмитрий II, как и Василий Шуйский, чувствовал себя неуютно в своей «столице». В сентябре 1609 г. король Сигизмунд III объявил войну России, заключившей союз с его злейшим врагом и племянником – шведским королем Карлом IX, лишившим Сигизмунда шведского трона. 1 октября король появился под стенами Смоленска, и началась героическая оборона этого города, которую возглавлял боярин Михаил Борисович Шеин.
Постепенно среди поляков, окружавших самозванца, возник план: передать его в руки короля, а самим выступить на стороне Сигизмунда III и добыть ему или его сыну Владиславу московскую корону. Поляки и некоторые русские тушинцы вступили в переговоры с королем. Самозванец подвергся домашнему аресту, но сумел бежать из Тушина в Калугу, где вновь привлек к себе множество сторонников – казаков, русских и часть поляков – и повел войну уже с двумя государями: царем Василием и королем Сигизмундом. Тушинский стан опустел, сторонники короля уехали к нему под Смоленск, а сторонники самозванца – в Калугу.