Удивительно, но с началом выпуска Ла-5 не было прекращено производство и модернизация ЛаГГов на заводе № 31 в Тбилиси. В первую очередь это являлось заслугой работавшего там В. Горбунова. При его активном участии в конструкцию был внесен ряд усовершенствований, взлетный вес ЛаГГ-3 последней – 66-й серии снизился до 2990 килограммов, на самолет установили форсированный двигатель М-105ПФ. Летные данные истребителя существенно улучшились, максимальная скорость достигла отметки 590 км/ч, скорость у земли 542 км/ч, а скороподъемность – 893 м/мин. Однако для противостояния современным самолетам противника в 1943 году даже этого было уже недостаточно. К тому же ЛаГГ имел только две огневых точки – пушку ШВАК и один пулемет БС.
Тем не менее последние 229 самолетов ЛаГГ-3 поступили в строевые части уже в 1944 году. В общей сложности до момента снятия с производства было выпущено около 6,5 тысячи ЛаГГов.
Тем временем продолжалось совершенствование Ла-5, в том числе стараниями моторостроителей. В начале 1943 года начались испытания истребителя с двигателем М-82НВ, на котором карбюратор сменила система непосредственного впрыска. Кроме этого, улучшили охлаждение цилиндров, усилили поршневую группу и внесли ряд иных изменений, в результате которых удалось не только за счет избавления от карбюратора повысить надежность и экономичность двигателя, но при незначительном увеличении массы поднять мощность на 150 л.с.
Кроме того, внесли ряд изменений в выхлопную систему, а также изменили размер и форму воздухозаборника, что стало внешним отличием новой модификации.
2 апреля 1943 года приказом НКАП заводу № 21 предписывалось начать выпуск Ла-5 с мотором М-82 ФНВ, позже получившим наименование М-82ФН.
Хотя спешка в освоении новой машины привела к появлению ряда проблем, связанных с технологическими дефектами– в том числе, Лавочкину пришлось столкнуться и с дефектами покрытия полотняной обшивки, которые особенно болезненно сказались на истребителях Яковлева, но отразились и на самолетах иных типов.
Приходилось порой Лавочкину и бороться за характеристики своего самолета. В 1943 году был поднят вопрос о повышении дальности истребителей, однако помня опыт развития ЛаГГа, Лавочкин отказался жертвовать ради этого другими показателями, сумев доказать свою правоту лично Сталину.
Тем не менее после устранения всех недочетов Ла-5ФН стал одним из первых истребителей, на которых советские летчики уже во второй половине 1943 года могли на равных вести бой с люфтваффе, в диапазоне высот до 3000 м, как правило, не уступая, а порой и превосходя по своим данным немецкие истребители. Скорость превысила отметку 640 км/ч, у земли 590 км/ч, скороподъёмность равнялась 1060 м/мин.
Тем временем в КБ не прекращалась работа по дальнейшему развитию машины.
С апреля по август 1943 года проходил испытания Ла-5, на котором был установлен двигатель М-71. Результаты оказались хуже ожидаемых, самолет развил скорость 612 км/ч у земли и 685 км/ч на высоте. На основании последующих испытаний в аэродинамической трубе был сделан вывод, что на низкие показатели повлияло неудовлетворительное качество изготовления машины, и самолет, соответствующий техническим требованиям, может достичь скорости 720–725 км/ч. Однако признание мотора М-71 неперспективным привело и к прекращению работ над Ла-5 М-71.
В 1943–1944 годах проходил испытания и высотный истребитель Ла-5 ТК-3, оснащенный турбокомпрессорами. Самолет достиг потолка 12 500 метров, однако полеты сопровождались перегревом мотора и сбоями в работе компрессоров, возможность серийного выпуска не рассматривалась.
И все же с появлением Ла-5ФН говорить о достижении превосходства в боевых характеристиках над самолетами люфтваффе было еще рано. Проведенные в феврале 1943 года исследования Ла-5 в аэродинамической трубе ЦАГИ показали, что его характеристики могут быть существенно улучшены за счет снижения аэродинамического сопротивления и улучшения герметизации внутреннего объема фюзеляжа.
Последующие испытания в аэродинамической трубе Ла-5 с герметизированным капотом мотора, измененным расположением тоннеля маслорадиатора и воздухозаборника, полностью закрытыми нишами шасси, в сочетании с рядом других доработок, дали основания рассчитывать на увеличение скорости на 35–45 км/ч, кроме того, улучшилось и охлаждение двигателя.
Дельта-древесину к этому времени в конструкции заменила сосна и береза, но в то же время благодаря сокращению дефицита алюминия благодаря поставкам по ленд-лизу появилась возможность существенно облегчить конструкцию благодаря установке металлических лонжеронов крыла и центроплана (что было со временем внедрено и в производстве Ла-5ФН).
С 14 декабря 1943 по 10 февраля 1944 года усовершенствованный самолет под обозначением продувок Ла-5 «206» прошел летные испытания. Результаты испытаний признали успешными и было принято решение строить второй прототип.