Но, все же, до дня своей ликвидации, ведущей оставалась Военно-следственная комиссия ВРК. В исторической литературе эта комиссия зачастую отождествляется с так называемой «75-й комнатой Смольного», где располагался «Комитет по борьбе с погромами». Об этой структуре много раз упоминал в своих мемуарах бывший непосредственный ее руководитель — управляющий делами Совнаркома В. Д. Бонч-Бруевич. Несколько преувеличивая значение Комитета, он позиционировал данный временный орган в качестве главного по борьбе с контрреволюцией до образования 7 (20) декабря 1917 г. Всероссийской чрезвычайной комиссии. А погромы этот высокопоставленный государственный чиновник совершенно справедливо рассматривал как одно из возможных проявлений контрреволюционной активности. Про Военно-следственную комиссию ВРК В. Бонч-Бруевич по ряду причин, на которых я остановлюсь ниже, старался не упоминать.
С самого начала функционирования ВСК в ней трудились активные члены РСДРП(б) с многолетним стажем: М. Ю. Козловский, П. А. Красиков, П. И. Стучка, Я. С. Шейкман. Первые трое, кстати говоря, имели высшее юридическое образование. В ряде расследований ВСК принимали участие член РСДРП с 1898 г. М. С. Урицкий, прослушавший курс юридического факультета университета в Киеве, а также А. И. Тарасов-Родионов, получивший диплом юриста в Казанском университете и окончивший уже в ходе Первой мировой войны военное училище, член большевистской партии с 1905 г.. Первоначально председателем Военно-следственной комиссии утвердили Я. Шейкмана. Но уже через несколько дней, из-за отъезда его на работу в другой регион России, этот пост занял П. И. Стучка. Общее руководство работой ВСК, и это важно подчеркнуть, осуществлял один из основных руководителей Военно-революционного комитета и военно-революционного центра большевистской партии, глава ее секретариата, а с ноября 1917 г. еще и председатель Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета — Я. М. Свердлов.
Если не учитывать количество солдат и матросов, привлекавшихся к проведению обысков и арестов, то, исходя из содержания некоторых опубликованных документов ВРК, можно утверждать, что общее количество сотрудников ВСК не превышало два десятка человек. И это при том, что уже к середине ноября комиссия расследовала дела о контрреволюционных проявлениях не только в Петрограде, но и ранее возникшие в ряде губерний России.
При указанном объеме работы, явно не соответствовавшем количеству личного состава, имели место проблемы, возникавшие время от времени в связи с некоторыми проведенными ВСК арестами, обысками и закрытием ряда газет. На якобы непродуманные действия членов ВСК не раз указывали ответственные сотрудники ВРК и многократно протестовали представители партии левых социалистов-революционеров в этом органе. Нечего уже и говорить о реакции наркома юстиции, левого эсера И. З. Штейнберга.
В этих условиях руководство Военно-следственной комиссии предпринимало попытки получить некоторую самостоятельность от ВРК. Так, 18 ноября 1917 г. из аппарата ВСК в Военно-революционный комитет поступил запрос на выдачу дубликата печати этого органа, чтобы иметь возможность выдавать предписания на осуществление тех или иных следственных действий. На следующий день работники комиссии добились включения в повестку вечернего заседания ВРК пункта о праве Военно-следственной комиссии производить аресты самостоятельно. На состоявшемся заседании, уяснив, что далеко не все члены ВРК их поддерживают, представители ВСК предложили компромисс: обыски и ночные аресты — с санкции ВРК, а аресты днем — без всякого уведомления вышестоящей инстанции. Однако даже такой вариант не прошел. Члены ВРК, справедливо рассматривая Военно-следственную комиссию лишь в качестве структурного подразделения, поступили достаточно решительно и постановили вообще снять вопрос с рассмотрения.