Две другие Шуры были подотчетны Кандагарской Шуре. Во-первых, совет министров, или Кабульская Шура. Во-вторых, военный совет, или Военная Шура. Из 17 членов Кабульской Шуры в 1998 году минимум восемь были пуштуны-дуррани, трое — гильзаи и всего двое не были пуштунами (см. Приложение 2). Кабульская Шура занимается повседневными вопросами управления городом и кабульским фронтом, но самые важные вопросы передаются на рассмотрение Кандагарской Шуры, которая и принимает решение. Даже мелкие решения Кабульской Шуры и ее руководителя, муллы Мохаммада Раббани, например, выдача пропусков для журналистов или новые ооновские проекты помощи, часто отменяются Кандагарской Шурой. Вскоре Кабульская Шура, номинально считавшаяся правительством Афганистана, не могла ничего решить без долгих консультаций с Кандагаром, что затягивало процесс до бесконечности.
Представители Талибана в Кабуле, Герате, а позднее и в Мазари-Шарифе, ни в одном из которых пуштуны не имели большинства, губернатор, мэр, начальник полиции и другие старшие чиновники — всегда были кандагарскими пуштунами, не говорившими на дари, местном
Несмотря на это, объем полномочий губернаторов при талибах существенно сократился. Из-за скудности провинциального бюджета они не были способны осуществлять значительные экономические проекты или помогать беженцам, возвращавшимся из Ирана и Пакистана, что еще значительнее уменьшало их роль в политике и в обществе. Мулла Омар также держал их под контролем и не позволял им укореняться. Он постоянно менял их и посылал на войну в качестве командующих.
После поражения в Мазари-Шарифе в 1997 году командиры-гильзаи начали роптать на то, что с ними не советуются при принятии военных или политических решений, хотя большую часть бойцов дают именно гильзаи. В Мазари-Шариф талибы потеряли около 3000 своих лучших воинов, 3600 были взятье в плен, а десять человек из высшего руководства убиты или захвачены. Поэтому талибы были вынуждены вербовать новых рекрутов из гильзаев Восточного Афганистана, но при этом талибы не были готовы поделиться с ними властью или включить их в состав Кандагарской Шуры. А гильзаи все меньше хотели быть пушечным мясом и сопротивлялись набору.
Военная структура Талибана окутана еще большей секретностью. Главой вооруженных сил является Мулла Омар, хотя его роль и положение ясно не обозначены. Ему подчиняются начальник генерального штаба и начальники штабов армии и ВВС. Существует как минимум четыре дивизии и танковый дивизион в Кабуле. Однако нет никакой ясной воинской организации с иерархией офицеров и командиров, а командиры частей постоянно меняются местами. Например, командование экспедиционного корпуса Талибана в Кундузе — единственное соединение, оставшееся на севере после разгрома 1997 года, — сменялось не менее трех раз за три месяца, а больше половины состава корпуса было отозвано, переброшено в Герат и заменено на менее опытных пакистанских и афганских бойцов. Военная Шура — рыхлый орган, отвечающий за планирование и принимающий тактические решения, но лишенный, по всей видимости, права принимать стратегические решения. Вопросы военной стратегии, основные кадровые назначения и распределение ресурсов для наступления — все это решает Омар.
Кроме всеобщей воинской повинности, введенной Талибаном, отдельные командиры из некоторых районов, заселенных пуштунами, лично отвечают за вербовку людей, выплату им жалования и обеспечение их всем необходимым. Необходимые для этого деньги, горючее, продовольствие, транспорт, оружие и боеприпасы они получают у Военной Шуры. Состав частей постоянно обновляется, поскольку одни члены семьи сменяют других, давая им возможность уезжать домой в длительные отпуска. Регулярная армия талибов никогда не превосходила 25–30 тысяч человек, хотя это число могло быть быстро увеличено перед очередным наступлением. В то же самое время студенты пакистанских