В ночь на 26 января 1859 года в здании возник пожар, после которого остались лишь каменные стены, сводчатые перекрытия коридоров и лестницы. По указу Александра II, театр был восстановлен архитектором А. К. Кавосом и 2 октября 1860 года в Петербурге, вместо театра-цирка, постановкой оперы М. И. Глинки «Жизнь за царя» открылся новый Мариинский оперный театр, названный так в честь жены российского императора.
Мариинский театр, построенный «по всем правилам оптики и акустики», являлся, по отзыву дирекции Императорских театров, «сооружением с наилучшими условиями резонанса. Его стены обили очень тонкими досками, а потолок отражал звук без утраты».
Здание Мариинского театра не без оснований претендовало на право считаться одним из лучших театров Европы. Оно сочетало в себе роскошное убранство зрительного зала с новейшим техническим оборудованием сцены. Партер и пять ярусов вмещали 1600 кресел. Белые ложи украшала золоченая лепнина. Бархатная обивка и тяжелый шелк портьер были голубого цвета. Рисунок занавеса представлял античный храм со статуей Аполлона в центре, окруженный увитой розами и поддерживаемой амурами рамкой. Голубизну занавеса контрастно оттенял малиновый бархат свисавших по бокам драпировок. Перед началом спектакля зал сверкал огнями большой хрустальной люстры. Устройство сцены предусматривали нужды балетных спектаклей. Покато сбегавший к рампе планшет из крепкого эластичного дерева был вполне удобен для танца. При этом в нем смонтировали приспособление для продвижения по сцене изображений плывущих лодок, лебедей и двигающихся колесниц. Из специальных реек монтировались экзотические сады и сказочные леса. В люки сцены могли проваливаться или из них возникать фантастические персонажи балетных сказок. На колосниках располагалась сложная система подвесных люлек для полетов через сцену кордебалетных сильфид. Из глубины сцены по ходу театрального действа мог взметнуться мощный цветной фонтан, подсвеченный осветительными приборами.
Правда, своим местоположением Мариинский театр похвастаться не мог. Его тылы были плотно прижаты к набережной Крюкова канала.
На сцене Мариинского театра ставились произведения выдающихся русских композиторов М. И. Глинки, М. П. Мусоргского, Н. А. Римского-Корсакова, П. И. Чайковского и др. В 1900-х годах в театре выдвинулась блестящая плеяда оперных артистов, мастеров русской реалистической вокальной школы, таких как Ф. И. Шаляпин, И. В. Ершов. На его подмостках танцевали замечательные артисты – А. П. Павлова, Т. П. Карсавина, М. Ф. Кшесинская, В. Ф. Нижинский и иные талантливые представители русской балетной школы.
В 1920 году бывший Императорский Мариинский театр был переименован в Государственный академический театр оперы и балета, в 1935 году ему было присвоено имя С. М. Кирова.
В годы Великой Отечественной войны вражеские бомбы и снаряды нанесли театру серьезный ущерб. 19 сентября 1941 года в правое крыло здания попал фугас, в результате обрушилась кирпичная кладка стен и сводов, сильно пострадали сцена, зрительный зал, сместился в сторону тяжелый противопожарный занавес.
Враг еще стоял под стенами Ленинграда, когда голодной зимой 1942 года специалисты принялись составлять проекты сметы ремонтно-восстановительных работ этого старейшего театра. Летом 1943 года военные строители пришли на объект «Театр им. С. М. Кирова». К концу года их усилиями были восстановлены стены, перекрытия и кровля здания. Затем группа воспитанников недавно созданного в блокадном городе архитектурно-художественного училища начала реставрацию золоченого декора и живописного плафона зрительного зала. К осени 1944 года здание театра было полностью восстановлено, и 1 сентября, по традиции оперой М. И. Глинки «Иван Сусанин», в городе был вновь открыт театральный сезон.
Кстати, в тяжелые дни войны и блокады для нужд фронта работали не только крупные промышленные заводы Ленинграда, но и предприятия легкой, пищевой промышленности, промкомбинаты, артели, институты и даже учреждения культуры. Подчас для этого изыскивались самые неожиданные возможности. Декоративные мастерские Кировского театра изготовляли и отправляли на фронт бутафорские пушки, танки и самолеты, с успехом использовавшиеся для обмана противника, который безуспешно тратил боеприпасы на уничтожение мнимых артиллерийских и танковых позиций, а также ложных полевых аэродромов и авиационных баз.