Мейерхольд, безусловно, почувствовал наметившуюся трещину в отношении к нему со стороны Комиссаржевской и оппозиционной группы актеров во главе с Ф.Ф. Комиссаржевским и К.В. Бравичем, но со свойственным ему упрямством продолжал своевольничать и проводить на сцене свои смелые эксперименты. 11 ноября 1907 г. происходит официальный разрыв Комиссаржевской с Мейерхольдом. На художественном совете было зачитано письмо Веры Федоровны, в котором она предлагала главному режиссеру уйти из театра, так как их пути в искусстве различны. В записной книжке Мейерхольда по этому поводу одна фраза, полная горечи и обиды на форму отказа: «Мотивы отказа ложны, но их надо было придумать, чтобы вызвать разрыв, а он был неизбежен».
Тем не менее Мейерхольд считал свое увольнение среди сезона юридически неправильным. Он вызвал Комиссаржевскую в суд чести, обвиняя ее в хамском отношении к нему и в нарушении принятых этических правил. Комиссаржевская держалась на суде достойно, со всем своим артистическим блеском. Она признала достоинства Мейерхольда и его заслуги, но убедительно доказала всем, что деятельность главного режиссера была разорительна для труппы и гибельна для театра. Вера Федоровна напомнила суду о том, насколько упал интерес зрителей к театру в тот период, когда в нем работал Мейерхольд. Как следствие этого, в театре резко уменьшились кассовые сборы от продажи билетов. Суд чести полностью согласился с доводами актрисы и признал, что дальнейшее руководство режиссурой в лице Мейерхольда поставит под угрозу существование как самого театра, так и материальное положение его актеров.
В итоге суд посчитал заявление В.Э. Мейерхольда необоснованным, полагая при этом, что форма его увольнения из театра ни в коей мере не являлась для него оскорбительной. Решение же о его увольнении, по мнению суда, администрация была обязана принять незамедлительно, дабы спасти театр и его труппу от полного и неизбежного разорения. После отставки Мейерхольда Вера Федоровна с частью своей труппы была вынуждена отправиться на заработки и гастролировать по городам и весям России. Театр на Офицерской она оставила на попечение своего брата – Федора Федоровича Комиссаржевского, режиссером же был приглашен инициатор создания в Петербурге «Старинного театра» – Николай Николаевич Евреинов, серьезная режиссерская деятельность которого, в сущности, началась в театре В.Ф. Комиссаржевской. Здесь он поставил «Франческу да Римини» Габриэле Аннунцио, «Саломею» Оскара Уайльда, запрещенную цензурой после генеральной репетиции; «Ваньку-ключника и пажа Жеана» Федора Сологуба.
В 1909 г. Ф.Ф. Комиссаржевский организовал на базе театра Веры Федоровны совместно с Н.Н. Евреиным «Веселый театр для пожилых детей», который давал представления на пасхальной неделе. На его сцене Евреинов поставил свою пьесу «Веселая смерть».
В театр приходили письма от В.Ф. Комиссаржевской. Гастроли труппы проходили успешно. Из Баку артисты на пароходе перебрались в Среднюю Азию.
Играли в Ашхабаде, Самарканде, Ташкенте – городах, где еще никогда не гастролировали театральные коллективы со столь знаменитыми драматическими артистами.
12 февраля 1910 г. в Российское театральное общество поступила телеграмма из Ташкента со скорбным сообщением о тяжелой болезни и смерти Веры Федоровны Комиссаржевской.
Тяжелая форма черной оспы развивалась стремительно. На фоне высокой температуры лицо, шея, туловище, руки актрисы покрылись сплошной язвой. Болезнь осложнилась острой почечной и сердечной недостаточностью. Комиссаржевская терпеливо переносила боли. За три дня до смерти во сне видела Чехова и, радуясь, говорила окружающим: «Хорошее предзнаменование».
10 февраля 1910 г. великая русская актриса скончалась. Гроб с ее телом отправили в Петербург.
Похороны вылились во всенародную демонстрацию. Над ее могилой в Алексадро-Невской Лавре выступили с прощальным словом друзья, студенты, писатели, актеры и общественные деятели.
Актер В.Н. Давыдов в прощальном слове сказал: «Поднимите глаза, оглянитесь вокруг, загляните в газетные листы, она соединила театральный мир со всеми. Наука и искусство, литература и рабочие – все пришли проститься с нею…»
В конце 1911 г. журнал «Театр и искусство» сообщил петербуржцам: «Говорят об открытии нового грандиозного увеселительного заведения по образцу лондонского „Луна-парка“ со всеми техническими увеселениями для любителей сильных ощущений: головокружительные железные дороги, катание на лодках, падающих с высоты гор в озеро, вертящаяся подъемная машина… Во главе нового предприятия стоит английское общество».