За весь период нахождения «Энтерпрайза» в доке на нем произошло несколько пожаров, а также была допущена утечка радиоактивной воды. Причем ущерб только от последней аварии составил около 20 млн. долл. Результатом этого явилось отставание от графика выполнения работ, составившее к весне 1993 г. десять месяцев. Одиако благодаря энергичным действиям кэптэна Ричарда Нотона (Richard Naughton), назначенного к тому времени командиром авианосца, и нового руководителя по данному проекту со стороны «Ньюпорт ньюс» отставание в течение кратчайшего срока было практически полностью ликвидировано. При этом стоит, однако, отметить, что одной из основных причин, побудивших компанию «Ньюпорт ньюс шипбилдинг» ускорить работы, послужило предупреждение, сделанное ее руководству. Суть его была проста: в случае дальнейшего отставания от графика работ по «Энтерпрайзу» следующий контракт от ВМС — на перезарядку активной зоны ядерных реакторов авианосца «Нимитц» — будет передан компании Puget Sound Naval Shipyard.
23 сентября 199-1 г. все работа были завершены, а 27 сентября корабль уже вышел в море на ходовые испытания и вернулся в док «Ньюпорт ньюс шиибилдинг» в середине января уже следующего, 1995 г. В строй же (т. е. в боевой состав Атлантического флота) авианосец официально вернулся только 7 июля 1995 г. после приведения корабля в полную боевую готовность (в американском флоте этот период называется Post — Shakedown Availability — PSA). За это время он прошел более чем пятимесячный ремонт ограниченного объема (Selected Restricted Availability — SRA, в рамках которого па атомоходе установили новые системы вооружения, электронику, системы управления, оборудование жилых помещений И камбузов, системы вентиляции и оборудование для осуществления приема топливе на ходу (в море). В итоге срок службы атомохода был продлен на 25 лет — до 2013 г.
Здесь следует сделать небольшое пояснение. После всестороннего анализа действий сил и средств флота и авиации во время операции Desert Storm Комитет начальников штабов ВС США рекомендовал разработать и установить на авианосцах боевую информационную систему, совместимую с а налипший ми системами, принятыми на вооружение военно-воздушных сил. Новая флотская система получила обозначение Link 16/Joint Tactical Information Distribution System (JTIDS, «объединенная система распределения боевой информации»). Таким образом, авианосцы постепенно стали многопрофильной боевой единицей, возможности которой выходят уже за рамки военно-морских сил.
28 июня 1996 т. АВМА «Энтерпрайз» вышел в свое первое после модернизации и пятнадцатое за всю службу дальнее плавание. В течение этого похода «Большой Э» принял участие в операции Joint Endeavor, проводившейся в Боснии, и в уже известной операции Southern Watch, направленной против Ирака, В последнем случае кораблю пришлось совершить стремительный переход из северной части Средиземного моря в воды Персидского залива через Суэцкий канал. Преодоление такого сравнительно большого расстояния заняло у атомохода менее шести суток.
По официальным данным ВМС США, на 26 сентября 1996 т. группировка военно-морских сил Соединенных Штатов в районе Персидского залива включала две АМГ во главе с АВМА «Карл Винсон» и АВМА «Энтерпрайз». На борту первого находились командиры 3-й крейсерско-миноносной группы (Cruiser Destroyer Group 3), 5- го дивизиона эскадренных миноносцев (Destroyer Squadron 5) и 14-го корабельного авиакрыла (Carrier Air Wing 14. CVW-14). На борту другого — командиры 12-й крейсерско-миноносной труппы (Cruiser Destroyer Group 12), 20-го дивизиона эскадренных миноносцев (Destroyer Squadron 20) и 17-го корабельного авиакрыла (CVW-17).
В состав авианосных многоцелевых групп входило в общей сложности 26 кораблей и судов обеспечения (в том числе девять носители KP Tomahawk), из них: пять крейсеров УРО, две атомные многоцелевые ПЛ, пять эсминцев, пять фрегатов УРО, два минно-тральных корабля, шесть судов обеспечения (в том числе и из состава командования морских перевозок), один корабль Береговой охраны США. Авиационная группировка насчитывала около 140 самолетов и вертолетов различного назначения.
Эта боевая служба примечательна еще и тем, что последний раз в составе 75-й штурмовой авиаэскадрильи (VA-75) находились штурмовики А-6Е «Интрудер». После возвращения 20 декабря 1996 г. авианосца на ВМБ Норфолк из похода данные самолета были выведены из состава авиакрыла.
Кроме того, в том же году корабль принял участие в совместных американо-британских военно-морских учениях под кодовым наименованием Joint Task Force'96 Exercise.
В феврале 1997 г. «Энтерпрайз» в очередной раз вернулся в свою «альма матер» — компанию «Ньюпорт ньюс шипбилдинг» — для проведения ремонта ограниченной)объема (Selected Restricted Availability), продлившегося более четырех месяцев. Основные работы были направлены на улучшение условий обитания экипажа и авиагруппы корабля и модернизацию некоторых систем.