В состав оборудования пассажирского салона входили трое носилок, три подушки многоместного сиденья и три откидных сиденья. Крепление носилок осуществлялось за поручни в трех точках на специальных съемных кронштейнах с резиновыми амортизаторами. При использовании многоместного сиденья носилки ставились на ребро и крепились кронштейнами и ремнями к стенке. В шкафах у входа в пассажирский салон находились горноспасательные аппараты ГСА-8М, авиационные спасательные жилеты АСЖ-58, поисковый ВЗИП, летное зимнее обмундирование и т. д. Под сиденьями размещались бензопримус, грелки, термосы, запас воды в 20-литровом бидоне, комплект медицинских шин, морские спасательные костюмы, спасательная лодка ЛАС-5М, швартовые фалы. В передней части в шкафах имелись поильник и неприкосновенный запас. С левой стороны за шкафом был оборудован рукомойник.
В грузовом исполнении амфибии в задней части корпуса размещался неповоротный двухбалочный кран с гидравлическим приводом механизмов подъема и поперечного перемещения груза. Внутри крановых балок были установлены аутригеры. Погрузка СА производилась с помощью специальной траверсы, а его перевозка осуществлялась на специальном ложементе. После погрузки на ложемент на СА сверху надевалось швартовочное кольцо, и он закреплялся с использованием натяжного механизма. Кроме СА, грузовая амфибия ЗИЛ-4906 могла грузить (с помощью штатного крана) и перевозить на себе шнекороторный снегоболотоход.
ЗИЛ-4906 (49061) имел бортовую схему трансмиссии. Сразу за рубкой экипажа в моторном отсеке был установлен бензиновый двигатель типа ЗИЛ-130 мощностью 150 л.с., оснащенный двухдисковым сцеплением ЗИЛ-137 и механической 5-ступенчатой коробкой передач типа ЗИЛ-131. От коробки передач крутящий момент передавался на 2-ступенчатую планетарную раздаточную коробку, от которой осуществлялся привод средних и задних бортовых редукторов и редуктора привода гребных винтов. По конструкции раздаточная коробка, бортовые и колесные редукторы повторяли установленные на автомобиле ЗИЛ-132Р. Отличие заключалось в том, что на ЗИЛ-4906 (49061) бортовые и колесные редукторы для исключения попадания воды оснащались системой наддува внутренних полостей агрегатов.
Редуктор привода гребных винтов предназначался для распределения крутящего момента, передаваемого от раздаточной коробки на правый и левый гребные винты. Он состоял из повышающих цилиндрической и конической зубчатых передач и двух предохранительных муфт. Предохранительные муфты с помощью срезаемых штифтов предотвращали поломки агрегатов привода гребных винтов.
Колонки правого и левого гребных винтов были установлены снаружи в кормовых нишах корпуса. Гребные винты — двухлопастные, фиксированного шага, невзаимозаменяемые, так как вращались навстречу друг другу. Каждый гребной винт монтировался на колонке, внутри которой размещалась коническая зубчатая передача со спиральным зубом. Для исключения возможности попадания воды в колонках создавалось избыточное давление воздуха, подаваемого из системы герметизации агрегатов машины.
Поворот амфибии осуществлялся передними и задними управляемыми колесами, а при движении на плаву — управляемыми колесами и водяными рулями. Для повышения курсовой устойчивости поворот машины при больших радиусах поворота производился с помощью только передних колес при заблокированных задних. Поворот задних колес начинался после поворота передних на угол 5° в любую сторону. Максимальные углы поворота внутренних и наружных управляемых колес были одинаковыми и составляли, соответственно, 20 и 17°. На первых машинах был установлен гидрообъемный механизм управления задними управляемыми колесами без жесткой кинематической связи с передними. Однако практика показала, что механизм с жесткой механической связью более надежен в эксплуатации, и поэтому в дальнейшем вернулись именно к нему.