Поглощение Гетманщины Российской империей продолжалось до конца XVIII века. Полтавская битва на долгие годы определила политическое будущее Украины. Волынь и Галичина остались под Польшей, Киев и Левобережье — под Россией, юг Украины — под Турцией.
Ставка гетмана из Батурина была перенесена в Глухов, в котором стояли два московских полка, а царские резиденты имели тайный приказ при необходимости арестовать гетмана и старшину. Такое положение сильно подрывало гетманскую власть.
Теперь гетман мало что мог сделать без ведома и разрешения царя. Вся старшина хорошо понимала, где теперь сила и политическая власть. На Украине распоряжались резиденты царя, ее города вновь приняли московские гарнизоны. Украинцы строили Ладожский канал и Санкт-Петербург, крепости на Волге и на Кавказе. Московские власти вмешивались в гетманское управление, назначали старшину и полковников. Ими все чаще становились «московские чины». Князь Голицын писал канцлеру Головкину: «Ради нашей безопасности нужно прежде всего посеять вражду между полковниками и гетманом. Не нужно исполнять просьбы гетмана. Когда народ увидит, что гетман не имеет такой власти, как Мазепа, то, надеюсь, будет приходить к нам с доносами. Нужно, чтобы во всех полках были полковники, несогласные с гетманом. Если между гетманом и полковниками не будет согласия, то все их дела будут нам открыты».
В 1722 году на Украине была учреждена Малороссийская коллегия, как орган, контролировавший гетмана и деливший с ним власть на Украине. Указ Петра I от 29 апреля создал структуру из семи высших московских офицеров во главе с бригадиром С. Вельяминовым. Коллегия, формально созданная для приема жалоб на гетманское правление, практически сводила на нет власть Скоропадского. Как украинский патриот гетман часто обращался к императору Петру Великому по проблемам Гетманщины и всегда получал ответ: «Украинцы под царской рукой имеют столько свободы, как ни один народ в мире.
Смерть И. Скоропадского в 1722 году ускорила введение на Украине прямого московского управления. В гетманский Глухов приехал бригадир Вельяминов и стал «исполняющим обязанности гетмана». Малороссийская коллегия начала со сбора жалоб на старшину. Их количество измерялось многими сотнями. Уже в августе 1722 года Коллегия передала Генеральной войсковой канцелярии несколько десятков распоряжений. Тогда же были введены и налоги на полковников и старшину.
Наказным гетманом был избран черниговский полковник Павел Полуботок, конкурент И. Скоропадского на выборах 1708 года. Тогда царь был против избрания Полуботка, заявив, что он «очень умный и из него может выйти второй Мазепа». Москву больше устраивал Скоропадский, бывший под сильным влиянием решительной и энергичной жены — «Настя носит булаву, а гетман запаску».
Император не утвердил Павла Полуботка малороссийским гетманом и уехал на войну с Персией. Бригадир Вельяминов орал на наказного гетмана: «Что твоя служба против моей! Знаешь, что я бригадир и президент, а ты против меня ничто! Уже вашим старшинам велено отменить и поступать с вами по-новому — я вам указ!»
Пока недалекий и жадный Вельяминов орал, Полуботок добился того, что Сенат отдал приказ Малороссийской коллегии знакомить старшину со своими планами и документами и согласовывать их с гетманским управлением. Полуботок, чтобы не передавать жалобы украинцев в Малороссийскую коллегию, занялся их рассмотрением. Он сделал украинские суды коллегиальными, назначил инспекторов для контроля исполнения своих приказов, призывал старшину к справедливым решениям.
Вельяминов написал на наказного гетмана полулживую жалобу. Полуботок был вызван в Санкт-Петербург. Одновременно с этим все казацкие полки Гетманщины командующий войсками на Украине князь Голицын отправил в крымский поход.
В Петербурге наказной гетман подал Петру I петицию о возвращении Украине старых прав и вольностей. Император отправил на Украину П. Румянцева — «чтобы выяснить, чего хотят казаки и население: сохранения старых украинских порядков, или оставления новых».
После проверки Павел Полуботок и его ближайшие соратники в ноябре 1724 года были посажены в Петропавловскую крепость и через месяц умерли. Позже портреты Павла Полуботка — борца за украинскую свободу — хранились во многих домах Гетманщины с надписью: «Защищая Отчизну, я не пугаюсь ни кандалов, ни тюрьмы; и лучше мне горькой смертью умереть, чем смотреть на гибель моих соотечественников».
Малороссийская коллегия превратилась в верховный орган власти на Украине. Генеральная войсковая канцелярия стала ее вспомогательным органом. Ее документы без утверждения коллегией не имели юридической силы. Вельяминов докладывал в Санкт-Петербург о повышении сбора налогов на 600 процентов. Сколько налогов он собирал для себя — неизвестно.