В течение всего лета 1682 года стрельцы диктовали свою волю правительнице. Московский гарнизон получил титул «Надворной пехоты», а на Красной площади поставили каменный столб-памятник с описанием их «подвигов» 15 — 18 мая. Стрельцы потребовали, чтобы новая власть признала все убийства, совершенные ими во время бунта, справедливым и необходимым делом для народа и государства, а «все побития были сделаны за дом пречистые Богородицы и царское пресветлое величество и за неистовство к великим государям». По городским торгам читали грамоты, в которых власти требовали стрельцов бунтовщиками и изменниками не называть, «в ссылку не ссылать, не бить и не казнить». Софья выполняла все требования стрельцов и платила, платила, платила.
20 августа 1682 года правительница Софья с царями Иваном и Петром выехала в Коломенское, оттуда — в Савино-Сторожевский монастырь и, наконец, в Троице-Сергиеву лавру. Софья хотела реальную власть и сделала ставку на поместное дворянство. По уездам были разосланы грамоты с предписанием служилым людям собираться к государям в Троицу. Отовсюду в монастырь собиралось дворянское ополчение, презиравшее избалованных москвичей. Разнузданным стрельцам было далеко до отчаянных пограничных воинов.
14 сентября Софья от имени царей предложила всем боярам, стольникам и дворянам прибыть в село Воздвиженское под Троицу для встречи украинской и казацкой делегации — «а которые бояре и окольничии и думные люди в отпуску, и им из своих деревень быть к великим государям, всем». На Хованского была возложена обязанность обеспечить приезд такого количества бояр и служилых людей, чтобы их «было людно».
Князь И. Хованский с большой охраной выехал, наконец, из укрепленного Кремля. Пограничному воеводе князю М. Лыкову с товарищами тут же полетел указ Софья «князя Ивана Хованского и сына его князя Андрея взять в дороге». Лыков со своими пограничниками у села Пушкина ворвался в лагерь Хованского, порубил стрельцов, на коне влетел в шатер Тараруя, схватил князя за шиворот, бросил поперек седла и привез к царевне Софье. 17 сентября, в день именин правительницы на площади села Воздвиженского в пыли И. Хованскому с сыном отрубили головы.
На свободе остался второй сын Хованского. Он вернулся в Москву и убедил стрельцов, что на них с дворянским войском идет правительница. Стрельцы заперлись в Кремле, и это уже было настоящее восстание против власти.
Из Троицы в Москву была отправлена грамота, чтобы стрельцы «не верили прелестным и лукавым словам, а царского гнева на них нет». Гарнизон столицы испугался, к Софье отправились выборные. Правительница поставила стрельцам условия, которые они обязались выполнять под присягой. Столб «15 — 19 мая 1682 года» на Красной площади снесли. Стрельцам запретили собираться в круги по-казачьи, несколько выданных ими зачинщиков бунта казнили, нескольких сослали, остальных не тронули. Руководителем Стрелецкого приказа был назначен думный дьяк Ф. Шакловитый, жестко восстановивший строгую дисциплину в стрелецких полках. 2 ноября 1682 года царский двор вернулся в Москву. Хованщина кончилась. Началось семилетнее правление царевны Софьи.
Нарышкины опять остались не у дел. Царица Наталья Кирилловна с сыном подолгу жила в царских подмосковных селах. Петр со старшим братом Иваном постоянно появлялся на придворных церемониях и церковных праздниках в Кремле.
Двенадцатилетний Петр читал азбуку и букварь, иллюстрированную библию, книгу «о луне и всех планетах небесных», летопись Стрыйковского, Четьи-Минеи, часослов, псалтырь. Он быстро научился писать. Саму Софью учил выдающийся просветитель Симеон Полоцкий — грамматике, риторике, пиитике, диалектике, философии, латинскому и греческому языкам. Правительница понимала значение образования и не собиралась заботиться об обучении Петра. Его детские хоромы были наполнены игрушечными пистолями, карабинами, пищалями, пушечками, топориками, луками, сабельками, барабанами.
Летом 1683 года Оружейная палата привезла в Преображенское уже шестнадцать настоящих пушек. В августе для него там был построен потешный городок с десятью «потешными конюхами».