Наталья Кирилловна знала о планах Софьи и озлобление между обеими сторонами росло. 30 мая 1689 года Петру исполнялось семнадцать лет и царица вызвала его из Переяславля в Москву.
Первое публичное столкновение произошло 8 июля, в день празднования Казанской иконы Божьей Матери. Софья взяла икону и в нарушение обычая собиралась идти с государями крестным ходом из Успенского в Казанский собор. Петр потребовал, чтобы Софья не нарушала правила. Она отказалась. После громкого скандального спора в соборе Петр покинул процессию и уехал в Коломенское. Через две недели Петр отказался подписать манифест о награждении В. Голицына за проваленный крымский поход. Петра с трудом уговорили подписать грамоту, но самого фаворита он не принял. 27 июля Софья заявила стрелецким полковникам: «Годны ли мы вам? Буде годны, вы за нас стойте, а буде не годны, мы оставим государство. Житье наше становится коротко, царя Иоанна Алексеевича ставят ни во что, а меня в Преображенском называют девкою, будто бы я и не дочь царя».
Ф. Шакловитый набирал наемников. Стрельцам разрешили безнаказанно разграбить дома побитых сторонников Петра: «А как их побьют, и кто что в их домах возьмет, и сыску никакого не будет. Даст Бог будет ярмарка — станем боярские дворы и торговых людей лавки грабить и сносить в дуван. А мутит всем царица Наталья Кирилловна. А вас всех хотят по городам разослать».
28 июля 1689 года находившийся на русской службе шотландец П. Гордон писал в дневнике: «все предвидели ясно открытый разрыв, который, вероятно, разрешится величайшим озлоблением». 4 августа в Измайлове праздновали именины вдовствующей царицы Евдокии Федоровны. Поздравить царицу приехал Шакловитый и Петр потребовал у него выдать одного из подстрекателей назревавшего бунта стрельца Стрижова. Шакловитый отказался, был задержан, но по требованию из Кремля отпущен. 7 августа люди Шакловитого в Кремле подобрали подметное письмо о походе потешных на Москву. В Кремль был вызван большой отряд стрельцов, второй отряд собрался на Лубянке. Стрельцам говорили, что они будут сопровождать Софью в Донской монастырь, то, что они должны оборонять Кремль от «Преображенских конюхов» и собираться «постращать в Преображенском». Несколько человек из самого преданного правительнице Стременного полка помчались в Преображенское, чтобы предупредить о готовящемся нападении на государя. Петра разбудили ночью, он выскочил из дворца даже не успев одеться и верхом в сопровождении нескольких человек всю ночь скакал в Троице-Сергиев монастырь. Утром 8 августа Петр был в Троице, измученный нравственно и физически. Впоследствии он говорил об этой ночи: «все члены во мне трепещут, помня о том, заснуть не могу».
Через несколько часов после Петра в Троицу в полном вооружении с барабанным боем прибыли его потешные — Преображенский и Семеновский полки. Подошел оставшийся верным Петру стрелецкий полк Сухарева. Приехала царица Наталья Кирилловна. Начали собираться верные бояре. Троице-Сергиев монастырь несколько раз выдерживал жестокие осады поляков, в 1607 году спас русскую государственность. Он стал в России символом веры и суверенитета. Это была и первоклассная крепость, высокие стены которой венчали восемь башен. Оборону Троице-Сергиева монастыря возглавил двоюродный брат фаворита Софьи Б. Еолицын.
Днем 8 августа об отъезде Петра в Троицу доложили Софье. В Кремле сделали вид, что не придали этому значения. Официально заявили, что Петр «изволил идти скорым походом в одной сорочке». Ф. Шакловитый заявил: «Вольно ему, взбесяся бегать».
Чем больше кремлевские стрельцы говорили о «побеге в сорочке», тем больше проигрывали. Законного государя преследовали убийцы чуть ли не в Троице, святыни святого Сергия Радонежского. Негодование против узурпации власти Софьей в народе быстро росло и почва начала уходить у правительницы из-под ног.
Война брага и сестры была почти объявлена. В распоряжении Софьи в Кремле находились тысячные стрелецкие полки, в распоряжении Петра в Троице — несколько сот потешных и стрельцов Сухарева. 8 августа Петр прискакал в монастырь, а 9 потребовал у Софьи отчета за сбор стрельцов в ночь на 8 августа в Кремле. Правительница выступала на площади перед стрельцами и народом, жаловалась, плакала, грозила рубить головы. Оставшиеся в Кремле стрельцы неохотно поддерживали Софью. Слишком очевидна и непререкаема была юридическая правота Петра. Фаворит В. Еолицын, используя опыт крымских походов, сбежал в подмосковную деревню. Бояре, посылавшиеся Софьей в Троицу, оставались у Петра. Там же остался патриарх Иоаким. Из Кремля в Троицу по приказу царя под развернутыми знаменами и с барабанным боем ушел полк П. Кордона. За ним двинулись стрелецкие полки, повалили бояре.
Противостояние закончилось 6 сентября. Софья сдалась и выдала Ф. Шакловитого, обвиненного в подготовке покушения на Петра. Шакловитый и его ближайшие товарищи были казнены. Не соглашавшегося на казнь Петра еле на это уговорили.