Раздел почти единого украинского общества на высших и чернь привел к народному восстанию во главе с Полтавским и Миргородским полками, поддержанными запорожцами, которых в 1657 году даже не пригласили в Чигирин на выборы нового гетмана. В Москву были отправлены донесения полтавского полковника Мартына Пушкаря и запорожского кошевого атамана Якова Барабаша, обвинивших Выговского в намерении вернуть Украину в состав Речи Посполитой. Московские бояре активно вмешались в конфликт, делая это по своему обыкновению очень неуклюже и непрофессионально. Впрочем, Украина уже разделилась на два лагеря. Почти вся старшина не хотела московского абсолютизма и склонялась к союзу и неизбежному новому подчинению Польской Короне. Казаки, посполитые и горожане были против возврата польской власти, издевательств шляхты, панщины, религиозных утеснений.
Полтавщина почти не была разорена десятилетней войной. Там не было разрухи, успешно развивались хозяйственные отношения, население не знало голода и грабежей. А юге и востоке Полтавщины бурно осваивались новые земли, появлялись новые города, местечки, села. Население чувствовало себя свободно и независимо.
Выговский стал давать благодатные полтавские земли своей старшине. Новая шляхта пошла на Полтавщину и, как и на всей Украине, обложила поспольство большими податями и повинностями, вплоть до попыток введения крепостничества. Полтавцы поднялись против новых панов. Началось восстание, лозунгами которого стали возвращение казацких вольностей, свободная охота и рыбная ловля, свободное варение горилки, выбор гетмана общеказацкой Черной радой.
Выговский блокировал Полтавщину и Запорожье верными ему войсками, не желая расширения восстания. Первый бой в феврале 1658 года закончился победой полтавцев и запорожцев. Выговский позвал на помощь татар — против своего народа, прекрасно зная, как ведет себя орда с населением. Несколько недель бои велись под Полтавой, которую власти не могли взять до середины июня. В кровопролитных боях погиб полтавский полковник М. Пушкарь и тысячи украинских казаков с обеих сторон. Выговский казнил запорожского кошевого Барабана и разрешил татарам грабить украинское население, что они и сделали. Иван Выговский думал, что победил, но это было началом его конца — правителю Украины нельзя безнаказанно уничтожать собственный народ. Украинец потому и украинец, что у него всегда на боку сабля, даже если там ее нет.
После разгрома Полтавы и Запорожья Выговский решил, что может разорвать союз с Московским царством. Юрий Немирич тут же наводнил Украину манифестами, в которых обвинял московские власти в соглашении с Польшей и вмешательстве в украинскую политическую жизнь.
16 сентября 1658 года в Гадяче был подписан польско-литовско-украинский договор. Польша, Великое княжество Литовское и часть Украины создавали федерацию равноправных государств, к которой могла бы присоединиться и Россия. В «Великое княжество Русское» во главе с князем-гетманом Иваном Выговским должны были войти Киевское, Черниговское и Брацлавское воеводства. Остальная Украина как автономия возвращалась под верховную власть Польской Короны. На Украине должны работать свои министры, находиться казна, чеканиться монета — как в Великом княжестве Литовском. Законодательная власть на Украине должна принадлежать Национальному собранию, исполнительная — гетману, которого выбирает все население и утверждает король Польши. Войско Украины должно состоять из 30 000 воинов и 10 000 наемников. Польские войска не имели права переходить украинскую границу, а если переходят — подчиняются гетману. Римско-католическая и православная религии признавались равноправными. На украинских землях основывались два университета, другие учебные заведения, типография.
Польша, конечно, не выполнила Гадячский договор. Зато московский царь, узнав о Гадячском мире, уже через десять дней прислал на Украину свою грамоту, в которой назвал Выговского клятвопреступником и предателем, призывая украинский народ восстать против своего гетмана. Иван Мазепа был не первым, кого «отметили» московские бояре.
Война Выговского и Боярской думы началась в августе 1658 года. Казаки брата гетмана Данилы Выговского попытались взять Киев, в котором стоял небольшой московский гарнизон, но двести воинов воеводы В. Шереметева 3 сентября в кровопролитном бою отбросили выговцев.
Гетман повел к московской границе казацкие полки, наемников, татарскую орду и польские отряды. Начавшиеся украино-российские переговоры ни к чему не привели.