8 января 1654 года в Переяславе была созвана общеукраинская Рада, которая вынесла решение о присоединении, вхождении Украины в состав России. На Раде был гетман Богдан Хмельницкий со всей старшиной, многие полковники и сотники, заслуженные казаки.
В марте 1654 года посольство Богдана Хмельницкого получило в Москве от царя Алексея Михайловича документ, определявший статус Украины и ее отношения с Московским царством — «Статьи Богдана Хмельницкого». Из 23 пунктов проект договора Москва утвердила 11. «Статьи Богдана Хмельницкого» устанавливали автономию Украины. Украинцы сами избирали гетмана, который сохранял право дипломатических отношений со всеми государствами, кроме Турции и Польши, но с обязательным уведомлением о переговорах царя, если от послов будут предложения, направленные против России. Подтверждались права украинского митрополита и духовенства. Особыми грамотами подтверждались сословные привилегии украинской шляхты и права городов. Казачий реестр установлен в 60 000 воинов.
Выдающиеся европейские историки называли присоединение-воссоединение Украины к России по разному — унией, союзом, конфедерацией, автономией, вассальными отношениями, протекторатом. Украина осталась отдельным государством под верховным протекторатом московского царя. Однако Россия постоянно старалась расширить свою власть на украинских землях, где de facto было ликвидировано крепостное право.
Украинский народ был связан с русским народом единством религии. С 1654 года на Украине прекратились религиозные гонения, а вместе с ними и покушения на полное подавление национальной самобытности украинского народа, который в кровавой и отчаянной борьбе спас себя от политической и национальной гибели. Недаром, спасаясь от польской оккупации, украинцы шли в пределы Московского царства.
Многие историки присоединение Украины к России в тех исторических условиях называли «наименьшим злом». Господство султанской Турции или шляхетской Польши над Украиной, скорее всего, было бы гибельным для украинского народа. Украина получила союзника в борьбе с Польшей, а Россия была теперь гарантирована от польской интервенции образца начала XVII века. Огромное значение имело сближение двух народов для их культурного развития.
Во время правления Богдана Великого Украина была для Московского царства самостоятельной державой. Даже в единственном сохранившемся историческом источнике — «Статейном списке» посла-боярина В. Бутурлина было написано: «Московское государство и Войска Запорожского Украина». Сам Богдан избегал употреблять в переговорах с Москвой слово «Украина». Он всегда использовал слова «Войско Запорожское», возможно, для того, чтобы у его преемников была возможность маневрирования. Такая политика производила сильный эффект, если преемник великого правителя не уступал ему в харизме и профессиональном мастерстве.
Московские власти считали, что договор с Украиной действовал только на время жизни Богдана Хмельницкого. Они возобновляли его с каждым новым гетманом, каждый раз внося изменения в свою пользу. Когда некоторые историки писали о неверном — московском — выборе Богдана Хмельницкого, они не учитывали, что московские власти брали только то, что им разрешали брать, хотя и создавали для этого соответствующие условия.
Весной 1654 года польские войска вошли в Подолию, устроив на украинских землях страшную резню. Подошедшие казацкие полки отбросили жолнеров. Объединенное русско-украинское войско воевало в белорусских землях — у поляков отобрали Смоленск, Оршу, Минск, Могилев, жители которых сами открывали ворота казакам. В это же время польское войско опять напало на Подолию. У Умани поляков остановили казаки Ивана Богуна, на помощь которому вышли казацкие полки и царское войско В. Батурлина.
В январе 1655 года недалеко от города Ахматова на Дрожиполье произошло кровопролитнейшее сражение, начавшееся ночью в лютый мороз. Ненависть сражающихся была так велика, что воины дрались даже оглоблями и пленных не брали.
На польской стороне теперь воевали крымские татары. Бой начался с нападения поляков Станислава Потоцкого и татар Ислам Гирея на казаков и стрельцов и сразу превратился в ожесточеннейшую резню. Потери убитыми составили более 15 000 человек с обеих сторон. Победителей не было. Хмельницкий отошел к Белой Церкви, а поляки покинули Украину. Их больше не поддерживал Ислам Гирей, который вернулся в Крым и вскоре умер.
15 сентября 1655 года при Слонегородке объединенное русско-украинское войско Хмельницкого, Бутурлина и Ромодановского разгромило польскую армию Понятовского.
Галичину до Люблина взяли полки Богдана. Вскоре близ урочища Озерная Стрелка русские и украинские полки остановили орду нового крымского хана Мухаммед Гирея. Сохранилось предание о встрече после боя крымского хана и украинского гетмана. Хан угрожал Хмельницкому объединенным татарским нашествием. Богдан ответил: «Ужели ты думаешь, хан, устрашить меня, как малоумного хлопца. Война подобна обоюдоострому мечу. Добытое Батыем потеряно Мамаем».