Весной 1659 года московское войско князя Трубецкого осадило Конотоп. Город взять не удалось — к Конотопу подошел гетман с казаками, татарами и поляками. 8 июля у села Сосновки произошло кровопролитное сражение. Московские воеводы, как обычно назначенные не по воинскому таланту, а по близости к царю, почти повторили сценарий Оршанской битвы 1514 года. В этом сражении военачальник Великого княжества Литовского Константин Острожский во главе тысячной армии буквально разнес восьмидесятитысячную московскую рать, чьи воеводы по своему обыкновению необоснованно презирали противника.
Московская конница ударила в лоб казацко-татарских войск. Выговский притворно отступил. Часть московских полков в запале погони переправилась через реку. Казаки тут же разрушили переправу, отрезав московскую конницу от основных сил. Тяжеловооруженная кавалерия влетела в «настоящие конотопы» — топкие места у реки. С тыла ее тут же атаковала татарская конница, с фронта напали вернувшиеся казаки.
Из пятидесятитысячной армии Выговского погибли 10 000 воинов, из стотысячной московской — 30 000, более 10 000 воинов попали в плен. Большинство незнатных пленных, за которых нельзя было получить выкуп, были перерезаны. Остатки российских войск прорвались за Сейм. Крымские татары смеялись над московскими послами: «Ваш царь хочет владеть запорожскими казаками. Польский король тоже этого хотел, но и свое королевство потерял. То же будет и с Московским царством, будет оно уничтожено казаками».
Конотопская «победа» с массовым убийством пленных Выговскому ничего не дала. Украина узнала о том, что «гетман поддался полякам». Началось народное восстание. Украинцы даже не хотели слышать о Польше, войска которой Выговский размещал на Украине.
На Левобережье действовали отряды наказного атамана Ивана Беспалова и московские полки Г. Ромодановского. Запорожцы кошевого атамана Ивана Сирко напали на Крымское ханство, а потом даже осадили гетманскую столицу Чигирин. Татарская орда Карач-боя бросила Выговского и ушла домой, грабя и разоряя все на своем пути. Военная ситуация резко изменилась и гетман был вынужден покинуть Левобережную Украину.
Польских жолнеров, как и наемников гетмана, уничтожали повсюду. Под Нежином убили автора Гадячского трактата Юрия Немирича. Против Выговского шли почти все старые полковники Богдана Хмельницкого — Сомко, Золотаренко, Цецюра и многие другие. Левобережные города и местечки открывали ворота полкам Ромодановского и приносили присягу царю. На гетманство объявили восемнадцатилетнего Юрия Хмельницкого.
Украина собралась на совет. Ярость украинского казачества на раде у Белой Церкви 21 сентября 1659 года была так велика, что Выговский с трудом покинул ее под охраной своих наемников. На реке Узени собралась новая общеказацкая рада, избравшая гетманом Юрия Хмельницкого. В октябре 1659 года по требованию казаков Иван Выговский отказался от булавы и передал гетманские клейноды Юрию Хмельницкому.
Под напором казаков и московских войск наемники и поляки Выговского отошли к Дубно. Казаки вошли в гетманскую столицу Чигирин. Выговского назначили польским сенатором и киевским воеводой. Он попытался участвовать в политической жизни, в 1664 году был обвинен поляками в тайных переговорах с Москвой и застрелен без суда и следствия.
В гетманских землях ситуация стала запутанной и сложной. В стране постоянно сменялись гетманы, иногда их было сразу несколько. На Украину надвигалась Руина. 1657–1687 годы стали страшными десятилетиями гражданской войны и интервенции. Это были годы украинской Смуты.
Украинская старшина уже не верила московскому правительству, часто не считавшемуся с украинскими интересами. Однако и союз, и тем более подчинение Польше, было невозможным. Украина должна была лавировать, должна была идти на уступки. Польский современник писал: «У них это самая высокая государственная правда — не быть ни под королем, ни под царем. Они хотят добиться этого, ссоря и пугая короля царем, а царя королем».
17 октября 1659 года гетман Юрий Хмельницкий в Переяславе подписал новый договор между Гетманщиной и Московским царством. 19 статей Переяславского договора 1659 года значительно ограничили автономию казацкой державы. Юный гетман согласился на условия Москвы, которые пять лет назад его отец даже не стал бы читать. Казакам запрещалось воевать без разрешения царя. Без его утверждения не выбирались гетман, старшины, полковники. Через три года после Переяславского позора 1659 года неудачливому Юрию Хмельницкому писали запорожцы: «Поляки и татары далеко будут, чтобы тебя спасти. Должен благодарить Бога и про братство наше думать, чтобы тебя спасало, а не уничтожало и губило, что тебя молокососа избрало гетманом. Мы, низовое Запорожское войско, идем на тебя, и все украинцы, братья наши, встанут против тебя вместе с нами и захотят отомстить за многие обиды, которые от тебя имели». С 1659 года «статьи» Юрия Хмельницкого стали подписывать все новые гетманы Украины.